橙子牛奶糖

摘要： 前几天，一位小朋友问了我这个问题：为什么没有亲缘关系的样本，IBD显示他们是同卵双胞胎或者重复样本。 具体来说，使用PLINK的--genome参数计算后得到的PI_HAT（Proportion IBD）全是1。 如下所示： 鉴于这位小朋友的微信ID特别有味道（屎尿屁之类），而且赞赏过我文章，让我印 阅读全文

摘要： 本周最新文献速递 一 文献题目： Whole-organism eQTL mapping at cellular resolution with single-cell sequencing 不想看英文题目： 使用单细胞测序数据定位细胞类型eQTL 杂志和影响因子： Elife（7.08 1区） 研 阅读全文

摘要： 本周最新文献速递 一 文献题目： Genome-wide association study in almost 195,000 individuals identifies 50 previously unidentified genetic loci for eye color 不想看英文题目： 阅读全文

摘要： 1 是否需要去除 gaps 和终止密码子 KaKs Calculator 的操作文档写着会去除 gaps 和终止密码子： 当然，强迫症的我还是用数据测试了一下，确认他们是否会自动去除 gaps 和终止密码子。 1.1 测试是否自动去除终止密码子 带有终止密码子(TAG)的文件test.fa: 没有终 阅读全文

摘要： 本周最新文献速递 一 文献题目： Population-scale single-cell RNA-seq profiling across dopaminergic neuron differentiation 不想看英文题目： 多巴胺能神经元分化的单细胞RNA-seq分析 杂志和影响因子： Na 阅读全文

摘要： 对GWAS的summary文件进行整合时，经常需要在beta，or, se, p, zscore之间进行换算，故在此总结一下​。希望对大家有帮助。 1. se 计算 1.1 有 beta、p ，计算se； se=sqrt(((beta)^2)/qchisq(p,1,lower.tail=F)) 1. 阅读全文

摘要： 1. 有 beta、p ，计算se； 公式为：se=sqrt(((beta)^2)/qchisq(p,1,lower.tail=F)) 2. 有 or、p ，计算se； 公式为：se=abs(log(or)/qnorm(p/2)) 此外， beta等同于log（or）； qnorm(1-p/2)等同 阅读全文

摘要： 本周最新文献速递，本期文献pdf版本请在“bio生物信息”后台发送"20210228" 一 文献题目： Genetic architectures of proximal and distal colorectal cancer are partly distinct 不想看英文题目： 近端和远端结 阅读全文

摘要： 本周最新文献速递 一 文献题目： A GWAS in Latin Americans identifies novel face shape loci, implicating VPS13B and a Denisovan introgressed region in facial variatio 阅读全文

摘要： 众所周知，全基因组关联分析（GWAS）发现的很多变异位点基本为非编码，这些变异位点1）要么调控基因表达（eQTL）; 2）要么影响增强子活性; 3)要么影响转录因子（TF）结合特异性; 4)要么啥也不是。 针对以上四种情况： **1）是否调控基因表达（eQTL）**可通过GTEx（https://g 阅读全文