小鲨鱼2018

2025年1月27日

摘要： 001、通常做法 [root@localhost test]# time seq 10 > a.txt 2> xxx ## 完全追加至xxx real 0m0.002s user 0m0.000s sys 0m0.002s [root@localhost test]# ls a.txt xxx [ 阅读全文

posted @ 2025-01-27 13:28 小鲨鱼2018 阅读(126) 评论(0) 推荐(0)

线程数对samtools depth xxx.bam计算速度的影响

摘要： 001、测试如下： time (samtools depth Iran141.sorted.markdup.bam > xxx ) &> thread_1.time time (samtools depth -@ 5 Iran141.sorted.markdup.bam > xxx ) &> th 阅读全文

posted @ 2025-01-27 12:37 小鲨鱼2018 阅读(71) 评论(0) 推荐(0)

WGS数据分析中测序深度、比对深度、比对覆盖度的计算

摘要： 001、测序深度 = 测序量 / 基因组的大小。 a、根据fastq计算测序的碱基数目 b、计算参考基因组的碱基数目 c、a的结果/b的结果 002、比对深度 = 比对上所有位点深度之和/比对上的位点的数目。测试： (base) [b20223040323@admin1 test4]$ ls SR 阅读全文

posted @ 2025-01-27 12:15 小鲨鱼2018 阅读(298) 评论(0) 推荐(0)

2025年1月26日

samtools idxstats参数解读

摘要： 001、 samtools idxstat xxx.bam ## bam需要是排过序且构建过索引的 [s20223040682@admin1 test]$ samtools idxstats Iran141.sorted.markdup.bam | head ## 第一列染色体名称，第二列染色体的长阅读全文

posted @ 2025-01-26 21:58 小鲨鱼2018 阅读(114) 评论(0) 推荐(0)

Linux 中grep命令 -F 选项使关键字按照原始字符串进行搜索

摘要： 001、 [root@localhost test]# ls a.txt [root@localhost test]# cat a.txt ## 测试数据 j003_mappingrate.txt KRA6 97.79% wild_mappingrate.txt KR.6 98.53% j004_m 阅读全文

posted @ 2025-01-26 11:11 小鲨鱼2018 阅读(27) 评论(0) 推荐(0)

2025年1月21日

trimmomatic软件进行重测序数据质控

摘要： 001、推荐使用如下参数 java -jar /path/trimmomatic-0.39.jar PE \ -phred33 \ -threads 16 \ sample_name_1.fq.gz sample_name_2.fq.gz \ -baseout /path/sample_name_ 阅读全文

posted @ 2025-01-21 09:03 小鲨鱼2018 阅读(85) 评论(0) 推荐(0)

2025年1月20日

NCBI中核酸库和蛋白库的下载

摘要： 001a、核酸库 ascp -v -k 1 -T -l 200m -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.gov:/blast/db/FASTA/nt.gz ./ 001b、构建索引 mak 阅读全文

posted @ 2025-01-20 11:15 小鲨鱼2018 阅读(48) 评论(0) 推荐(0)

Linux 中 fold命令指定数据已指定宽度输出

摘要： 001、 [s20223040682@admin2 test]$ echo hollo@world | fold -w 1 h o l l o @ w o r l d [s20223040682@admin2 test]$ echo hollo@world | fold -w 2 ho ll o@ 阅读全文

posted @ 2025-01-20 10:51 小鲨鱼2018 阅读(20) 评论(0) 推荐(0)

seqtk 生信工具的安装与使用

摘要： 001、安装 git clone https://github.com/lh3/seqtk.git cd seqtk/ make ./seqtk | head -n 3 002、fastq格式转换为fasta格式 [s20223040682@admin2 test]$ ls test.fastq [ 阅读全文

posted @ 2025-01-20 10:19 小鲨鱼2018 阅读(444) 评论(0) 推荐(1)

2025年1月15日

Linux 中grep命令实现在没有匹配时返回特定值

摘要： 001、 (base) [root@PC1 test]# ls a.txt idx.txt (base) [root@PC1 test]# cat a.txt ## 测试数据 01 02 03 04 05 06a 07 08 09 10 11 12 13 14b 15 16 17 18 19 20 阅读全文

posted @ 2025-01-15 11:54 小鲨鱼2018 阅读(26) 评论(0) 推荐(0)

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