生物信息与育种

摘要： 说明 Admixture通过EM算法一般用于指定亚群分类；或者在不知材料群体结构背景下，通过迭代交叉验证获得error值，取最小error对应的K值为推荐亚群数目。如果我们预先已知群体的类型（百分百确信），那么可以考虑监督分类方法，设置标签，提高分群的准确性。 Admixture目前是1.3.0，文 阅读全文

摘要： 最近看了不少统计基因组方面的资料，以为懂了，其实懵逼。实在是因为统计学基础太菜，似懂非懂，似是而非。记录下自己的理解，求轻喷。 1.GWAS模型 GWAS是表型和基因型之间的相关性分析，然而这个相关性用什么统计方法？ GWAS模型的发展： 1.1卡方检验 实际比例是否符合预期分离比例，若不符合则认为 阅读全文

摘要： 说明 Enhancing Genetic Gain through Genomic Selection: From Livestock to Plants 这篇是徐云碧老师2019年发表在《Plant Communications》上的综述。徐老师是农科院作科所以及CIMMYT的分子育种专家，著有《 阅读全文

摘要： 中国农业大学等多家单位2017年合作发表在《遗传》杂志上的综述，笔记之。 作者中还有李宁院士，不胜唏嘘。 1.概述 GS的两大难题：基因组分型的成本，基因组育种值（genomic estimted breeding value, GEBV）的准确性。 基于个体的基因组估计育种值GEBV比传统基于系谱 阅读全文

摘要： 一个简单的需求： 拼接两个图，一行两列，但不要一样大，让主图占的比例大些（如2/3），另一个图小一些（如1/3） 如上，我想突出曼哈顿图。 R相关的拼图函数及包： 基础函数如par(mar =c(3, 2, 2, 1)), par(mfrow=c(1,2))，layout(matrix(c(2,1) 阅读全文

摘要： 参考： 视频PPT来自欧易生物讲座：如何开启一个动植物基因组三代de novo项目？ 阅读全文

摘要： 注：此PPT来自上海交通大学附属第六人民医院陈璐老师的讲座，侵权删。\ 陈老师主要做代谢疾病的，讲座中提到的两个工具可下源码：https://github.com/chentianlu 另外，想要代谢入门的同学可读读她写的代谢组学数据分析综述文章： 梁丹丹，李忆涛，郑晓皎，陈天璐等，代谢组学全功能软 阅读全文

摘要： 1.混合测序基础 测序成本虽然下降了，但对于植物育种应用研究来说还是很高，动不动就上百群体，小小植物个体价值又低，测完了很可能后面就用不到了。这时，混合样本测序是一种省钱的好办法。 混池测序（Pool-seq）相对于GWAS或其他精细定位策略而言，其实是一个初定位产品，其结果很有可能是跟性状相关的候 阅读全文

摘要： 1. 理论 rrBLUP是基因组选择最常用的模型之一，也是间接法模型的代表。回顾一下，所谓间接法是指：在参考群中估计标记效应，再结合预测群的基因型信息将标记效应累加，最终获得预测群的个体估计育种值。而直接法则是指：将个体作为随机效应，参考群体和预测群体遗传信息构建的亲缘关系矩阵作为方差协方差矩阵，通 阅读全文

摘要： 虽然接触了好几年python，但一些细节没有注意。最近看网课，看到这个Windows系统下Python多版本管理的问题，记录下备忘。 假设现在windows环境中有python2，python3和anaconda三个python不同的版本，如何高效随意调用我们想要的那个Python呢？ 我理解的环境 阅读全文