橙子牛奶糖

摘要： 本周最新文献速递20210925 一、精细解读文献 一 文献题目： Protein-coding repeat polymorphisms strongly shape diverse human phenotypes 不想看英文题目： 蛋白质编码重复多态性强烈改变人类不同表型 杂志和影响因子： S 阅读全文

摘要： 文件mart_export.txt3如下所示，可以看到，ENSG00000002016的第二列有很多不同的内容： 现在想要把相同ID的行进行合并，生成新的文件mart_export.txt4如下所示： 则可以使用命令： phe = read.table("mart_export.txt3",head 阅读全文

摘要： 现有文件mart_export.txt（如下图所示），其第三列存在空格： 现在想把第三列为空格的行去除掉，则可以使用命令： cat mart_export.txt |awk '{if($3!="")print $0}' > mart_export.txt1 新的文件mart_export.txt1如 阅读全文

摘要： 如下图所示，我想对V5这列进行计数。 对于mutate函数，命令如下所示： need1= phe %>% group_by(V5) %>% mutate(count=n()) 得到的结果如下所示： 对于count函数，命令如下所示： need1= phe %>% count(V5, sort = T 阅读全文

摘要： 现有文件如下所示： 可以看到，有多个列，现在我想把多个列转为多个行的格式，效果如下所示： 则可以使用命令：awk '/GTEX/{for(i=1;i<=NF;i++) print $i}' file 阅读全文

摘要： NamiRNA属于miRNA。 在转录过程中通过与 3ʹ 或 5ʹ 非翻译区（3ʹ 或 5ʹ UTR）、启动子和增强子区域的碱基配对，激活靶基因。 在哺乳动物中，miRNAs/NamiRNAs 控制着一半以上的蛋白质编码基因。 来源：https://cmbl.biomedcentral.com/ar 阅读全文

摘要： file.txt如下所示： phe rs1 rs2 9 AG AA 6 GG CA 4 GG AA 1、如果想提取rs1列中含有GG的行，则可以使用命令： phe = read.table("file.txt",header=T,check.names=F) phe1=phe %>% filter( 阅读全文

摘要： 本周最新文献速递20210912 一、精细解读文献 一 文献题目： Deciphering osteoarthritis genetics across 826,690 individuals from 9 populations 不想看英文题目： 破译 9 个人群、 826,690 个人的骨关节炎 阅读全文

摘要： file.vcf文件如下所示，包含两个样本、四个变异位点： #CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT ID1 ID2 chr1 123 rs1 G A . PASS . GT 0|0 1|0 chr1 124 rs2 C A . PASS . GT 阅读全文

摘要： 使用以下命令时报错Cannot read BED header： QTLtools pca --bed pheno.bed.gz --scale --center --out pheno.bed.gz 注释掉表型文件的title即可解决该问题，如下所示： 阅读全文