生物信息与育种

摘要： 说明： 1.本笔记对《R语言实战》一书有选择性的进行记录，仅用于个人的查漏补缺 2.将完全掌握的以及无实战需求的知识点略去 3.代码直接在Rsudio中运行学习 R语言实战（第二版） part 1 入门 第1章 R语言介绍 R help.start() 帮助文档首页 demo() R语言demo演示 阅读全文

摘要： 1. Blast （1）格式化数据库 主要参数： i 输入需要格式化的源数据库名称 p 文件类型，是核苷酸序列数据库（F nucleotide）/蛋白质序列数据库（T – protein），default = T a 输入数据库的格式是否为ASN.1/FASTA [T/F]，default = F 阅读全文

摘要： 1. Rstudio安装xlsx报错 xlsx包加载依赖Java环境，我之前就安装过Java，但安装xlsx成功后，加载xlsx时一直报错： 指定java环境也不行： 原因：Java安装的版本一定要和Rstudio版本对应，我的R版本是64bit，java32bit。因此重新安装64bit或者在Rs 阅读全文

摘要： #-------------------------------- # plyr包使用# 建议直接保存为R文件到Rstudio中运行 #-------------------------------- #-------------1.传统apply函数与plyr比较 library(tidyr) library(plyr) head(iris) long.iris <- stack(iri... 阅读全文

摘要： find /grep /xargs /sort /uniq /tr /cut /paste /sed /awk......待续...... 1.find 名字查找： find . -name file #eg: find -name *txt 正则查找： find . -regex "pattern 阅读全文

摘要： 从三大核酸数据库NCBI、Ensembl、UCSC 下载参考序列及注释文件 0.人类基因组版本对应关系 1.NCBI 人类基因组 GRCh38下载（默认）： ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/H_sapiens/ GRCh37下载： ftp://ftp.ncbi.nlm. 阅读全文

摘要： 1.为什么写？ 网上教程一抓一大把，有的能重复，有的不能重复不了，很多原因。别人能做的不代表你能复制，实践出真知。 不做搬运工，只写有用的，防止以后忘记。每个人理解不同，记录下来，供自己今后参考，顺便分享他人。 2.GSEA基本概念 Gene Set Enrichment Analysis 思路： 阅读全文

摘要： 记录一下 定向输出 阅读全文