摘要：
1. etetoolkit : github 官网：https://github.com/etetoolkit/ete 官网：http://etetoolkit.org/ 2. taxonkit github 官网：https://github.com/0820LL/taxonkit 官网：http 阅读全文
posted @ 2019-02-26 16:52
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2019年2月26日
2019年2月25日
摘要：
Python 中，下划线对解释器有特殊的含义，而且是内建标识符所使用的符号，使用时要多加留意。 在 Python3 的面向对象中，双下划线开头的变量和方法表名为私有变量和私有方法。 __private_attrs: 两个下划线开头，声明该属性为私有，不能再类的外部被使用或者直接访问。在类的内部的方法 阅读全文
posted @ 2019-02-25 13:41
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2019年2月24日
摘要：
google-visualization-python 的 github 官网：https://github.com/google/google-visualization-python 安装： 打开 cmd，根据需要可使用管理员权限 pip install gviz_api 阅读全文
posted @ 2019-02-24 13:32
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摘要：
下载 pyproj 和 basemap 的安装包 basemap 是具有专业标准的地图绘制工具，可以与 matplotlib 的一般绘图功能结合，在地图上绘制数据。 basemap 文档：https://matplotlib.org/basemap/api/basemap_api.html 下载地址 阅读全文
posted @ 2019-02-24 00:12
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2019年2月22日
摘要：
Python 图像库（Python Image Library，PIL）为 Python 提供了图像处理能力。 PIL 官网：http://www.pythonware.com/products/pil/ PIL 在线手册：http://www.pythonware.com/library/pil/ 阅读全文
posted @ 2019-02-22 09:19
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2019年2月13日
摘要：
matplotlib 组织图表的方式 最上层是一个 Figure 实例，包含了所有可见的和其他一些不可见的内容。该 Figure 实例包含了一个 Axes 实例的成员属性 Figure.axes，同时也有一个访问器方法来获取 Axes 实例 get_axes()。Axes 实例几乎包含了我们所关心的 阅读全文
posted @ 2019-02-13 23:34
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2019年2月11日
摘要：
平滑数据噪声的一个简单朴素的做法是，对窗口（样本）求平均，然后仅仅绘制出给定窗口的平均值，而不是所有的数据点。 以下方法是基于信号（数据点）窗口的卷积（函数的总和） 中值过滤，即逐项的遍历信号，并用相邻信号项中的中值替代当前项 阅读全文
posted @ 2019-02-11 23:28
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摘要：
生成可控的随机数据集合 使用 numpy.random 模块 numpy.random.random(size=None) 返回 [0.0, 1.0) 区间的随机 floats, 默认返回一个 float numpy.random.randint(low, high=None, size=None, 阅读全文
posted @ 2019-02-11 23:19
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2019年1月31日
摘要：
从JDK1.5 开始提供了 java.util.concurrent.atomic 包，该包提供了一种用法简单、性能高效、线程安全的更新一个变量的方法 原子更新基本类型类 AtomicBoolean：原子更新布尔类型 AtomivInteger：原子更新整型 AtomicLong：原子更新长整型 原 阅读全文
posted @ 2019-01-31 01:25
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摘要：
在 java.util.concurrent 包中提供了 4 个有用的并发工具类 CountDownLatch 允许一个或多个线程等待其他线程完成操作，课题点 Thread 类的 join() 方法 CyclicBarrier 可以用于多线程计算数据，最后合并计算结果的场景 Semaphore 用来 阅读全文
posted @ 2019-01-31 01:05
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2019年1月30日
摘要：
中位数绝对偏差（Median Absolute Deviation, MAD）用来描述单变量（包含一个变量）样本在定量数据中可变性的一种标准。常用来度量统计分布，因为它会落在一组稳健的统计数据中，因此对异常值有抵抗能力。 阅读全文
posted @ 2019-01-30 17:31
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2019年1月29日
摘要：
Windows 平台安装 下载地址：https://www.sqlite.org/download.html 下载预编译的安装包 将下载的安装包=解压到一个文件夹，有三个重要文件: sqlite3.exe sqlite3.dll sqlite3.def 然后将该路劲添加环境变量中 测试，在命令行输入 阅读全文
posted @ 2019-01-29 16:30
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摘要：
requests 是第三方 python 库，用于处理 url 资源 requests 项目官网：http://www.python-requests.org/en/master/ 安装方式：pip install requests 如果遇到权限问题，使用管理员账户运行 cmd 阅读全文
posted @ 2019-01-29 14:03
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2019年1月28日
摘要：
从 CSV 文件中读取数据（CSV） 读取 tab 分隔的文件（csv） 也可以通过传统的 split("\t") 来进行分隔 从 Excel 中读取数据 www.python-excel.org 项目提供的软件包可以方便 python 处理 excel 文件。 该项目提供的 package 有：o 阅读全文
posted @ 2019-01-28 16:22
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摘要：
matpotlib 官网 ：https://matplotlib.org/index.html matplotlib 可视化示例：https://matplotlib.org/gallery/index.html matplotlib 教程：https://matplotlib.org/tutori 阅读全文
posted @ 2019-01-28 14:49
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2019年1月25日
摘要：
已安装： python 3.6 JDK Eclispe 在 Eclipse 中安装 pydev Pydev 的下载网址 http://www.pydev.org/download.html 安装完成后重启 配置 python 解释器 安装 numpy scipy matpltlib 使用管理员权限打 阅读全文
posted @ 2019-01-25 21:22
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摘要：
File --> settings --> Project Interpreter --> 搜索 matplotlib 如果觉得官网下载的速度慢，可以添加阿里云的 repository（http://mirrors.aliyun.com/pypi/simple/） 阅读全文
posted @ 2019-01-25 16:02
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2019年1月24日
