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shell函数返回值 return

摘要： shell函数的return 语句和其他语言（比如 python java等）不一样 ① shell 函数中的return 只能返回整数且是 0-255的整数 ② shell 函数中return 的返回值，只能存储到内置变量$?中 ③ shell 函数返回字符串，可以用 echo 语句在shel 阅读全文

posted @ 2023-08-31 14:47 0820LL 阅读(1698) 评论(0) 推荐(0)

showmount -e (CVE-1999-0554) NFS漏洞解决方案

摘要：阅读全文

posted @ 2023-08-24 09:54 0820LL 阅读(604) 评论(1) 推荐(0)

python 离线安装包

摘要：下载好第三方库，上传到服务器，用pip命令执行安装通过pypi官网下载包 pypi官网提供各种Python的第三方库，主要提供Linux版本的后缀是".whl"和“.tar.gz”，可以搜索相关的包。 ".whl"文件离线安装（推荐） #以Markdown为例（默认文件在当前目录下） pip in 阅读全文

posted @ 2023-04-13 18:26 0820LL 阅读(156) 评论(0) 推荐(0)

NR和FNR的区别

摘要： awk可以使用自身变量NR和FNR来处理多个文件。NR：表示awk开始执行程序后所读取的数据行数。FNR：awk当前读取的记录数，其变量值小于等于NR（比如当读取第二个文件时，FNR是从0开始重新计数，而NR不会）。NR==FNR：用于在读取两个或两个以上的文件时，判断是不是在读取第一个文件。awk 阅读全文

posted @ 2023-04-13 12:00 0820LL 阅读(506) 评论(0) 推荐(0)

docker 基本操作

摘要：导入镜像文件 (无需解压) docker image load -i XXX.tar.gz 导出镜像并压缩 docker image save image:tag | pigz -p 8 > XXX.tar.gz docker image save image:tag | gzip -p 8 > X 阅读全文

posted @ 2023-04-04 17:18 0820LL 阅读(22) 评论(0) 推荐(0)

VScode 自由折叠代码

摘要： ① 在你需要折叠代码的开始处加上 #region(开始折叠)② 在你需要折叠代码的结束处加上 #eddregion(结束折叠) 折叠后的效果至于每个语言要怎么写这个东西，可以参考这张表阅读全文

posted @ 2023-03-30 15:29 0820LL 阅读(186) 评论(0) 推荐(0)

Git底层原理

摘要：待补充阅读全文

posted @ 2023-03-23 19:13 0820LL 阅读(10) 评论(0) 推荐(0)

git基本概念

摘要： Git 的五个区域 1.workspace：工作区，就是你在电脑里能看到的目录，也是编辑文件的位置。初始化工作空间或者工作空间 clean 的时候，文件内容和 index 暂存区是一致的，随着修改，工作区文件在没有 add 到暂存区时候，工作区将和暂存区是不一致的。 2.index/stage：暂存阅读全文

posted @ 2023-03-23 18:59 0820LL 阅读(58) 评论(0) 推荐(0)

dpkg apt-get apt 安装

摘要： dpkg、apt-get、apt是debain系列版本安装软件的工具，Ubuntu是再debain基础上开发出来的 apt-get是对dpkg的封装，apt是对apt-get的封装 dpkg不会自动安装依赖包，apt、apt-get会自动下载并安装依赖包 dpkg dpkg -i –force-al 阅读全文

posted @ 2023-02-10 11:18 0820LL 阅读(126) 评论(0) 推荐(0)

R语言的面向对象编程

摘要：阅读全文

posted @ 2022-11-16 15:45 0820LL 阅读(27) 评论(0) 推荐(0)

VScode配置R开发环境

摘要：第一步：安装R VScode python3 第二步：安装vsCode插件 R 和 R Debugger 第三步：安装radian 第四步：安装R包：languageserver、httpgd、vscDebugger 第五步：配置参数文件 => 首选项 => 设置搜索r.rterm.window 阅读全文

posted @ 2022-10-23 22:43 0820LL 阅读(300) 评论(0) 推荐(0)

