摘要：
tidyr包主要提供了数据整理和清洗的功能，包括 1. 数据框的变形 2. 处理数据框中的空值 3. 根据一个表格衍生出其他表格 4. 实现行或列的分隔和合并 该包将要用的数据处理成标准且统一的数据框（Tidy Data）才能进行下一步的数据处理和做图。 R将整洁数据定义为：每个变量的数据存储在自身 阅读全文
posted @ 2019-07-15 14:36
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2019年7月15日
摘要：
The d is for dataframes, the plyr is to evoke pliers. Pronounce however you like. dplyr包可用于处理 R 内部或者外部的结构化数据，相较于plyr包，dplyr包专注接受 data.frame 对象，大幅提高了速度 阅读全文
posted @ 2019-07-15 14:32
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2019年7月12日
摘要：
github主页 https://github.com/tidyverse/ggplot2 ggplot2中的函数：https://ggplot2.tidyverse.org/reference/index.html 图形范例：http://www.ggplot2-exts.org/gallery/ 阅读全文
posted @ 2019-07-12 17:00
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摘要：
在linux上经常遇到这种问题，从网上下载文件到 linux 上后，就多了很多 ^M这种东西，如何集体删除这种东西呢！ 用 vim 打开文件 进行如下设置 将文件格式转化为unix 阅读全文
posted @ 2019-07-12 11:10
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2019年7月11日
摘要：
输入数据 使用键盘输入数据 只能处理小样本，很少使用 在创建 data.txt 字符串之后，用函数 read.table() 创建数据框 data.1。这种方法可以让我们把数据嵌入到R代码中，此处切记，read.table() 使我们最为常用的读取外部数据的函数。 下面的方法是用函数 fix() 创 阅读全文
posted @ 2019-07-11 14:34
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2019年7月10日
摘要：
https://cran.r-project.org/web/packages/survival/index.html 阅读全文
posted @ 2019-07-10 16:54
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摘要：
http://www.webgestalt.org/ 通路富集分析 参考 http://www.sci666.com.cn/9596.html 阅读全文
posted @ 2019-07-10 16:47
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摘要：
http://gepia.cancer-pku.cn/ 阅读全文
posted @ 2019-07-10 14:38
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摘要：
limma：Linear Models for Microarray and RNA-Seq Data http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/limma.html 安装 使用 library("limma") usersguid 阅读全文
posted @ 2019-07-10 14:34
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摘要：
https://portals.broadinstitute.org/ccle 阅读全文
posted @ 2019-07-10 14:18
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摘要：
http://www.funrich.org/ 阅读全文
posted @ 2019-07-10 14:10
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摘要：
https://software.broadinstitute.org/morpheus/ 阅读全文
posted @ 2019-07-10 14:09
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2019年7月9日
摘要：
http://xena.ucsc.edu/welcome-to-ucsc-xena/ 阅读全文
posted @ 2019-07-09 22:58
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摘要：
LSF(Load Sharing Facility)是一个被广泛使用的作业管理系统，具有高吞吐、配置灵活的优点。通过 LSF 集中监控和调度，可以充分利用计算机的CPU、内存、磁盘等资源。 bqueues：查看计算队列 bhosts：查看计算节点列表 lsload：查看负载 bsub：提交作业 bj 阅读全文
posted @ 2019-07-09 16:44
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摘要：
使用 R包 xlsx 或者 openxlsx 安装 install.packages("xlsx", repos="https://cloud.r-project.org/") install.packages("openxlsx", repos="https://cloud.r-project.o 阅读全文
posted @ 2019-07-09 10:33
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2019年7月8日
摘要：
网页 https://www.ebi.ac.uk/gxa/home 文档 https://www.ebi.ac.uk/gxa/help/index.html 阅读全文
posted @ 2019-07-08 23:29
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摘要：
网址 https://www.oncomine.org/resource/login.html Oncomine 是目前世界上最大的癌基因芯片数据库和整合数据挖掘平台，旨在挖掘癌症基因信息。Oncomine 拥有最全的癌症突变谱、基因表达数据以及相关的临床信息，可用于发现新的生物标记物或新的治疗靶点 阅读全文
posted @ 2019-07-08 22:47
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摘要：
from pathlib import Path 参考 https://www.jb51.net/article/148789.htm 阅读全文
posted @ 2019-07-08 17:31
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2019年7月7日
摘要：
DT 包提供了 JavaScript 库 DataTables 的一个R接口，它使得R对象（矩阵或数据框）可以在HTML页面上显示为表格。 该包的DataTables函数生成的表格提供了数据的筛选、分页、排序及其他功能，目前依法不再CRAN上。 安装方法 install.packages("DT", 阅读全文
posted @ 2019-07-07 20:35
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2019年7月6日
摘要：
获取当前路径 getwd() 切换当前路径 setwd() 返回上一级目录 setwd(dirname(getwd())) 获取文件所在路径 dirname() 查看当前目录的子目录 list.dirs() 查看当前目录的子目录和文件 dir() 查看指定目录的子目录及文件 dir(path="a/ 阅读全文
posted @ 2019-07-06 17:26
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2019年7月5日
摘要：
TCGA 的数据可以在5个组织机构获取，它们都提供了类似的接口来供用户下载数据。 cgdsR 包是cBioPortal 提供的R包 http://www.cbioportal.org/rmatlab cgds -- Cancer genomic Data Service 安装 cgdsR 使用 cg 阅读全文
posted @ 2019-07-05 17:20
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摘要：
