生物信息与育种

摘要： 下了一些sra数据库中的公共数据，因为pretech和aspera不稳定，稍微大点的文件经常传断，部分文件我只能通过本地下载再上传。 那么问题来了，sra没有md5校验，我怎么知道我数据的完整性，尤其是通过本地下载的那些数据？ 网上查了下是说，sra是自带md5校验的（The SRA archive 阅读全文

摘要： python写流程控制的时候，有时需要等待运行结果完成才能进行下一步。有几个想法： 一是反复循环判断直到生成结果文件（且文件中有预期结果），低效易出错； 二是用subprocess模块来判断进程结果，较为常用； 三是用drmaa包，功能强大，但使用相对复杂。 这次介绍如何用subprocess来实现 阅读全文

摘要： 网上有一些很详细的教程，我这里只记录要点，其余部分按以下教程步骤来就行。 1. PicGo安装 国内下载可能较慢，取决于你的网速。下载安装好后，需要安装nodejs 和gitee插件，直接在PicGo上安装可能很慢，建议用npm在命令行安装gitee插件。 npm install picgo-plu 阅读全文

摘要： 1. 什么是单倍型？ 同源染色体：同源染色体，一个来自母本，一个来自于父本。 单倍型：单倍体基因型的简称。遗传学上指在单条染色体上一系列遗传变异位点的组合。 2. 单倍型组装的意义？ 目前，大多数二倍体基因组组装都忽略了同源染色体之间的差异，将基因组组装成一个假的单倍体序列，这是二倍体类型的组装的人 阅读全文

摘要： 前言 王向峰老师2020年发表在《Genomics Proteomics Bioinformatics》（IF=6.597）上的文章。对于做数据分析的人来说，如何挖掘公共数据，如何从海量SNP中挖掘目标SNP等问题都是每天要面对的，这篇文章给了一个参考，很值得学习。 文章从水稻变异数据库RVD的子库 阅读全文

摘要： 记录下下载过程，为自己和后人避坑。 1.Conda连接不上镜像源问题 首先是anaconda安装软件或创建环境时遇到的问题。即使换完清华源和其他镜像源以后依旧报错。 CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED for url <https://mirrors 阅读全文

摘要： 前言 植物基因组大小跨越几个数量级，倍性和杂合性变化，以及新旧基因组转座子变化等带来组装挑战。三代和物理图谱提供了新机会，单倍型定相、结构变异分析、从头泛基因组研究成为新兴组装热点。 植物基因组发展： 拟南芥：sanger BAC-by-BAC。 shotgun OLC （CELERA assemb 阅读全文

摘要： 1. 建立项目团体 多机构合作，数据和利益共享。 2. 收集目标基因组信息 考虑的因素： 基因组大小、倍性、杂合性、GC含量和重复。 数据库查询： fungi (http://www.zbi.ee/fungalgenomesize) animals (http://www.genomesize.co 阅读全文

摘要： 安装R包时这个错误是经常见到的。我认为有几个方法可解决，记录之。 1. 更新R（不推荐） 简单粗暴的方法就是更新R，但这波及的范围太大了，不到万不得已不建议。 2. 更改或指定镜像源 出现这个问题很有可能是你现在用的镜像中未纳入这个包，一是可以多换个源试试。如： install.packages(' 阅读全文

摘要： 单倍型，即单倍体基因型，概念很好理解。 单倍型分型的过程就称之Phasing，定相或基因分型。 Phasing的意义，在人类疾病遗传和动植物群体遗传中非常重要。也是imputation的必经过程。 vcf文件中，./.和.|.分别表示未定相和已定相。 Phasing的方法： 家系定相，最准确，一般根 阅读全文