Shell的四种启动方式配置文件加载

摘要：根据是否需要登录可分为：登录式非登录式根据是否交互可分为：交互式、非交互式二者组合：登录交互式：常用通过用户名密码登录shell，或者 bash --login 新启动的shell 登录非交互式：不常用非登录交互式：常用子shell继承父shell环境变量通过 bash 启动的she 阅读全文

posted @ 2022-08-26 16:04 0820LL 阅读(329) 评论(0) 推荐(0)

国内镜像 ubuntu pip CRAN CPAN

摘要：由于默认的源进行安装时，下载速度比较慢，最好切换为国内镜像；国内镜像：清华大学开源软件镜像站 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ 中国科学技术大学 http://mirrors.ustc.edu.cn/ 浙江大学开源镜像站 http://mirrors.z 阅读全文

posted @ 2022-08-09 18:10 0820LL 阅读(284) 评论(0) 推荐(0)

.py .pyc .pyw .pyx .pyd .pxd文件

摘要： .py文件 .pyw文件 .py是python的常用格式，.pyw也是python的常用格式，由python.exe解释，可在控制台下运行。 .pyc文件 .pyc文件是python文件的编译文件，执行速度要远快于.py文件，不能直接用文本编辑器进行编辑。 .pyc文件只是经过简单编译，并未加密，因阅读全文

posted @ 2022-08-01 12:03 0820LL 阅读(1521) 评论(0) 推荐(0)

ubuntu中编译报错 /usr/bin/ld: cannot find -lperl

摘要：再 ubuntu 平台，使用 make 编译软件，出现以下报错 /usr/bin/ld: cannot find -lperl 此时需要安装 libperl-dev apt install libperl-dev /usr/bin/ld: cannot find -llapack: No such 阅读全文

posted @ 2022-07-07 15:43 0820LL 阅读(1244) 评论(0) 推荐(1)

vscode 操作 docker容器

摘要：本地安装 vscode 安装vscode插件：docker、Remote-development 远程服务器安装docker 首先在远程服务器的命令行启动docker容器然后在vscode中点击左侧的docker图标，选择要连接的docker容器，右击鼠标选择“Attach Visual Stud 阅读全文

posted @ 2022-07-06 15:49 0820LL 阅读(686) 评论(0) 推荐(0)

docker 容器中 java 无法启动

摘要：用 docker 封装完流程之后，部署到服务器，发现 docker 容器中的 java 无法启动查原因后，发现是因为修改了 apt 的源造成的，改用下面的 source.list 文件问题解决用下面的source.list，替换 /etc/apt/source.list 后，java 可以正常阅读全文

posted @ 2022-07-06 15:41 0820LL 阅读(1397) 评论(0) 推荐(0)

docker Ubuntu 环境变量

摘要：通常情况bash设置全局环境变量：/etc/bash.bashrc 通常情况bash设置个人环境变量：~/.bashrc 但是docker再以非交互方式启动ubuntu容器时并不会执行上面的两个文件，而是直接执行指定的文件。因为下面的代码此时需要配置环境变量需要使用参数 -e docker con 阅读全文

posted @ 2022-06-24 18:37 0820LL 阅读(688) 评论(0) 推荐(1)

perl module 安装

摘要：利用 cpan 安装 perl module 举例： cpan Bio::SearchIO cpan Bio::SearchIO::blastxml https://www.cpan.org/ https://www.cpan.org/modules/INSTALL.html 查看模块是否安装成功阅读全文

posted @ 2022-06-14 17:18 0820LL 阅读(197) 评论(0) 推荐(0)

