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原始文件mir.txt如下所示： 现在我想把末尾这些长短不一的字母都去掉，可以用命令：sed -r 's/[A-Z]{1,10}$//' mir.txt > mir1.txt [A-Z]指的是匹配字母； {1,10}$指的是处理末尾1-10个不等的字母； mir1.txt的效果如下所示： 阅读全文
posted @ 2021-07-29 18:03
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1、安装"biomaRt"包 if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("biomaRt") library("biomaRt" 阅读全文
posted @ 2021-07-27 11:15
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报错： Error in UseMethod("filter_") : "filter_"没有适用于"c('tbl_SQLiteConnection', 'tbl_dbi', 'tbl_sql', 'tbl_lazy', 'tbl')"目标对象的方法 Error in UseMethod("filt 阅读全文
posted @ 2021-07-27 09:40
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解决方案： 卸载“stringi”包，我是直接选择删除整个包； 重新安装“stringi”包：install.packages("stringi") 阅读全文
posted @ 2021-07-27 09:02
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使用坐标转换时出现的报错：Expecting integer field 7 line 1 of ../trash/hglft_genome_60165_e07ed0.user, got 1.0 报错原因： 第七列存在问题； 由于我只需要用到前三列，因此重新提取前三列进行转换就OK了。 阅读全文
posted @ 2021-07-26 11:13
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使用以下方式进行坐标转换时出现报错：Chain mapping error: chr1:205978511-205978511 把坐标改成0-based的格式就行了，如下所示： 阅读全文
posted @ 2021-07-26 08:45
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本周最新文献速递20210725 一、精细解读文献 一 文献题目： Distinction between the effects of parental and fetal genomes on fetal growth 不想看英文题目： 亲本和胎儿基因组对胎儿生长影响的迥异 杂志和影响因子： N 阅读全文
posted @ 2021-07-25 22:45
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安装BiocManager::install("org.Hs.eg.db")时出现的报错。 解决方案：重新安装Rcpp即可： install.packages("Rcpp") BiocManager::install("org.Hs.eg.db") 阅读全文
posted @ 2021-07-24 17:36
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GWAS找到显著信号位点后，需要解释显著信号位点如何影响表型。 常见的一个解释方法是共定位分析。 主流的共定位分析包括： 1）GWAS和eQTL共定位； 2）GWAS和sQTL共定位； 3）GWAS和meQTL共定位； 4）GWAS和pQTL共定位； 其中，GWAS和eQTL共定位应用最为广泛。 具 阅读全文
posted @ 2021-07-23 20:03
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跑以下命令时： bcftools view -S samplelistname.txt file.vcf.gz -Ov > newfile.vcf 产生报错：[E::vcf_parse_format] Number of columns at chrX:XX does not match the n 阅读全文
posted @ 2021-07-21 22:27
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