R 语言输入输出 读取命令函参数

输入数据

使用键盘输入数据

只能处理小样本，很少使用

在创建 data.txt 字符串之后，用函数 read.table() 创建数据框 data.1。这种方法可以让我们把数据嵌入到R代码中，此处切记，read.table() 使我们最为常用的读取外部数据的函数。

下面的方法是用函数 fix() 创建了一个和data.1一样的数据框 data.2，函数 edit() 也有同样的效果。

 

从文本文件导入数据 read.table()

函数 read.table() 更加常用的是从带有分隔符的文本文件中国读入数据并创建数据框。类似的函数有 read.csv()，read.csv2()

例子

data.3 <- read.table(file="example.txt", header = T, quote = "\"", sep = ",")   # header = T 表示第一行是变量名不做事数据一部分  header = F 表示第一行也作为数据的一部分

data.4 <- read.table(file="example.txt", header = T, skip = 7, sep = ",", quote = "\"", row.names = "Study")

从 xlsx 文件中读入数据

需要使用R包 openxlsx 或者 readxl

 

输出数据

输出函数：cat()   print()  write()    sink()    writeLines()    write.table()

在R里，输出到屏幕不要用print() 而是用cat()。因为 print() 输出的字符都是只能显示在控制台，而控制台只能显示文本，所以回车符 制表符都会员样输出

cat() 函数既能输出到屏幕也能输出到文件  需要手动添加换行符

cat(..., file = " ", sep = " ", fill = FALSE, labels = NULL, append = FALSE)

有file时，输出到file；无file时，输出到屏幕

append 参数：布尔值。TRUE 输出内容追加到文件尾部，FALSE 输出的内容覆盖文件的原始内容。

print() 函数 原封不动的输出对象 比对列表

print(x, ...)

## S3 method for class 'factor'
print(x, quote = FALSE, max.levels = NULL, width = getOption("width"), ...)

## S3 method for class 'table'
print(x, digits = getOption("digits"), quote = FALSE, na.print = "", zero.print = "0", right = is.numeric(x) || is.complex(x), justify = "none", ...)

## S3 method for class 'function'
print(x, useSource = TRUE, ...)

 

write()用于输出到文件，也可以输出到标准输出，无需手动添加换行符

write(x, file = "data", ncolumns = if(is.character(x)) 1 else 5, append = FALSE, sep = " ")

当 file = "" 时 输出到标准输出

sink() 函数将输出结果重定向到文件

sink(file = NULL, append =FALSE, type = c("output", "message"), split = FALSE)

append参数：布尔值。TRUE时 输出内容追加到文件尾部，FALSE时 覆盖文件的原始内容。

writeLines() 函数将字符串向量输出到文件中 也可以输出到标准输出 会覆盖原始内容

writeLines(text, con = stdout(), sep = "\n", useBytes = FALSE)

text：字符串向量

con：输出文件， 默认输出到标准输出

write.table()函数将 data.frame 的内容输出到文件或者标准输出

write.table(x file = "", append = FALSE, quote = TRUE, sep = " ", eol = "\n", na = "NA", dec = ",", row.names = TRUE, col.names = TRUE, qmethod = c("escape", "double"), fileEncoding = "")

读取命令行参数

commandArgs() 是R自带的参数传递，属于位置参数

args = commandArgs(trailingOnly = FALSE)    # R程序自带参数，从第6个开始才是命令行输入的参数

args = commandArgs(trailingOnly = TRUE)     # 此时 输入的第一个参数就是程序的第一个参数

如果改为 args = commandArgs(trailingOnly = FALSE)  输出结果如下：

 

getopt 包中的 getopt() 函数也可以接受从终端传递的参数，并且功能更加丰富

 getopt(spec = NULL, opt = commandArgs(TRUE), command = get_Rscript_filename(), usage = FALSE, debug = FALSE)

其中 spec 是一个4列或者5列的矩阵，里面包括了参数信息，前四列是必须的，第五列是可选的

第一列：指定参数的 longname ，多个字符

第二列：指定参数的 shortname，一个字符

第三列：指定参数是必须的还是可选的，数字，0 不接受参数  1 必须有参数  2 参数可选

第四列：指定参数的类型  logical  integer  double  complex  character  numeric

第五列：注释信息 可选

usage：默认为FALSE 这是参数无实际意义，而是以用法的形式输出。

library(getopt)
spec = matrix(c(
  'verbose', 'v', 2, "integer",
  'help'   , 'h', 0, "logical",
  'count'  , 'c', 1, "integer",
  'mean'   , 'm', 1, "double",
), byrow=TRUE, ncol=4)
opt = getopt(spec)
print(opt$count)
print(opt$mean)

 

如何制作脚本的帮助

command=matrix(c("bam","b",1,"character",
                 "bed","d",1,"character",
                 "png","p",1,"character",
                 "help","h",0,"logical"),byrow=T,ncol=4)
args=getopt(command)
if (!is.null(args$help) || is.null(args$bam) || is.null(args$png) || is.null(args$bed)) {
    cat(paste(getopt(command, usage = T), "\n"))
    q()
}