plink --flip 命令实现正负链的反转
plink --filp命令实现正负链的反转
1、
[root@centos79 test]# ls ## 测试数据如下， 8个位点， 8个样本 a.txt outcome.map outcome.ped [root@centos79 test]# cat outcome.map 1 snp1 0 55910 1 snp2 0 85204 1 snp3 0 122948 1 snp4 0 203750 1 snp5 0 312707 1 snp6 0 356863 1 snp7 0 400518 1 snp8 0 487423 [root@centos79 test]# cat outcome.ped DOR 1 0 0 0 -9 G G C C G G G G A G A A G G G C DOR 2 0 0 0 -9 G G G C G G G G G G A A A G C C DOR 3 0 0 0 -9 G G C C G G G G G G A A A G G C DOR 4 0 0 0 -9 G G C C G G G G G G A A G G G G DOR 5 0 0 0 -9 G G C C G G G G G G A A A G G C DOR 6 0 0 0 -9 G G C C G G G G G G A A A A C C DOR 7 0 0 0 -9 G G C C G G A G A A A A G G C C DOR 9 0 0 0 -9 G G C C G G A G A A A A G G C C [root@centos79 test]# cat a.txt ## 指定反转的位点，是指定的snp的ID snp1 snp2 snp3 snp4 snp5 snp6 snp7 snp8 [root@centos79 test]# plink --file outcome --flip a.txt --recode tab --out 111 &> /dev/zero [root@centos79 test]# ls 111.log 111.map 111.nosex 111.ped a.txt outcome.map outcome.ped [root@centos79 test]# cat 111.ped ## 反转的结果是碱基 A-T;C-G之间的互换 DOR 1 0 0 0 -9 C C G G C C C C T C T T C C C G DOR 2 0 0 0 -9 C C C G C C C C C C T T T C G G DOR 3 0 0 0 -9 C C G G C C C C C C T T T C C G DOR 4 0 0 0 -9 C C G G C C C C C C T T C C C C DOR 5 0 0 0 -9 C C G G C C C C C C T T T C C G DOR 6 0 0 0 -9 C C G G C C C C C C T T T T G G DOR 7 0 0 0 -9 C C G G C C T C T T T T C C G G DOR 9 0 0 0 -9 C C G G C C T C T T T T C C G G