摘要：
Windows平台 Julia 的官网 （https://julialang.org） 下载链接（https://julialang.org/downloads） 下载完成后，如果想安装在 C 盘，则需要管理员的权限，进行安装 安装完成后，会在桌面生成快捷方式图标，双击即可进入 Julia 交互界面 阅读全文
posted @ 2019-01-24 13:19
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2019年1月23日
摘要：
进程 Process 线程 Thread 协程 Coroutine 阅读全文
posted @ 2019-01-23 17:01
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2019年1月21日
摘要：
Windows平台 下载完成后，直接双击安装即可 默认情况下，.msi文件会安装在 C:\Go 目录下。可以将 C:\Go\bin 目录添加到环境变量 PATH 中，方便调用命令。 Go 里面有两个非常重要的环境变量 GOROOT 和 GOPATH 。 GOROOT 是 安装 go 的路径；GOPA 阅读全文
posted @ 2019-01-21 10:45
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2019年1月18日
摘要：
https://github.com/0820LL/taxonkit Usage: https://bioinf.shenwei.me/taxonkit/usage/ 阅读全文
posted @ 2019-01-18 16:31
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2019年1月7日
摘要：
解决办法使用 -P 参数 注意 -f 参数后面跟压缩后的文件名 阅读全文
posted @ 2019-01-07 13:32
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摘要：
1. ls -d 2. find -type d -maxdepth 1 3. ls -F | grep "/$" 4. ls -l | grep "^d" 阅读全文
posted @ 2019-01-07 10:21
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2019年1月3日
摘要：
下载 teamviewer 安装包 使用 dpkg 安装 deb 安装包 使用 sudo apt-get install -f 解决依赖问题 阅读全文
posted @ 2019-01-03 11:13
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摘要：
首先查看网卡信息 enp0s31f6 是网卡 lo 不是网卡 设置静态IP 需要修改文件 /etc/network/interfaces 然后重启即可 阅读全文
posted @ 2019-01-03 10:39
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2019年1月2日
摘要：
<beans /> 元素 <bean /> 元素中的属性 <constructor-arg /> 元素 当被指定的方法是无参方法时，不需要使用该属性。 当被指定的方法有一个参数时，可以直接在 <constructor-arg /> 中嵌套一个 <value />元素或者 <ref />元素等，用来指 阅读全文
posted @ 2019-01-02 00:35
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2018年12月27日
摘要：
官网：https://www.mongodb.com/ Doc：https://docs.mongodb.com/ Manual：https://docs.mongodb.com/manual/ 安装教程：https://docs.mongodb.com/manual/installation/#t 阅读全文
posted @ 2018-12-27 15:02
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2018年12月26日
摘要：
ubuntu 需要安装 mailutils 阅读全文
posted @ 2018-12-26 13:11
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2018年12月24日
摘要：
假设将服务器A的目录共享给服务器B，即在服务器B上挂载服务器A的目录 首先，两个服务器都要安装nfs服务 sudo apt install nfs-kernel-server 其次，在服务器A设置要共享的目录 sudo vim /etc/exports 添加要共享的目录，服务器B的IP /.../. 阅读全文
posted @ 2018-12-24 10:24
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2018年12月13日
摘要：
建议使用 "字符串".replace("要去除的字符串", "") 尽量不要使用 strip() ，有时会引入意想不到的结果。strip()的原理是单个字符的去除，而不是将整个子串作为整体来去除。 例如，本打算去掉末尾的“df”，若使用 strip("df")，会去掉“ddf” 阅读全文
posted @ 2018-12-13 13:32
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摘要：
man echo 查看 echo 的使用文档 -n 不尾随换行符 -e 启用解释反斜杠的转义功能 -E 禁用解释反斜杠的转义功能(默认) --help 显示此帮助信息并退出 --version 显示版本信息并退出 若-e 可用，则以下序列即可识别： \\ 反斜杠 \a 响铃声 \b 退格 \c 不再 阅读全文
posted @ 2018-12-13 09:52
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2018年12月12日
摘要：
拼接工具 spades http://cab.spbu.ru/software/spades/ IDBA https://i.cs.hku.hk/~alse/hkubrg/projects/idba/index.html 阅读全文
posted @ 2018-12-12 13:23
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2018年12月11日
摘要：
先下载 assembly summary files The assembly_summary files report metadata for the genome assemblies on the NCBI genomes FTP site. Four master files report 阅读全文
posted @ 2018-12-11 16:55
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2018年12月9日
摘要：
一个实体类对应一个数据表 一个属性对应一个字段 默认情况下类名和属性名都采用 “下划线转驼峰” 的命名方式。但具体采用什么样的命名方式并不重要（方式一致即可），在后面使用这些对象的时候，可以通过 resultMap 对数据库的类和类的属性配置映射关系。 在 Mybatis 中，关于数据库的字段和 J 阅读全文
posted @ 2018-12-09 21:01
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2018年12月7日
摘要：
slf4j：Simple Logging Facade for Java 官网：https://www.slf4j.org/ 阅读全文
posted @ 2018-12-07 16:41
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2018年12月6日
摘要：
三个标准的声明周期： clean：项目清理的处理 default（build）：项目部署的处理 site：项目站点文档创建的处理 阅读全文
posted @ 2018-12-06 13:54
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摘要：
官网：https://logging.apache.org/log4j/2.x/ 使用 Log4j 的步骤： 第一步 引入 Log4j 的 jar 包 1. 直接下载 log4j-x.x.x.jar 到 classpath 中 2. 使用 maven 配置，在 pom.xml 中增加如下依赖即可 第 阅读全文
posted @ 2018-12-06 00:28
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