http://software.broadinstitute.org/gsea/index.jsp GSEA（Gene Set Enrichment Analysis）是一种生物信息学的计算方法，用于确定是否存在这样一个基因集，能在两个生物学状态中显示出显著的一致性的差异。表达谱数据里的基因数目众多 阅读全文
posted @ 2019-07-05 15:49
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摘要：
http://last.cbrc.jp/doc/lastal.html This program finds local alignments between query sequences, and reference sequences that have been prepared using 阅读全文
posted @ 2019-07-05 10:25
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2019年7月1日
摘要：
GEO Gene Expression Omnibus 基因表达数据库 网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/ GEO的数据存储方式 GEO数据库具体存放四类数据：GSE、GDS、GSM、GPL GEO Series Study GSE号（GSExxx）对应的是整个 阅读全文
posted @ 2019-07-01 18:00
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摘要：
http://www.cbioportal.org/ 参考连接 http://www.geneseed.com.cn/page464?article_id=413 阅读全文
posted @ 2019-07-01 17:51
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摘要：
http://www.genenames.org/ HGNC 全称为HUGO Gene Nomenclature Committee, 叫做 HUGO基因命名委员会，负责对人类基因组上包括蛋白编码基因， ncRNA基因，假基因和其他基因在内的所有基因提供一个唯一的，标准的，可以广泛传播的symbol 阅读全文
posted @ 2019-07-01 17:07
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2019年6月27日
摘要：
方法1：while循环中执行效率最高，最常用的方法。 方法2 ： 重定向法；管道法: cat $FILENAME | while read LINE 方法3： 文件描述符法 方法4 for 循环 阅读全文
posted @ 2019-06-27 17:02
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2019年6月25日
摘要：
将 /etc/ssh/sshd_config 中的 Subsystem sftp /usr/libexec/openssh/sftp-server 改为 Subsystem sftp internal-sftp 重启sshd后，sftp正常工作了。 但是原因仍然不知为何，回头看看，发现 /usr/l 阅读全文
posted @ 2019-06-25 17:12
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2019年6月19日
摘要：
Eclispe 使用私钥登录远程服务器 生成私钥 Window --> Preference --> SSH2 --> Key Management --> Generate RSA key 生成一个RSA密钥 添加 comment（inria-gforge-key， 通常可输入：user@host 阅读全文
posted @ 2019-06-19 10:31
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2019年6月18日
摘要：
由于 python 是动态语言，在定义函数时，参数是不需要指定类型的。当调用别人写的函数，而该函数有没有文档说明，只有通过看源代码才能知道需要传递什么类型的参数。 不过 python 提供了一种机制可以在定义函数的同时指定参数的类型，称之为函数注解。 函数声明中，text:strtext 是参数 : 阅读全文
posted @ 2019-06-18 10:51
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2019年6月17日
摘要：
https://www.cnblogs.com/liaojie970/p/6126322.html 阅读全文
posted @ 2019-06-17 13:24
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2019年6月12日
摘要：
可以尝试下面的几种方式 help(lapply,package=,....)?lapply??lapplyhelp.search('lapply')apropos('norm') #函数名记不全时用?`%chin%` 阅读全文
posted @ 2019-06-12 16:37
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2019年6月10日
摘要：
library(data.table) ## 读取 rds 文件，然后保存为文本文件 data <- readRDS("pneumonia_pathogens.rds") write.table(data, file = "pneumonia_pathogens.txt", sep = "\t", 阅读全文
posted @ 2019-06-10 16:04
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摘要：
该方法的原理是预先生成一对公钥和私钥，私钥以文件的形式保存在本地，公钥保存在远程机器上。这样每次登录只需指定私钥文件，远程机器通过比对公钥和私钥来验证登录的合法性。 Putty 免密登录 第一步 生成公钥/私钥对 使用 putty 安装目录中的 puttygen.exe 工具 点击 generate 阅读全文
posted @ 2019-06-10 10:42
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2019年5月28日
摘要：
magrittr 包的官网 https://magrittr.tidyverse.org/ magrittr 包的 github 主页 https://github.com/tidyverse/magrittr magrittr包被定义为一个高效的管道操作工具包，通过管道的连接方式，让数据或表达式的 阅读全文
posted @ 2019-05-28 15:31
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摘要：
data.table: Extension of 'data.frame' 安装 data.table 官网：https://cran.r-project.org/web/packages/data.table/ 参考手册：https://cran.r-project.org/web/package 阅读全文
posted @ 2019-05-28 14:03
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摘要：
基本数据类型 6种 numaric 如 12， 12.4 integer 如 2L，0L complex 包含实数和虚数 如 3+2i character 要用双引号或者单引号包括起来 如 "a"，"good" logical 如 TRUE，FALSE raw 是计算机能够直接识别的类型，是二进制的 阅读全文
posted @ 2019-05-28 11:23
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摘要：
minimap2 github 官网 https://github.com/lh3/minimap2 安装 阅读全文
posted @ 2019-05-28 09:52
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摘要：
seqtk 的 GitHub 官网 https://github.com/lh3/seqtk 安装 阅读全文
posted @ 2019-05-28 09:38
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2019年5月27日
摘要：
StatET 官网 http://www.walware.de/goto/statet Installation 点击菜单栏 help --> Install New Software 配置R语言的环境 新建一个 R project 阅读全文
posted @ 2019-05-27 13:23
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浙公网安备 33010602011771号