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2021年7月27日
使用"biomaRt"包进行基因ID转换
摘要： 1、安装"biomaRt"包 if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("biomaRt") library("biomaRt" 阅读全文
posted @ 2021-07-27 11:15 橙子牛奶糖 阅读(2021) 评论(0) 推荐(1)
报错：Error in UseMethod("filter_"): no applicable method for 'filter_' applied to an object of class "c('tbl_SQLiteConnection', 'tbl_dbi', 'tbl_sql', 'tbl_lazy', 'tbl')"
摘要： 报错： Error in UseMethod("filter_") : "filter_"没有适用于"c('tbl_SQLiteConnection', 'tbl_dbi', 'tbl_sql', 'tbl_lazy', 'tbl')"目标对象的方法 Error in UseMethod("filt 阅读全文
posted @ 2021-07-27 09:40 橙子牛奶糖 阅读(2843) 评论(0) 推荐(1)
报错：stringi.so': libicui18n.so.64: cannot open shared object file: No such file or directory
摘要： 解决方案： 卸载“stringi”包，我是直接选择删除整个包； 重新安装“stringi”包：install.packages("stringi") 阅读全文
posted @ 2021-07-27 09:02 橙子牛奶糖 阅读(891) 评论(0) 推荐(1)
2021年7月26日
报错：Expecting integer field 7 line 1 of ../trash/hglft_genome_60165_e07ed0.user, got 1.0
摘要： 使用坐标转换时出现的报错：Expecting integer field 7 line 1 of ../trash/hglft_genome_60165_e07ed0.user, got 1.0 报错原因： 第七列存在问题； 由于我只需要用到前三列，因此重新提取前三列进行转换就OK了。 阅读全文
posted @ 2021-07-26 11:13 橙子牛奶糖 阅读(399) 评论(0) 推荐(1)
使用LiftOver转换基因组坐标时报错：Chain mapping error: chr1:XXX-XXX
摘要： 使用以下方式进行坐标转换时出现报错：Chain mapping error: chr1:205978511-205978511 把坐标改成0-based的格式就行了，如下所示： 阅读全文
posted @ 2021-07-26 08:45 橙子牛奶糖 阅读(330) 评论(0) 推荐(1)
2021年7月25日
本周最新文献速递20210725
摘要： 本周最新文献速递20210725 一、精细解读文献 一 文献题目： Distinction between the effects of parental and fetal genomes on fetal growth 不想看英文题目： 亲本和胎儿基因组对胎儿生长影响的迥异 杂志和影响因子： N 阅读全文
posted @ 2021-07-25 22:45 橙子牛奶糖 阅读(405) 评论(0) 推荐(0)
2021年7月24日
错误: 程序包'Rcpp_precious_remove'不提供'Rcpp'这样的函数
摘要： 安装BiocManager::install("org.Hs.eg.db")时出现的报错。 解决方案：重新安装Rcpp即可： install.packages("Rcpp") BiocManager::install("org.Hs.eg.db") 阅读全文
posted @ 2021-07-24 17:36 橙子牛奶糖 阅读(9230) 评论(0) 推荐(2)
2021年7月23日
post-GWAS：使用coloc进行共定位分析(Colocalization)
摘要： GWAS找到显著信号位点后，需要解释显著信号位点如何影响表型。 常见的一个解释方法是共定位分析。 主流的共定位分析包括： 1）GWAS和eQTL共定位； 2）GWAS和sQTL共定位； 3）GWAS和meQTL共定位； 4）GWAS和pQTL共定位； 其中，GWAS和eQTL共定位应用最为广泛。 具 阅读全文
posted @ 2021-07-23 20:03 橙子牛奶糖 阅读(6759) 评论(1) 推荐(1)
2021年7月21日
报错：[E::vcf_parse_format] Number of columns at chrX:XX does not match the number of samples
摘要： 跑以下命令时： bcftools view -S samplelistname.txt file.vcf.gz -Ov > newfile.vcf 产生报错：[E::vcf_parse_format] Number of columns at chrX:XX does not match the n 阅读全文
posted @ 2021-07-21 22:27 橙子牛奶糖 阅读(850) 评论(0) 推荐(1)
2021年7月19日
linux下打印井号和感叹号时使用单引号而不是双引号
摘要： 错误示例和对应的报错： printf "#!/bin/bash \n #PBS -N step7-rsem-calculate-expression1 \n" !/bin/bash: event not found 正确示例： printf '#!/bin/bash \n#PBS -N step7- 阅读全文
posted @ 2021-07-19 20:57 橙子牛奶糖 阅读(189) 评论(2) 推荐(1)
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