随笔分类 - 文献
摘要：近日，扬州大学张韬团队在aBIOTECH发表综述“Integrating machine learning and genome editing for crop improvement”。 随着大数据的积累，越来越多基于机器学习的方法被应用于植物科学研究，包括功能性基因和调控元件的挖掘，蛋白质结构
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摘要：本文旨在比较机器学习方法在基因组预测中的表现，并评估其对高维数据的处理能力。作者使用了正则化回归、深度学习、集成和实例基础学习等不同类型的监督学习方法，分别应用于模拟动物育种数据集和三个实际玉米育种数据集中。 结果表明，机器学习方法的表现和计算成本取决于数据和目标性状，简单线性混合模型和正则化回归方
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摘要：中国农业科学院作物科学研究所联合国际玉米小麦改良中心（CIMMYT）等单位在《The Crop Journal》发表论文：Genomic prediction of yield performance among single-cross maize hybrids using a partial
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摘要：最近国人有几个新的基因定位方法发表，记录下备忘。 Mol Plant | 中国农科院蔬菜所开发异交物种基因高效定位的新算法工具OcBSA 经典的基因位点快速定位方法Bulked Segregant Analysis（BSA，集群分离分析法）具有适用范围广、实验成本低的优势，但现有BSA算法（例如SN
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摘要：近日，四川农业大学刘登才组在《The Crop Journal》发表了综述文章：Towards cultivar-oriented gene discovery for better crops，回顾了引起基因发掘与品种创新“脱节”的几个常见问题，并提出了一些建议。 许多基因在论文中被描述为有利于提
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摘要：介绍一篇Rajeev Kumar Varshney于2021年在Trends in Plant Science专题《养活世界：植物育种的未来》上的综述，强调了基因组学辅助育种（genomics-assisted breeding, GAB）的作用和意义。 关于Rajeev Kumar Varshne
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摘要：本文来自《基因组选择对培育气候适应性作物的意义》一些研究和观点。 重点摘要 基因组选择是改善植物复杂性状（如生物和非生物胁迫耐受性）和实现可持续生产的有力工具。基因组选择能够显著提高植物的气候适应性和产量，并且预测准确性高。 不同统计模型对预测精度的影响：比较了单因素线性模型（SSGBLUP）、半参
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摘要：近日，中国农科院深圳基因组所程时锋团队在aBIOTECH发表上综述：Innovations in Functional Genomics and Molecular Breeding of Pea: Exploring Advances and Opportunities，总结了豌豆功能基因组学和分
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摘要：本文介绍了一个名为SeqBreed的Python工具，用于评估基因组预测在复杂情况下的表现。该工具可以模拟任何数量的由任意数量的因果位点决定的复杂表型，可实现了GBLUP、SSGBLUP、PBLUP等，并支持多种基因组预测方法和复杂染色体类型。作者使用了果蝇和四倍体马铃薯的数据集进行了测试，并展示了
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摘要：这是美国爱荷华州立大学工业工程系王立志老师联合同校老师发表的一篇文章。Front. Plant Sci.虽然影响因子不高（大家应该都知道偏应用的数量遗传学发表的期刊普遍不高），但本文的引用还是蛮高的，好像是年度最佳论文之一吧。 本文介绍了一种基于深度学习的框架，用于预测作物产量。该框架结合使用卷积神
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摘要：目录GS架构GS模型GS论文GS工具影响GS因素总结 过去的二十年，GS已被全球动物育种计划广泛采用，因为它有可能提高选择准确性，最大限度地减少表型，缩短周期和增加遗传增益。此外，鉴于GS在提高小麦、玉米和水稻等谷类作物的产量、生物和非生物胁迫耐受性以及品质方面取得了可喜的初步评估结果，因此正在探索
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摘要：现代玉米育种中，提高品种耐密性和种植密度是提高玉米单产的关键措施。玉米密植后群体通风、透光性降低，会引起避荫反应，造成株高和穗位高增加、抗生物和非生物胁迫能力降低、植株抗倒性降低，并最终导致产量损失。因此，培育耐密理想株型玉米是提高玉米耐密性的重要途径。 2023年12月22日，华南农大王海洋教授与
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摘要：在GS领域，虽然已经开发了众多统计模型，但其中大多数是针对数量连续性状的，只有少数是针对离散性状。近日，CIMMYT的Jose Crossa（数量遗传学领域大佬，详见：https://www.cimmyt.org/people/jose-crossa/）针对离散性状提出了一个在贝叶斯框架下的离散对数
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摘要：2024年1月13日，中国农科院深圳基因组研究所武志强教授团队综述了植物细胞器基因组研究进展，文章发表在《Trends in Plant Science》，题为：Plant organellar genomes: much done, much more to do。 质体和线粒体是唯一具有内共生起
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摘要：今年4月，华中农业大学焦文标团队在Genome Biology上发表论文：A comprehensive benchmark of graph‑based genetic variant genotyping algorithms on plant genomes for creating an a
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摘要：昆士兰大学Robert J. Henry教授团队利用改进的单倍型水平基因组组装揭示更多的水稻基因。 本研究利用更准确的测序技术，分析组装了一个改进的单倍型水平水稻基因组。该改进的基因组组装包含了早期基因组序列中缺失的区域，并且基于更高的序列准确性注释了3000多个新的基因。这个单倍体型基因组将成为水
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摘要：近日，由丹麦奥胡斯大学、华南农业大学、中国农科院基因组所、美国农业部、马里兰大学、爱丁堡大学和等多家单位联合发起的猪基因型-组织表达计划（PigGTEx）取得阶段性进展，成功构建猪基因型-组织表达图谱，相关文章 “A compendium of genetic regulatory effects
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摘要：目录目的示例代码表型文件预处理基因型文件预处理机器学习建模预测绘图其他结果 利用代码复现一个机器学习应用于基因组预测的项目，张志武老师于2023年发表在《园艺研究》上的一篇文章。 目的 使用 GWAS 和 GP 结合重测序数据和从世界各地收集的 220 份紫花苜蓿种质的秋季休眠（Fall dorma
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摘要：目录数据采集无人机系统数据预处理图像拼接颜色转换和校正图像分割数据分析图像分析关键技术作物株高提取叶面积指数提取技术植物病害检测技术 基于无人机系统的作物表型分析方法集数据采集、处理和分析于一身，大大缩短和精简了作物表型研究的时间和过程。首先，利用小型无人机在作物种植区域进行图像数据的采集；获取完毕
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摘要：目录摘要将生物数据和知识转化为植物的精准设计育种机器学习（ML）在植物生物学中的应用案例研究：多组学数据关联研究（MODAS）中的数据降维（DR）亮点总结 今天简单回顾下中国农业大学王向峰教授团队2023年上半年发表在Trends in Plant Sicence的综述文章。该文阐释系统全面，值得赏
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