ENTRYPOINT dock run --entrypoint

摘要： ENTRYPOINT的查看方法 docker image inspect 镜像名称 docker run 的 --entrypoint 参数就是覆盖ENTRYPOINT(第6行或者第7行)命令的. 官方话说就是覆盖默认入口点 --entrypoint 后面跟的必须是可执行文件例如显得入口点是 e 阅读全文

posted @ 2022-04-20 10:37 0820LL 阅读(752) 评论(0) 推荐(0)

docker离线及在线安装

摘要：一、ubuntu18.04 Docker 离线安装 1.下载安装包去官网下载docker 安装二进制包，选择适合自己的版本。这里下载的是docker-19.03.9.tgz，在centos7中安装（cento6无法使用，提示linux版本内核版本太低）下载地址：https://download. 阅读全文

posted @ 2022-04-14 17:40 0820LL 阅读(592) 评论(0) 推荐(0)

KEGG 数据库本地化（enrichKEGG）

摘要：在使用clusterProfiler时，KEGG注释包，可以自定义。毕竟许多物种的数据库是不完善的。现在就自定义一个KEGG.db的包，用于KEGG注释。第一步，先去上述官方地址找到自己研究的物种在KEGG数据里的3字符缩写，比如：人的缩写是hsa #安装Y叔的包， #安装创建KEGG数据库的包的阅读全文

posted @ 2022-04-12 17:34 0820LL 阅读(5263) 评论(0) 推荐(0)

拆分、合并文件 dd split csplit cat

摘要：拆分文件可以用 dd split csplit，通常用split比较方便，支持按行、按大小等分割文件合并文件用 cat file1 file2 file3 >mergeFile 拆分合并后用MD5值校验 md5sum file 在linux下，切割和合并文件可以使用split和cat命令来实现。阅读全文

posted @ 2022-04-12 10:13 0820LL 阅读(171) 评论(0) 推荐(0)

unzip 解压中文乱码

摘要：当我们在linux中解压一个含有中文名字的压缩包如“资料.zip”时，如果直接使用如下的命令，将会出现中文乱码。主要的原因是因为unzip在解压的时候会将编码转化为其内部默认的编码，而默认的编码根本不支持中文CP936编码。因此我们需要在解压的时候明确的指定需要使用的编码。 unzip -O ut 阅读全文

posted @ 2022-04-11 17:36 0820LL 阅读(4733) 评论(0) 推荐(0)

WARNING: terminal is not fully functional

摘要：在ubuntu执行命令是弹出以下提示 WARNING: terminal is not fully functional 解决方法：修改环境变量 TERM export TERM=xterm 阅读全文

posted @ 2022-04-11 11:29 0820LL 阅读(697) 评论(0) 推荐(0)

less 中文乱码

摘要： less 打开文件，其中的中文显示乱码解决方法：可以在 ~/.bashrc 或者 etc/profile 文件中添加一下语句 export LESSCHARSET="utf-8" 阅读全文

posted @ 2022-03-14 18:37 0820LL 阅读(819) 评论(0) 推荐(0)

vim 中文乱码

摘要： vim 打开文件是中文乱码原因：Vim 编辑器的编码和文件编码不一致，导致解决办法：将Vim 编辑器的编码和文件编码一致 Vim中设置：set encoding=utf-8 阅读全文

posted @ 2022-03-14 18:21 0820LL 阅读(178) 评论(0) 推荐(0)

生信软件下载地址

摘要：一、软件的官网（有些可能无法访问，比如sorceforce）二、aconda官网三、阅读全文

posted @ 2022-03-07 15:42 0820LL 阅读(85) 评论(0) 推荐(0)

docker的ubuntu镜像里没有vim

摘要：通过 docker 拉取 ubuntu 镜像 docker pull ubuntu 使用该进行生成容器 docker run -it ubuntu 在容器中安装vim apt-get update apt-get install vim 阅读全文

posted @ 2022-02-09 16:38 0820LL 阅读(434) 评论(0) 推荐(0)

less命令自动解压gz压缩文件

摘要：在某些Linux发行版本中，less命令似乎神奇地检测到一个gzip压缩文件并在运行时对其进行解压缩，因此您可以执行以下操作： less my_stuff.csv.gz 然而有些Linux发行版本却不行。其解决方式如下：第一种，使用 zcat 命令： zcat my_stuff.csv.gz | 阅读全文

posted @ 2022-02-02 12:13 0820LL 阅读(772) 评论(0) 推荐(1)

bcftools

摘要： https://www.jianshu.com/p/266c55c87978?utm_campaign=haruki $ bcftools index -t view.vcf.gz # 创建 .tbi 索引阅读全文

posted @ 2022-01-29 15:12 0820LL 阅读(38) 评论(0) 推荐(0)

