橙子牛奶糖

摘要： 如图所示，命名为file文件的表头有BP、A1、TEST等 假如想提取含有“ADD”的行和该行对应列的“BP”和"P"值，则需要用到以下命令 /ADD/表示搜索含有“ADD”的行，$1表示提取第一列，$7表示提取第七列，file指的是搜索的文件名，">"表示输出，file_BP_P表示输出后保存的文 阅读全文

摘要： 如图所示，有多个不同后缀的文件，但他们的前缀都是“QC_TZ.impute.” 此时想批量复制图中的文件的话，可以考虑用命令行 其中，cp表示复制，*表示不同的后缀，/your/destination/表示复制的文件存放在“destination”的文件夹下 同理，如果想批量删除的话，用以下命令行 阅读全文

摘要： MAGENTA是一款计算工具，利用全基因组遗传数据，计算预先设定的涉及生物过程或者功能性基因集在遗传相关性的富集程度。开发的目的是分析基因型不是现成的数据集，比如大型的全基因组关联荟萃分析。在以下两种情况下可以使用：1，检验某个特定的假设；2，通过检测一系列已知的生物基因集（从不同的公共数据库提供的 阅读全文

摘要： GCTA(全基因组复杂性状分析)工具开发目的是针对复杂性状的全基因组关联分析，评估SNP解释的表型方差所占的比例(该网站地址：http://cnsgenomics.com/software/gcta/)。目前GCTA工具可实现以下功能： 1 评估全基因组SNP的亲缘关系（遗传关系） 2 评估全基因组 阅读全文

摘要： haploview弹出这种错误是因为haploview的缺失值默认为0，而plink文件的缺失值一般用”-9“表示，当ped文件的缺失值为”-9“时，haploview不认得该字符，就弹出错误提示。解决方法为将文件中所有的”-9“替换为0。 在linux界面中，用vim命令编辑ped文件后，输入以下 阅读全文

摘要： 双等位基因(biallelic sites ):表示在基因组的某个位点上有两个等位基因，如下图第七个位点所示，有G/-两种形式： 多等位基因(multiallelic sites)：表示在基因组的某个位点上存在有多个等位基因，如下图第七个位点所示，在不同的样本中，有G、C、T、-几种形式： 阅读全文

摘要： 弹出“more than two alleles”的错误是因为ped文件中一个SNP位点上存在两个以上的等位基因，haploview连锁分析时默认为只有两个等位基因，因此我们要去掉超过两位等位基因的SNP才能做连锁分析。 解决方案一：针对vcf格式的文件； 用到命令：--min-alleles 2 阅读全文

摘要： 下载vcf文件： 方法一：进入ftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/release/20130502/，直接下载相应染色体的vcf 方法二：进入http://grch37.ensembl.org/Homo_sapiens/Tools/DataSlicer 阅读全文

摘要： 侧翼区(flanking region) 根据维基定义：The 5' flanking region is a region of DNA that is adjacent to the 5' end of the gene. The 5' flanking region contains the  阅读全文

摘要： 基因间隔区：An Intergenic region (IGR) is a stretch of DNA sequences located between genes. Intergenic regions are a subset of Noncoding DNA. Occasionally s 阅读全文