小鲨鱼2018

2022年7月19日

摘要： 001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5# ls record.sh region.bed root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5# wc -l region.bed ## 测试数据 1058 region.bed root@DESKTOP 阅读全文

posted @ 2022-07-19 12:51 小鲨鱼2018 阅读(111) 评论(0) 推荐(0)

linux 中 awk命令输出一列数据中的最小值、最大值

摘要： 001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5/test/test# cat a.txt 5 8 2 7 9 30 1 10 3 6 7 5 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5/test/test# awk '{if(NR == 1) {mi 阅读全文

posted @ 2022-07-19 09:56 小鲨鱼2018 阅读(764) 评论(0) 推荐(0)

2022年7月18日

linux 中awk命令计算同一列相邻上数值的差

摘要： 001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5/test/test# ls a.txt root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5/test/test# cat a.txt 1570051 1570053 5188621 5178672 518870 阅读全文

posted @ 2022-07-18 23:47 小鲨鱼2018 阅读(373) 评论(0) 推荐(0)

gwas分析中根据显著性p值筛选上下游10k位点

摘要： 001、awk 实现 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5/test# ls pvalue.bed root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5/test# cat pvalue.bed ## 第一列染色体，二列pos，三列p Chr1 15700 阅读全文

posted @ 2022-07-18 18:15 小鲨鱼2018 阅读(278) 评论(0) 推荐(0)

linux 中 sort -V 选项

摘要： 001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5/test# ls a.txt root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5/test# cat a.txt Chr8 Chr4 Chr1 Chr3 Chr7 Chr10 Chr11 Chr12 Chr2 阅读全文

posted @ 2022-07-18 17:15 小鲨鱼2018 阅读(111) 评论(0) 推荐(0)

linux 中 sort命令 -k选项

摘要： sort -k选项用于指定按照哪一列进行排序。 001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5/test# ls facebook.txt root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5/test# cat facebook.txt google 110 阅读全文

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基因组索引文件xxx.fai格式

摘要： 001、由fasta文件生成fai文件 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5/test# ls all.con.fa root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5/test# samtools faidx all.con.fa root@DESKTOP 阅读全文

posted @ 2022-07-18 11:18 小鲨鱼2018 阅读(951) 评论(0) 推荐(0)

2022年7月17日

linux 中shell统计fasta文件中每条染色体上的碱基数目

摘要： 001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5/test/test# ls test.fa root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5/test/test# cat test.fa >Chr1 ACCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAA 阅读全文

posted @ 2022-07-17 23:21 小鲨鱼2018 阅读(104) 评论(0) 推荐(0)

linux shell统计 fasta文件中每条染色体上的碱基数

摘要： 001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5/test/test# ls test.fa root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5/test/test# cat test.fa ## 测试fasta文件 >Chr1 ACCCTAAACCCTAAA 阅读全文

posted @ 2022-07-17 22:35 小鲨鱼2018 阅读(107) 评论(0) 推荐(0)

linux 中删除匹配特定字符的行及其后的若干行

摘要： 001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test2# ls a.txt root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test2# cat a.txt 1 01 2 02 3 AAA 4 03 5 04 6 03 7 BBB 8 06 9 07 10 BBB 11 0 阅读全文

posted @ 2022-07-17 21:50 小鲨鱼2018 阅读(722) 评论(0) 推荐(0)

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