摘要：
组装策略 二代测序平台如Illumina、BGI，稳定可靠，数据质量高，成本低，读长短。 三代测序平台如PacBio、Nanopore，超长读长、无PCR扩增，错误率高，成本高。 现在物种的简单基因组基本已完成大多，纯二代组装已经没什么意义，复杂基因组或者高质量基因组基本都是三代测序为主。 由于经费 阅读全文
posted @ 2021-01-13 11:55
生物信息与育种
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摘要：
前言 虽然我的win版本R已经用4了，但之前在Linux环境一直没用R4.0，因为Linux涉及的东西太多，担心不稳定，牵一发而动全身。 但现在有好些R包必须要用更新到R4.0以上才能用了（主要是Rcpp版本太低），有的包本身升级时也要考虑不同版本的R，不更新一些函数功能用不了。 今天又碰到了这个问 阅读全文
posted @ 2021-01-12 15:17
生物信息与育种
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摘要：
GS两步走 示例 缩短周期和成本 分类 杂交类型 试验研究 选择响应 选择的强度 选择的周期 预测能力 数据分析的注意事项 GS实施 优缺点 GS的成功 展望 本课件来自Jose Osorio的报告（2013IIIinois Corn Breeders' School） 阅读全文
posted @ 2021-01-06 21:22
生物信息与育种
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摘要：
说明 最近在用Python的join函数连接多个列表时，出现了如下两个错误，即合并类型不一致。折腾了很久才找到原因，真是基础不牢，地动山摇。 TypeError: sequence item 3: expected str instance, int found 或 TypeError: can o 阅读全文
posted @ 2020-12-30 18:11
生物信息与育种
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摘要：
人类微生物组计划HMP https://commonfund.nih.gov/hmp 国家基因库MDB https://db.cngb.org/microbiome/ Human Gut (9.9M) https://db.cngb.org/microbiome/genecatalog/geneca 阅读全文
posted @ 2020-12-30 12:01
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摘要：
MEGAN（Metagenome Analyzer）是宏基因组学进行物种和功能研究的常用软件，实际上现在的Diamond+MEGAN6已经是一套比较完整的物种和功能注释流程了。 但是由于各种原因，我们在流程中使用的并非最新版。不同版本的MEGAN使用方法差别较大，尤其在命令行模式下。网上的关于这方面 阅读全文
posted @ 2020-12-30 12:00
生物信息与育种
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摘要：
需求 我有一个物种taxonomy ID的list，想获得相应的物种名，不要一个个去NCBI Taxonomy官网查。反之根据物种名list查询对应的taxid。 实现 因为之前没怎么用过，我的第一个想法是通过下载到集群的taxonomy数据库文件来匹配。一般下载下来的数据库会有names.dmp和 阅读全文
posted @ 2020-12-30 11:58
生物信息与育种
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摘要：
入门课程 伯明翰大学： Metabolomics: Understanding Metabolism in the 21st Century 数据处理 阿拉巴马大学伯明翰分校5年（2013-2018）workshop： Metabolomics Workshop 阅读全文
posted @ 2020-12-30 11:56
生物信息与育种
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摘要：
1.实验及质控 ####（1）项目流程 代谢组学分析的特点： 流程长； 样品量大，项目周期长； 个体差异大； 设备不稳定性； 样品复杂，基质效应显著。 所以，质量控制是代谢组学研究基础。 项目流程 样本制备——质谱仪分析——数据预处理——定量及统计分析——定性分析——生信及后续分析 （2）非靶代谢质 阅读全文
posted @ 2020-12-30 11:54
生物信息与育种
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摘要：
目的 和转录组或蛋白组的分析原理类似，目的是： 将大量的差异代谢物降维到少量的显著富集的代谢通路，方便解释科学问题； 从通路水平上可以更好解释表型背后的生物学原理/过程。 富集分析方法 富集分析的本质：某个代谢通路在不同的状态下（如疾病与健康）是否发生了显著变化？ ORA富集 回答的问题：一个代谢物 阅读全文
posted @ 2020-12-30 11:52
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