摘要：
001、 root@PC1:/home/test# ls gwas_test.bed gwas_test.bim gwas_test.fam root@PC1:/home/test# gcta64 --bfile gwas_test --make-grm --out gmat 1> /dev/nul 阅读全文
posted @ 2022-07-31 23:39
小鲨鱼2018
阅读(442)
评论(0)
推荐(0)
摘要：
001、 在统计学与概率论中，（矩阵的）协方差矩阵的每个元素是各个向量元素之间（列向量）的协方差，是从标量随机变量到高维度随机向量的自然推广。 矩阵中的数据按行排列与按列排列求出的协方差矩阵是不同的，这里默认数据是按行排列。即每一行是一个observaTIon（or sample），那么每一列就是一 阅读全文
posted @ 2022-07-31 20:43
小鲨鱼2018
阅读(424)
评论(0)
推荐(0)
摘要：
001、 1.协方差 方差是描述自身偏离其均值的程度。 协方差用来描述两个变量间的变化关系,协方差用来度量两个随机变量关系的统计量： <span class="mrow"><span class="mi"><img src="https://img2022.cnblog 阅读全文
posted @ 2022-07-31 12:32
小鲨鱼2018
阅读(2286)
评论(0)
推荐(0)
摘要：
001、 library(rMVP) MVP.Data(fileBed="gwas_test",filePhe="phenotype.txt",fileKin=TRUE,filePC=TRUE,out="mvp") ## gwas_test为plink二进制格式的文件名， phenotype.txt 阅读全文
posted @ 2022-07-31 11:02
小鲨鱼2018
阅读(2333)
评论(6)
推荐(0)
摘要：
001、 root@PC1:/home/test# ls gwas_test.map gwas_test.ped root@PC1:/home/test# plink --file gwas_test --recode 12 transpose --out emmax_format 1> /dev/ 阅读全文
posted @ 2022-07-31 01:40
小鲨鱼2018
阅读(824)
评论(0)
推荐(0)
摘要：
001、 root@PC1:/home/test# ls gwas_test.bed gwas_test.bim gwas_test.fam root@PC1:/home/test# awk '{print $1, $2, $6}' gwas_test.fam > phenotype.txt ## 阅读全文
posted @ 2022-07-31 01:03
小鲨鱼2018
阅读(1708)
评论(0)
推荐(0)
摘要：
001、plink root@PC1:/home/test# ls gwas_case_cont.map gwas_case_cont.ped root@PC1:/home/test# plink --file gwas_case_cont --logistic recessive beta 1> 阅读全文
posted @ 2022-07-31 00:35
小鲨鱼2018
阅读(181)
评论(0)
推荐(0)
摘要：
001、plink root@PC1:/home/test# ls gwas_case_cont.map gwas_case_cont.ped root@PC1:/home/test# plink --file gwas_case_cont --logistic dominant beta 1> / 阅读全文
posted @ 2022-07-31 00:21
小鲨鱼2018
阅读(152)
评论(0)
推荐(0)
浙公网安备 33010602011771号