小鲨鱼2018

2022年7月30日

摘要： 001、plink root@PC1:/home/test# ls gwas_case_cont.map gwas_case_cont.ped root@PC1:/home/test# plink --file gwas_case_cont --pca 3 1> /dev/null ## 生成PCA 阅读全文

posted @ 2022-07-30 14:55 小鲨鱼2018 阅读(519) 评论(0) 推荐(0)

R语言中exp函数

摘要：例：exp(x): R语言中exp函数用于返回e的x次方的值。 001、 exp(4) 2.718281828459**4 exp(0) 2.718281828459**0 exp(-5) 2.718281828459**-5 dat <- c(-7, 0, 7) exp(dat) 2.718281 阅读全文

posted @ 2022-07-30 14:00 小鲨鱼2018 阅读(3074) 评论(0) 推荐(0)

GWAS logistic回归分析

摘要： 001、plink root@PC1:/home/test# ls gwas_case_cont.map gwas_case_cont.ped root@PC1:/home/test# plink --file gwas_case_cont --logistic beta 1> /dev/null 阅读全文

posted @ 2022-07-30 13:23 小鲨鱼2018 阅读(231) 评论(0) 推荐(0)

CPU的IPC性能是什么意思？

摘要： 001、 IPC，英文全称“Instruction Per Clock”，中文翻译过来就是每个时钟的指令，即CPU每一时钟周期内所执行的指令多少，IPC代表了一款CPU的设计架构，一旦该CPU设计完成之后，IPC值就不会再改变了。在这里，IPC值的高低起到了决定性的作用，而频率似乎不再高于一切。 C 阅读全文

posted @ 2022-07-30 12:41 小鲨鱼2018 阅读(2569) 评论(0) 推荐(0)

2022年7月29日

使用基因型数据计算近交系数

摘要： 001、plink --het （纯合度近交系数） root@PC1:/home/test# ls outcome.map outcome.ped root@PC1:/home/test# plink --file outcome --het 1> /dev/null root@PC1:/home/ 阅读全文

posted @ 2022-07-29 23:49 小鲨鱼2018 阅读(1646) 评论(0) 推荐(0)

利用基因型数据构建G矩阵

摘要： 001、plink + sommer实现 root@PC1:/home/test# ls outcome.map outcome.ped root@PC1:/home/test# plink --file outcome --recode A 1> /dev/null ## 将A\T\C\G转换为0 阅读全文

posted @ 2022-07-29 21:30 小鲨鱼2018 阅读(538) 评论(0) 推荐(0)

R 脚本实现 xx.hmp.txt格式数据转换为plink格式

摘要： 001、 dir() dat <- fread("mdp_genotype_test.hmp.txt", header = F, data.table = F) ## 读入文件 genotype <- t(dat[,12:ncol(dat)])[,-1] genotype <- apply(geno 阅读全文

posted @ 2022-07-29 18:03 小鲨鱼2018 阅读(423) 评论(0) 推荐(0)

R语言中 gsub函数应用于数据框中

摘要： 001、 r1 <- c("CC","CC","GG","TT") r2 <- c("GG","GG","GC","TT") r3 <- c("CC","GG","GG","TT") dat <- data.frame(r1, r2, r3) ## 测试数据框 dat gsub(pattern = 阅读全文

posted @ 2022-07-29 17:26 小鲨鱼2018 阅读(453) 评论(0) 推荐(0)

linux shell脚本实现 xx.hmp.txt格式数据转换为plink格式

摘要： 001、测试数据 root@PC1:/home/test# ls mdp_genotype_test.hmp.txt record.sh root@PC1:/home/test# head -n 5 mdp_genotype_test.hmp.txt | cut -f 1-13 ## 测试数据 rs 阅读全文

posted @ 2022-07-29 00:39 小鲨鱼2018 阅读(319) 评论(0) 推荐(0)

linux 中如何匹配非空字符

摘要： 001、\S：大写S root@PC1:/home/test2# ls a.txt root@PC1:/home/test2# cat a.txt 33-16 CC CC GG TT GG TT GG TT CC 38-11 CC GG GG TT GG TT CC TT CC 4226 CC CC 阅读全文

posted @ 2022-07-29 00:09 小鲨鱼2018 阅读(208) 评论(0) 推荐(0)

公告