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样本间的相关性，可以反映公司加样时是否存在重复加样的错误。 下面简要介绍一下如果利用甲基化数据计算样本间的相关性 ###1、提取甲基化探针的snp位点、CpG的beta值 下面用的示例文件是minfi包自带的。 如果是自己的数据，那么提取甲基化snp位点用的是没有经过过滤的原始数据。 首先，安装： 阅读全文
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安装 包时提示报错：there is no package called 'GO.db' 这个报错看起来问题不大，缺啥补啥。那就安装 包。 于是我麻溜的写下安装命令行 此时又报错了: Error in download.file(url, destfile, method, mode = "wb", 阅读全文
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一 文献题目： Characterizing the Causal Pathway for Genetic Variants Associated with Neurological Phenotypes Using Human Brain Derived Proteome Data 不想看英文题目 阅读全文
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最近在分析甲基化数据，发现ChAMP包的输入端是beta（甲基化数据）和pheno（表型数据），找不到校正协变量（比如年龄、性别、批次等）的输入端。 如下代码所示： 查了一下ChAMP包的代码，发现ChAMP包调用的是limma函数。 因此，这事就比较好解决了。 只需要在原代码的基础上修改model 阅读全文
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一 文献题目： ASEP: Gene based detection of allele specific expression cross individuals in a population by RNA sequencing. 不想看英文题目： 基于RNA测序数据检测个体间的等位基因特异性表 阅读全文
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###一 **文献题目：**Single-cell RNA-seq analysis of the brainstem of mutant SOD1 mice reveals perturbed cell types and pathways of amyotrophic lateral scler 阅读全文
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p value换算成zscore公式如下： a <-pvalue/2 b<-1-a c<-qnorm(b) pvalue就是P值，c就是zscore的绝对值。如果想知道zscore的正负，需要看or或者beta的值。如果or大于1（beta大于0），zscore为正值，如果or小于1（beta小于0 阅读全文
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一 文献题目： Genome wide DNA methylation profiles of low and high grade adenoma reveals potential biomarkers for early detection of colorectal carcinoma 不想 阅读全文
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丹尼索瓦人： http://cdna.eva.mpg.de/denisova/VCF/human/ 尼安德特人： http://cdna.eva.mpg.de/neandertal/altai/AltaiNeandertal/VCF/ 多个古人的数据集合： http://genetics.med.h 阅读全文
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文献题目： An analysis of genetically regulated gene expression across multiple tissues implicates novel gene candidates in Alzheimer's disease 不想看英文题目： 整合 阅读全文