个性化设置命令提示符

摘要： ######## 设置命令提示符RED='\[\e[31;1m\]'Yello='\[\e[33;1m\]'Green='\[\e[32;1m\]'Pur='\[\e[35;1m\]'End='\[\e[0m\]'PS1="$Yello[$End$RED\u$End$Green@$End$Yello 阅读全文

posted @ 2022-01-25 11:34 0820LL 阅读(58) 评论(0) 推荐(0)

jq处理json文件

摘要： jq工具可以检查JSON的合法性，并把JSON格式化成更友好更可读的格式。没有任何参数，jq只是输出JSON输入数据，这里输出数据已重新格式化。jq默认情况下输出格式的JSON。我们可以将少量的JSON数据通过管道传递给jq并获得格式正确的输出。 jq可以使用一个或多个过滤器作为参数。最简单的过滤阅读全文

posted @ 2022-01-25 11:31 0820LL 阅读(365) 评论(0) 推荐(0)

docker中文件与本地互相拷贝

摘要： # 本地到服务器 docker cp 本地路径容器id或者容器名字:容器内路径 # 服务器到本地 docker cp 容器id或者容器名字:容器内路径本地路径阅读全文

posted @ 2022-01-23 22:08 0820LL 阅读(104) 评论(0) 推荐(0)

从UCSC下载bed文件

摘要： https://blog.csdn.net/weixin_36140403/article/details/112674585 阅读全文

posted @ 2022-01-23 17:50 0820LL 阅读(421) 评论(0) 推荐(0)

GATK bundle 数据下载

摘要： GATK 在官网中提供了resource bundle，里面包含了所需要的很多数据。目前提供FTP 和 Google Cloud bucket 2种下载方式，由于用不了Google，推荐使用FTP GATK官网推荐使用lftp工具进行访问ftp和下载数据，提前安装lftp，本次使用root 权限安装阅读全文

posted @ 2022-01-20 19:04 0820LL 阅读(972) 评论(0) 推荐(0)

通过lftp命令下载GATK官网Resource bundle数据

摘要： http://events.jianshu.io/p/e646ed57fa61 https://www.jianshu.com/p/51edb6b23143 阅读全文

posted @ 2022-01-20 19:01 0820LL 阅读(91) 评论(0) 推荐(0)

Ctrl+Enter 的用法

摘要： Ctrl+Enter；有强制复制作用 http://www.360doc.com/content/19/0430/20/38017100_832588674.shtml 一、填充文本二、填充公式三、定位填充四、不连续填充阅读全文

posted @ 2020-05-11 12:33 0820LL 阅读(680) 评论(0) 推荐(0)

【Excel技巧】空单元格自动填充上一单元格内容

摘要： http://blog.sina.com.cn/s/blog_48e0ae280100nc7j.html 方法一使用if语句和辅助列的方法方法二键盘操作：选择区域 --> 定位 --> 空值 --> Ctrl+Enter 阅读全文

posted @ 2020-05-11 12:31 0820LL 阅读(725) 评论(0) 推荐(0)

算法相关工具

摘要：基础部分：Numpy Scipy matplotlib pandas pyMysql 机器学习：scikit-learn xgboost 框架：tensorflow pytorch爬虫：lxml beautifulsop request自然语言处理：jieba NLTK Gensim 阅读全文

posted @ 2020-04-27 12:43 0820LL 阅读(241) 评论(0) 推荐(0)

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