小鲨鱼2018

2022年7月12日

摘要：表型2是case。表型1是control。 001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# ls outcome.map outcome.ped root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# cat outcome.map 1 s64199.1 阅读全文

posted @ 2022-07-12 16:15 小鲨鱼2018 阅读(276) 评论(0) 推荐(0)

plink 软件中 Total genotyping rate 指的是什么？

摘要： 1、Total genotyping rate：所有位点的基因分型率。 001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# ls outcome.map outcome.ped root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# cat outcome.ma 阅读全文

posted @ 2022-07-12 16:04 小鲨鱼2018 阅读(461) 评论(0) 推荐(0)

plink Error: Failed to extract eigenvector(s) from GRM.

摘要： Error: Failed to extract eigenvector(s) from GRM. 001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5# ls test.map test.ped root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5# cat te 阅读全文

posted @ 2022-07-12 00:36 小鲨鱼2018 阅读(630) 评论(0) 推荐(0)

2022年7月11日

plink 软件输出日志文件中 founders 和 nonfounders指的是什么？

摘要： 001、founders：同时没有父本和母本信息的个体 002、nofunders：有父本或者母本信息的个体。（1）、测试 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# ls test.map test.ped root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4 阅读全文

posted @ 2022-07-11 23:12 小鲨鱼2018 阅读(418) 评论(0) 推荐(0)

Warning: 225 het. haploid genotypes present (see test.hh ) 产生原因

摘要： 001、（1）、23号染色体（2）、雄性（3）、基因型为杂合以上三个原因造成出现plink.hh文件的出现。 i、测试染色体。 1、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# ls chr23.map chr23.ped root@DESKTOP-1N42TVH:/ 阅读全文

posted @ 2022-07-11 21:49 小鲨鱼2018 阅读(365) 评论(0) 推荐(0)

linux 中如何在文件指定的位置插入特定的行

摘要： 001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test3# ls a.txt b.txt root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test3# cat a.txt e r s s f w z x v z v e root@DESKTOP-1N42TVH:/home/t 阅读全文

posted @ 2022-07-11 10:45 小鲨鱼2018 阅读(1117) 评论(0) 推荐(0)

linux 中如何在文件指定位置插入特定的列

摘要： 001、插入列 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test3# ls a.txt b.txt root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test3# cat a.txt e r s s f w z x v z v e root@DESKTOP-1N42TVH:/hom 阅读全文

posted @ 2022-07-11 10:36 小鲨鱼2018 阅读(1630) 评论(0) 推荐(0)

2022年7月10日

使用plink、gemma软件进行gwas分析增加协变量

摘要： 001、plink root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test# ls cov.txt gwas_test.map gwas_test.ped root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test# head cov.txt ## 协变量文件前两列FID、IID；第三阅读全文

posted @ 2022-07-10 23:25 小鲨鱼2018 阅读(3229) 评论(2) 推荐(1)

主板EATX、ATX、MATX、ITX

摘要： 001、 002、阅读全文

posted @ 2022-07-10 21:44 小鲨鱼2018 阅读(704) 评论(0) 推荐(0)

gemma、plink使用一般线性模型进行GWAS分析

摘要： 001、测试数据 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test# ls ## 表型数据为ped文件的第6列 gwas_test.map gwas_test.ped 002、plink 一般线性模型GWAS （1）、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test# 阅读全文

posted @ 2022-07-10 12:44 小鲨鱼2018 阅读(805) 评论(0) 推荐(0)

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