随笔分类 - 文献
摘要：目录影响组装的基因组特性长读长和长范围（long-range）测序技术近T2T基因组组装核心组装算法评估序列组装李恒的观点 生信领域大神李恒今年发在预印本上的一篇综述：Genome assembly in the telomere-to-telomere era，小编总结下要点。 影响组装的基因组特
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摘要：目录基本信息论文摘要方法流程 剑桥大学最近在Nature子刊上发表了一则关于大语言模型（LLM）和农业推广服务的评述。 基本信息 标题：Large language models and agricultural extension services 作者：A. Tzachor，M. Devare，
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摘要：目录主要内容小编碎碎念 几个月前就听说华大万物联合上海师范大学开发了基因组选择的工具CropGS，一直比较好奇。近日文章已经发表见刊，得以一窥究竟。 主要内容 以往的作物GWAS数据库集中在表型和基因型之间的关联，只有少数数据库充分利用表型和基因型资源来构建和托管农艺性状的基因组预测模型。如NHGR
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摘要：目录 近日，西北农林科技大学生命科学学院马闯教授科研团队发布了植物多组学数据跨物种比较和进化研究的在线分析平台 IPOP (Integrative Plant multi-Omics Platform)。 IPOP平台地址：http://omicstudio.cloud:4012/ipod/。 相关
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摘要：目录基本信息背景方法结果碎碎念 前不久才刚总结完大豆T2T基因组：哪个才是首个（中国）大豆的T2T基因组版本？，谁能想到最近又出来一个大豆品种Jack的T2T基因组。 基本信息 标题: A complete reference genome for the soybean cv Jack (大豆品种
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摘要：目录摘要传统PPIR技术基于深度学习的PPIR技术1.卷积神经网络（Convolutional neural network, CNN）2. 深度置信网络（Deep belief network, DBN）3.循环神经网络（Recurrent neural network, RNN）4. 堆叠自编码
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摘要：目录摘要泛基因组的重要性植物泛基因组的主要结构变异（SV）驱动力植物泛基因组的发展植物泛基因组应用育种 今日分享一篇去年底今年初发表的植物泛基因组综述，作者史俊鹏、田志喜、赖锦盛、黄学辉，全员大佬。 该文详细介绍了植物泛基因组的概念、研究进展和应用。 摘要 植物基因组高度多样化，很大一部分序列在不同
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摘要：多基因组比对 （multiple genome alignment, MGA）首先要定义多序列比对 （multiple sequence alignment, MSA）。MSA 是将同源关系分配给 3 个或更多序列的方法（对于 2 个序列，使用“成对”而非“多个”），其中一组核苷酸是同源的，如果它们
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摘要：目录主要结果主要方法数据策略工具问题来了 2023年9月29日，哈尔滨工业大学王亚东团队联合中国农科院韩天富团队在bioRxiv发表了题为“A telomere-to-telomere genome assembly of Zhonghuang 13, a widely-grown soybean
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摘要：目录背景信息论文背景:过去方案:论文的Motivation:实验方法主要结果代码获取 澳大利亚国立大学生物研究院研究团队使用机器学习模型分析了大规模农田试验数据和卫星数据，成功预测了重要农作物特征，并揭示了作物行为的驱动因素和复杂相互作用。 背景信息 论文背景: 预计到2050年，全球人口将增加20
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摘要：目录深度学习：概念、工具和注意事项沿着分子生物学的中心法则进行深度学习DNA和基因特性蛋白质特性模型和数据共享理解基因组变异：从关联到因果关系和分子机制深度学习育种4.0：编辑育种结论 植物基因组学取得了巨大进步，其特点是高通量技术的爆炸式增长，以低成本识别多维全基因组分子表型。更重要的是，基因组学
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摘要：目录图形泛基因组的构建图泛构建方法获取和合并PAV变异图泛的存储格式线性参考基因组坐标的恢复图泛的可视化图泛的注释基因结构注释图泛的变异注释结构变异鉴定与基因分型图泛比对软件的优势图泛的应用功能元件的鉴定现有物种中的图泛规模基于图泛的GWAS未来应用结论与未来展望 图形泛基因组（图泛）以节点和路径的
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摘要：目录结构变异SV基于单个参考基因组鉴定SV通过构建泛基因组来鉴定SV转座元件与作物改良的相关性利用pan-genome进行QTL定位和GWAS利用pan-genome进行基因组预测泛基因组应用育种的挑战与机遇多倍体基因组的复杂性研究不足的作物基因组资源快速驯化新物种 结构变异SV 基于单个参考基因组
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摘要：[toc] >搜集一些主要农作物的已定位、克隆的重要功能基因，以供应用开发。 参考一些文章，不必自己一一去找，当然这只是极少的一部分。 # 农作物分子标记开发和利用研究进展 DNA分子标记是实现作物精准育种、提高育种效率的关键技术, 先后经历了以分子杂交、PCR扩增及可视化检测、高通量测序及序列解码
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摘要：很久没有更新了。感谢各位，我还在，来填坑。 Communications Biology｜浙江省农业科学院卢立志：中国地方鸡种重测序和甲基化分析为物种保护提供新的思路 Analysis of genome and methylation changes in Chinese indigenous c
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摘要：International Journal of Molecular Sciences（IF=6.208）| 中科院植物研究所孙小芹：“常香粳1813“染色体水平基因组揭示香粳和非香粳稻间的基因组变异 Chromosome-Level Genome Assembly of a Fragrant Ja
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摘要：Science Bulletin | 中国农科院作科所徐建龙&邱丽娟：大豆种质资源组学数据库SoyFGBv2.0搭建 A general model for “germplasm-omics” data sharing and mining: a case study of SoyFGB v2.0
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摘要：Hortic Res | 武汉大学李家儒：盾叶薯蓣高质量基因组解析与薯蓣皂苷生物合成进化 **The genome of Dioscorea zingiberensis sheds light on the biosynthesis, origin and evolution of the medi
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摘要：从杂交基因组到杂种优势性状输出：挑战与机遇 From hybrid genomes to heterotic trait output: Challenges and opportunities. Current Opinion in Plant Biology 2022, 66:102193 北京
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摘要：群体遗传中的驯化起源和基因流（基因漂移）分析是顶刊杂志最关注的亮点之一，能部分解答这方面的问题，IF应该就不会低。 这里选取几篇近几年的相关研究，以借鉴用。 MP (2019) | 全球油菜种质资源全基因组测序揭示了其生态型差异的遗传基础 Whole-genome resequencing of a
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