生物信息与育种

摘要： 之前一直用的putty，现在改用Xshell了，首次配置记录下，免得以后折腾。 双击复制，右击粘贴 双击复制全路径 将以下分隔符中默认的.（点）,-(减号)，/（反斜杠）去掉，注意不要重置，确定即可。 复制窗口：双击窗口 编码：设置utf-8 终端——编码-utf-8 外观设置： 窗口化文件传输 搭 阅读全文

摘要： DT和downloadButton应用 library(shiny) library(DT) ui <- shinyUI( fluidPage( titlePanel("DT test"), downloadButton('downloadData', 'Download'), fluidRow( 阅读全文

摘要： 服务器部署简介 之前学过一点点R shiny，但只是自己随便在本地R中试用，没试过部署服务器。最近老板要我写个小工具供用户使用，没搞过，头有点大。 一般地，可将shiny部署在shinyapps.io上，适合小工具，但免费数量有限，国外服务器访问慢，不宜公开部署。 部署示例代码： #### 部署在s 阅读全文

摘要： 生信人员主要还是做序列信息的数据分析，平时自己的工作，直接跑代码运行得到结果。但如果要开发一个小工具给普通用户使用，就一个简单的上传数据，然后得到数据分析的结果，这就难倒了一大批人。前端的展示甚至比功能代码部分更让人头疼，CSS+HTML+Javascript了解一下，Django、Flask、To 阅读全文

摘要： 本课件来自百博智慧大讲堂65期：数量遗传、植物育种，由中国农科院作科所李慧慧老师主讲。仅供学习，侵删。 https://wx.vzan.com/live/tvchat-1033599316?jumpitd=1&fr=&sharetstamp=1601645963165&shareuid=204601 阅读全文

摘要： 安装pysam时报错： 指定版本仍报错： 使用pysam-win安装： 但是import时不行： 貌似pysam在windows下难以正常配置，还是在Linux中用吧。 https://www.jianshu.com/p/0a6eaed4d5e5 阅读全文

摘要： 1.准备本地数据库文件 NR(Non-Redundant Protein Sequence Database)非冗余蛋白库，是所有GenBank+EMBL+DDBJ+PDB中的非冗余蛋白序列。Taxonomy物种分类数据库，包括大于7万余个物种的名字和系谱，这些物种都至少在遗传数据库中有一条核酸或蛋 阅读全文

摘要： 根据相似性原理，序列相似，功能相似，所有功能注释无非是用比对工具将输入序列比对到数据库序列，再将输入ID对应数据库ID，进一步对应到功能条目的关系。 数据库要么建到本地，要么联网调用API，一般的软件或包做注释都是通过联网来获得，或者调用依赖的一些专门注释的包（文件较大）。工业生产中，一般需要构建本 阅读全文

摘要： 博奥 http://www.capitalbiotech.com/territory.html?id=159。育种子业务主要做分子标记检测和芯片开发。 中玉金标记 http://www.cgmb.com.cn/（网站服务器不行，慢）。优势在芯片，后台也较硬（主要在北方）。 农博士（北京中农博思科技） 阅读全文

摘要： 1.调整模型参数来提高性能 参数调整：调节模型合适的选项的过程，如股票C5.0决策树模型中的trials参数，神经网络中的调节节点、隐层数目，SVM中的核函数等等。 caret包自动调整参数：train函数，为分类和回归的150种不同机器学习模型自动搜寻一个最优的模型。支持的模型及相关可调节参数的详 阅读全文