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1. 组装算法 一般有基于OLC（Overlap-Layout-Consensus, 先重叠后扩展）和基于DBG（De Brujin Graph）两种组装算法。基于OLC的组装方法适合长序列组装，运行依赖的数据结构需要消耗大量的内存，且运行速度比较慢，错误率高，而DBG组装方法内存消耗相对较低，运算 阅读全文
posted @ 2020-09-01 16:47
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1.理解朴素贝叶斯 1）基本概念 依据概率原则进行分类。如天气预测概率。 朴素贝叶斯（Naive Bayes, NB）适合场景：为估计一个结果的概率，从众多属性中提取的信息应该被同时考虑。 很多算法忽略了弱影响的特征（若有大量弱影响的特征，它们组合在一起的影响可能会很大），但NB算法利用了所有可以获 阅读全文
posted @ 2020-08-31 22:37
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1.理解使用KNN进行分类 KNN特点 近邻分类器：一种懒惰学习器，即把未标记的案例归类为与它们最相似的带有标记的案例所在的类。当一个概念很难定义，但你看到它时知道它是什么，就适合用KNN分类。 KNN优点：简单有效；数据分布无要求；训练快 KNN缺点：不产生模型（发现特征间关系能力有限）；分类慢； 阅读全文
posted @ 2020-08-30 20:36
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1.基本概念 机器学习：发明算法将数据转化为智能行为 数据挖掘 VS 机器学习：前者侧重寻找有价值的信息，后者侧重执行已知的任务。后者是前者的先期准备 过程：数据——>抽象化——>一般化。或者：收集数据——推理数据——归纳数据——发现规律 抽象化： 训练：用一个特定模型来拟合数据集的过程 用方程来拟 阅读全文
posted @ 2020-08-29 15:49
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2015年的综述文章，marker一下，供以后比较试用。蛋白质基因组学研究中的质谱仪与生物信息学方法。 针对蛋白质基因组学的分析研究，总结了质谱仪和蛋白质基因组学流程分析软件的选择，重点评述了常用的生物信息学计算工具，如PepLine 、Proteogenomic Mapping Tool InsP 阅读全文
posted @ 2020-08-28 23:58
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1.简介 2016年，德国马普所的Cox和蛋白质组学领域巨擘Matthias Mann合作开发了MaxQuant软件（MQ），并发表在nbt上，protocol也相应发表在nature protocols上。不足五年，MQ的引用率已高达上万次，其中不乏CNS级别文章（有大佬的加持果然不一样）。毫不夸 阅读全文
posted @ 2020-08-28 23:48
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1.简介 PD全称Proteome Discoverer，是ThermoFisher在2008年推出的商业Windows软件，没错，收费，还不菲。而且主要也是针对他们家的obitrap产出数据。但在业内用得比较多，尤其是在学术界（因为大部分科研人员只会鼠标点点框）。蛋疼的是你就算买了软件还得配个Wi 阅读全文
posted @ 2020-08-28 21:33
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1.简介 MSGF+也是近年来应用得比较多的蛋白鉴定软件。java写的，2008年初次发表JPR，2014年升级发表NC，免费开源，持续更新维护，良心软件。而且，有研究者对不同蛋白质组学鉴定软件进行比较分析，MSGF+的表现也是非常不错的（一下子找不到文献出处~~）。 Github源码：https: 阅读全文
posted @ 2020-08-28 17:53
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1.简介 Mascot是非常经典的蛋白鉴定软件，被Frost & Sullivan形容为“质谱数据检索的黄金标准”，更新维护速度也很快（已发布到2.7版New features in Mascot Server 2.7）。but，它是商业软件（国内康昱盛代理），收费。虽然有在线版本，但仅支持少量谱图 阅读全文
posted @ 2020-08-28 16:39
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1.简介 官网：http://comet-ms.sourceforge.net/ 1993年开发，持续更新，免费开源 适用Windows/Linux 多线程，支持多种输入输出格式：输入谱图文件（mzXML, mzML, mgf, or ms2/cms2），输出.pep.xml/.pin.xml/.s 阅读全文
posted @ 2020-08-28 15:10
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