橙子牛奶糖

摘要： 一般Excel就能实现根据相同的列或ID合并不同的文件，但对于大文件来说，比如几十个G的数据量，用Excel处理，不仅耗时，而且还会使电脑崩溃。R语言的优势就体现在这里了，处理大文件相当快。 注意：使用merge函数合并文件时，要把文件转化为数据框格式（data.frame） 阅读全文

摘要： 假设我们现在有CC,CG,GG三种基因型及三种基因型对应的表型，我们现在想要画出不同的基因型对应表型的棒状图及误差棒。整个命令最重要的就是最后一句了，用arrows函数画误差棒。用到的R语言如下： 效果图如下： 阅读全文

摘要： 楼主跑以下程序时分别弹出了“fastq_quality_filter: Invalid quality score value (char '.' ord 46 quality value -18) on line 12”和“fastq_quality_filter: Invalid quality 阅读全文

摘要： 外显子测序时带有adapt接头，因此我们需要去除adapt接头，cutadapt的作用是去除adapt接头，一般用到如下命令： “-a”参数表明后面跟着的“AACCGGTT”是我们想要去除的adapt接头，如果你的外显子接头为其他序列，请将“AACCGGTT”改为你想去除的adapt接头； “-o” 阅读全文

摘要： 出现这种问题时，一般要加上以下命令： 运行成功后，再将twobit格式转化为fa格式 阅读全文

摘要： 最近跑程序时出现了这么一个问题： 出现此问题一般都是数据量太大，同时跑太多程序造成的，比如我经常会同时打开十多个终端界面，跑不同的脚本，就容易出现这种问题。解决方法很简单，不要同时跑这么多程序，一个个跑。 阅读全文

摘要： 效果图如下： 阅读全文

摘要： 如文章“Genome-wide Complex Trait Analysis(GCTA)-全基因组复杂性状分析”中介绍的GCTA，是一款基于全基因组关联分析发展的分析工具，除了计算不同性状/表型间（traits）的遗传相关性外，还可以计算亲缘关系、近交系数……，下面简单介绍如何利用GCTA计算不同性 阅读全文

摘要： 遗传方差：遗传方差又称表型方差（phenotypic variance），通常结合基因型方差（genotype variance）和环境方差（environmental variance）。遗传方差主要包括三方面：加性遗传方差（Additive genetic variance）、显性遗传方差（Do 阅读全文

摘要： 全基因组关联分析流程： 一、准备plink文件 1、准备PED文件 PED文件至少有六列，内容如下： Family ID Individual ID Paternal ID Maternal ID Sex (1=male; 2=female; other=unknown) Phenotype(-9 阅读全文