小鲨鱼2018

2022年7月18日

摘要： 001、awk 实现 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5/test# ls pvalue.bed root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5/test# cat pvalue.bed ## 第一列染色体，二列pos，三列p Chr1 15700 阅读全文

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linux 中 sort -V 选项

摘要： 001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5/test# ls a.txt root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5/test# cat a.txt Chr8 Chr4 Chr1 Chr3 Chr7 Chr10 Chr11 Chr12 Chr2 阅读全文

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linux 中 sort命令 -k选项

摘要： sort -k选项用于指定按照哪一列进行排序。 001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5/test# ls facebook.txt root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5/test# cat facebook.txt google 110 阅读全文

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基因组索引文件xxx.fai格式

摘要： 001、由fasta文件生成fai文件 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5/test# ls all.con.fa root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5/test# samtools faidx all.con.fa root@DESKTOP 阅读全文

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2022年7月17日

linux 中shell统计fasta文件中每条染色体上的碱基数目

摘要： 001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5/test/test# ls test.fa root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5/test/test# cat test.fa >Chr1 ACCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAA 阅读全文

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linux shell统计 fasta文件中每条染色体上的碱基数

摘要： 001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5/test/test# ls test.fa root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5/test/test# cat test.fa ## 测试fasta文件 >Chr1 ACCCTAAACCCTAAA 阅读全文

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linux 中删除匹配特定字符的行及其后的若干行

摘要： 001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test2# ls a.txt root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test2# cat a.txt 1 01 2 02 3 AAA 4 03 5 04 6 03 7 BBB 8 06 9 07 10 BBB 11 0 阅读全文

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linux 中 sed命令匹配特定字符之间的数据

摘要： 001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test2# ls a.txt root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test2# cat a.txt 01 02 AAA 03 04 05 BBB 06 07 08 CCC 09 10 root@DESKTOP-1N4 阅读全文

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linux 中 sed匹配特定字符并输出其后的若干行

摘要： 001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test2# ls a.txt root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test2# cat a.txt ## 测试数据 01 1 02 2 AA 3 03 4 04 5 05 6 BB 7 06 8 07 9 AA 10 阅读全文

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2022年7月16日

plink 软件中 --allow-no-sex 参数的作用

摘要： --allow-no-sex：在进行关联分析时，缺失性别信息时，仍然进行分析。 001、缺失性别信息，同时不使用改参数时： root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test3# ls clean.bed clean.bim clean.fam root@DESKTOP-1N42TVH 阅读全文

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