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2021年8月12日
下载、安装、编译 QTLtools
摘要： 1 下载、安装、编译 QTLtools 下载、解压 QTLtools： wget https://qtltools.github.io/qtltools/binaries/QTLtools_1.3.1_source.tar.gz tar xzvf QTLtools_1.3.1_source.tar. 阅读全文
posted @ 2021-08-12 19:35 橙子牛奶糖 阅读(375) 评论(0) 推荐(1)
解决方案：使用QTLtools进行表型PCA分析，得到了一堆NA
摘要： 使用QTLtools进行表型的PCA分析时，得到了一堆NA，如下所示： 思前想后，觉得问题应该是出现在表型上，我的表型有NA值，如下所示： 可能是QTLtools进行PCA分析时，不接受NA值（我猜的），于是把所有有NA的表型均剔除了，重新进行PCA分析，结果如下所示： OK，PCA结果出来了，我真 阅读全文
posted @ 2021-08-12 15:26 橙子牛奶糖 阅读(237) 评论(0) 推荐(1)
报错：terminate called after throwing an instance of 'std::length_error' what(): basic_string::_S_create
摘要： 从以上截图可以看出，在运行到ENSG00000284745时产生的报错。 既然是这一步报错了，那么我们就需要知道这里到底有什么问题。 返回输入文件，查看ENSG00000284745这个位置有什么特殊性，如下所示： 可以看到，ENSG00000284745所在位置全部是NA，说明该软件不接受全部是N 阅读全文
posted @ 2021-08-12 10:06 橙子牛奶糖 阅读(2250) 评论(0) 推荐(1)
2021年8月11日
使用 bcftools 进行基因型过滤（genotypes QC）
摘要： 基因型过滤标准：保留双等位基因(biallelic sites)以及次等位基因频率大于0.05的位点： bcftools view --types snps -m 2 -M 2 -q 0.05:minor genotypes.chr22.vcf | bgzip -c > genotypes.chr2 阅读全文
posted @ 2021-08-11 14:24 橙子牛奶糖 阅读(4060) 评论(0) 推荐(2)
2021年8月10日
使用 QTLtools 进行 PCA 分析
摘要： 一、对基因型进行PCA分析； 命令如下所示： QTLtools pca --vcf genotypes.chr22.vcf.gz --scale --center --maf 0.05 --distance 50000 --out test genotypes.chr22.vcf.gz输入文件如下所 阅读全文
posted @ 2021-08-10 16:46 橙子牛奶糖 阅读(246) 评论(0) 推荐(1)
2021年8月9日
生物信息学博士后招聘：香港浸会大学张璐博士和卞兆祥教授联合招聘
摘要： 一、职位介绍 香港浸会大学下属中药创新药物研发中心计划招收生物信息学博士后1-2名，该职位工作将会由香港浸会大学计算机科学系张璐助理教授和中药创新药物研发中心主任卞兆祥教授和共同指导。 项目主要研究方向为（1）利用计算机和数学模型阐明肠道微生物组在人类健康和疾病中的作用；（2）开发新的计算生物学方法 阅读全文
posted @ 2021-08-09 20:51 橙子牛奶糖 阅读(376) 评论(0) 推荐(1)
Error in getNodeSet(html, path = "//div[@class='plain-box float-right archive-box']")[[1]] : 下标出界
摘要： 输入如下命令 new=getBM(attributes=c("ensembl_transcript_id_version","refseq_mrna"), filters = "ensembl_transcript_id_version", values = values, mart= ensemb 阅读全文
posted @ 2021-08-09 17:09 橙子牛奶糖 阅读(234) 评论(0) 推荐(1)
2021年8月1日
招聘生物信息博士后（访问博士生）：美国圣裘德儿童研究医院王朝明课题组
摘要： 院校简介 圣裘德儿童研究医院（St. Jude Children’s Research Hospital）位于美国田纳西州孟菲斯，创办于1962年2月4日，是一家非营利性医疗公司，也是美国国税局指定的免税组织。该医院每天花费约240万美元，患者无需支付治疗费用。 “通过研究和治疗，找到癌症和其他威胁 阅读全文
posted @ 2021-08-01 22:46 橙子牛奶糖 阅读(700) 评论(0) 推荐(1)
本周最新文献速递20210801
摘要： 本周最新文献速递20210801 一、精细解读文献 一 文献题目： Molecular architecture of the developing mouse brain 不想看英文题目： 发育中的小鼠大脑分子结构 杂志和影响因子： Nature (IF: 42.778; Q1) 研究意义： 大脑 阅读全文
posted @ 2021-08-01 22:27 橙子牛奶糖 阅读(254) 评论(0) 推荐(1)
2021年7月31日
报错：undefined reference to `boost::program_options
摘要： 我不知道导致这个报错的原因是什么。 但我通过重新安装boost解决了这个问题。 wget https://boostorg.jfrog.io/artifactory/main/beta/1.77.0.beta1/source/boost_1_77_0_b1.tar.gz tar -zxvf boos 阅读全文
posted @ 2021-07-31 22:56 橙子牛奶糖 阅读(298) 评论(0) 推荐(1)
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