plink 软件中依据LD信息对数据进行去冗余

 

001、

plink --file file --sheep --allow-extra-chr --indep-pairwise 50 5 0.2 --set-missing-var-ids @:# --keep-allele-order  --out tmp_result       ## 依据ld过滤

plink --file tmp_result --sheep --allow-extra-chr --extract tmp_result.prune.in --keep-allele-order --set-missing-var-ids @:# --recode tab --out result_LD_pruned     ## 提取过滤后的位点

 

 

reference：

01、https://zhuanlan.zhihu.com/p/9441695073

02、Lv FH, Cao YH, Liu GJ, et al. Whole-Genome Resequencing of Worldwide Wild and Domestic Sheep Elucidates Genetic Diversity, Introgression, and Agronomically Important Loci. Mol Biol Evol. 2022 Feb 3;39(2)