plink实现将vcf文件转换为plink格式时FID和IID的变化

 

000、原始文件ID

[root@localhost test]# ls          ## 测试文件
test.vcf
[root@localhost test]# grep "^#" test.vcf | tail -n 1
#CHROM  POS     ID      REF     ALT     QUAL    FILTER  INFO    FORMAT  H10_sh

 

 

001、直接转换：

[root@localhost test]# ls
test.vcf
[root@localhost test]# plink --vcf test.vcf --allow-extra-chr --recode tab --out 001 1> /dev/null      ## plink直接转换
[root@localhost test]# ls
001.log  001.map  001.nosex  001.ped  test.vcf
[root@localhost test]# cut -f 1-10 001.ped                  ## 如果直接转换，则会将个体ID拆分为H10和sh
H10     sh      0       0       0       -9      C C     T T     A A     T T

 

002、--const-fid xxx 参数

[root@localhost test]# ls
test.vcf
[root@localhost test]# plink --vcf test.vcf --allow-extra-chr --const-fid xxx --recode tab --out 001 1> /dev/null    ## 使用--const-fid xxx 参数
[root@localhost test]# ls
001.log  001.map  001.nosex  001.ped  test.vcf
[root@localhost test]# cut -f 1-10 001.ped        ## FID为xxx，个体ID保持不变
xxx     H10_sh  0       0       0       -9      C C     T T     A A     T T

 

003、--double-id  参数

[root@localhost test]# ls
test.vcf
[root@localhost test]# plink --vcf test.vcf --allow-extra-chr --double-id --recode tab --out 001 1> /dev/null       ## 使用--double-id参数
[root@localhost test]# ls
001.log  001.map  001.nosex  001.ped  test.vcf
[root@localhost test]# cut -f 1-10 001.ped         ## FID和IID均为个体ID
H10_sh  H10_sh  0       0       0       -9      C C     T T     A A     T T

 

reference:

01、https://cloud.tencent.com/developer/article/1556166