随笔分类 - 文献
摘要：2024年6月，北京大学高歌教授课题组在Quantitative Biology期刊上发表了一篇题为“Foundation models for bioinformatics”的前瞻性综述。文章从基于文本的大语言模型在生物学信息任务上的应用与基于生物学数据预训练的基础模型两个角度探讨了基础模型对生物
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摘要：2024年2月22日，中国科学院遗传与发育生物学研究所田志喜课题组在《遗传》杂志“优博专栏”发表了题为“大豆泛基因组研究进展”综述文章。该综述总结了作物泛基因组的研究脉络，并且以大豆为例介绍了泛基因组研究的一般策略和研究内容，为研究者开展泛基因组工作提供了参考。 DOI: 10.16288/j.yc
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摘要：文章摘要 上海师范大学杨仲南教授团队在《中国水稻科学》发表综述，回顾了中国两系杂交水稻的发展历史；介绍了两系法中光/温敏型核不育系遗传资源的发现和选育，重点介绍了农垦58S的光敏位点, 安农S-1的温敏位点, 衡农S-1的温敏位点及其作用机理, _tms10, tms15和 tms18_位点及其作用
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摘要：近期，德国波恩大学作物功能基因组实验室Frank Hochholdinger教授和于鹏博士在Trends in Plant Science发表了题为Molecular concepts to explain heterosis in crops的综述文章，该文章以玉米为例深入探讨了杂种优势的分子机理
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摘要：分享一篇近期发表在 Bioinformatics 上的文章：AssemblyQC: A Nextflow pipeline for reproducible reporting of assembly quality，这是一个基因组组装质量评估的综合性流程，集合了准确性、连续性和完整性等多项指标（这
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摘要：分享一篇Y叔（余光创）联合同行老师近期在The Innovation Life上发表的综述文章：Bioinformatics software development: Principles and future directions。文章主要讨论了生物信息学软件开发的原则和未来的发展方向，强调了人
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摘要：分享一篇最近发表《New Phytologist》上一篇文章：Genomic selection in western redcedar: from proof of concept to operational application。文章主要研究了基因组选择（GS）在西部红杉（western r
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摘要：计算机视觉智能系统融合了计算机视觉、人工智能和机器学习技术，使机器能够模仿人类的视觉和认知能力做出决策，已广泛融入现代人类生活的各个层面。自 20 世纪后期以来，自动化的视觉系统已革新了各多个行业。鉴于世界人口的增长、可耕地的减少以及劳动力的短缺等问题，农业从业者需要各种信息来做出关于作物管理的决策
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摘要：分享一篇最近发表在NC的一篇文章：CoPheScan: phenome-wide association studies accounting for linkage disequilibrium。文章介绍了一种新的贝叶斯方法CoPheScan（Coloc adapted Phenome-wide
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摘要：现代作物育种正迈入全新的基因组设计时代，以基因组编辑技术为主流的基因组靶向修饰工具引领了作物育种方式的颠覆性变革和作物育种效率的大幅提升，其研发和应用水平将对未来的农业发展和粮食安全产生深刻的影响。 中国科学院遗传与发育生物学研究所高彩霞研究组长期致力于基因组编辑技术的自主创新，在精准基因组编辑技术
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摘要：2024年8月19日，上海师范大学生命科学学院的研究团队在_Plant Communications在线发表了题为“Landrace introgression contributed to the recent feralization of weedy rice in East China”的论
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摘要：2024年8月23日，中国水稻研究所王克剑团队与钱前院士团队、江西省农科院严松团队合作，在植物学知名期刊_Plant Communications_杂志在线发表了题为“Large-scale production of rice haploids by combining superior hapl
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摘要：“ 近日，《自然·植物（Nature Plants）》在线发表了中国农业科学院深圳农业基因组研究所（岭南现代农业科学与技术广东省实验室深圳分中心，以下简称“基因组所”）张兴坦团队联合南方科技大学陈国安副教授课题组、湖南农业大学易自力教授团队的研究论文，题为“Chromosome-level scaf
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摘要：PBJ近日在线发表了中国农业科学院和崖州湾国家实验室合作的题为“Wild rice: unlocking the future of rice breeding”的综述论文，文章系统梳理了稻属各物种间的系统进化关系、分类及地理分布，栽培稻育种中已鉴定的野生稻来源基因，分析了野生稻耐生物胁迫、非生物胁
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摘要：自上个世纪以来，无核一直是鲜食葡萄育种中的一个重要性状。几乎所有无核化的水果，都在全球市场上取得了巨大的成功，葡萄如此，香蕉、柑橘、西瓜、菠萝等亦如此。高可食率的果肉和无籽的口感，深受消费者的青睐。目前，获取无核葡萄的方法可以分为两种，一种是在盛花期喷施或浸泡赤霉素和细胞分裂素类似物，模拟受精信号，
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摘要：2024年8月8日，Cell旗下的遗传学顶级综述期刊Trends in Genetics在线发表了中国农科院作科所/南繁院李慧慧团队联合国内外多家单位撰写的特邀综述：Artificial intelligence in plant breeding。 亮点 基因组学、表型组学和分子生物学的快速发展正
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摘要：全基因组预测（或全基因组选择）在缩短动植物育种周期、提高育种效率等方面起到越来越重要的作用。在以往的研究中，通常只有基因组序列信息被用于全基因组预测中，但植物复杂性状的形成受到多个维度的遗传信息调控，包括基因组序列、基因转录调控、基因甲基化修饰、染色体三维结构与修饰等等。2016年拟南芥1001基因
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摘要：基于长reads进行结构变异的工具有很多，很多文章也进行过综合比较。今天分享一个新工具VolcanoSV。 Github： https://github.com/maiziezhoulab/VolcanoSV 结构变异（SV）对人类基因组多样性有重要贡献，并在精准医学中发挥关键作用。尽管单分子长读序
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摘要：杂种优势是指不同品种或品系间的杂交代在生长、发育、繁殖和抗病抗逆等性状优于亲代的现象。杂交能有效提高后代的生长发育性能、繁殖性能和抗病性，因此被广泛应用于农业生产。然而，现有杂种优势理论只能解释部分杂种优势现象；并且由于杂种优势理论不完善，现有的杂种优势预测方法准确性有限，需要提出新的预测理论；我国
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摘要：2024年8月8日，_Plant Physiology_在线发表了中国科学院分子植物科学卓越创新中心韩斌院士团队标题为Unlocking the mystery of heterosis opens the era of intelligent rice breeding的综述文章。重点关注作物杂交
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