上一页 1 2 3 4 5 6 ··· 9 下一页

2019年7月23日

摘要:1. 少用循环多用R自带的向量化运算,R的循环效率极低。 2. 使用驼峰命名法 或者 用点号分隔 avg.cliks 3. 函数命名第一个字母大写 4. 所有的二元运算符的两侧加空格,逗号后面添加空格 5. 使用 <- 进行赋值,不用 = 赋值 用 = 进行传值 6. 函数的定义应该首先列出无默认值 阅读全文
posted @ 2019-07-23 08:43 0820LL 阅读(219) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2019年7月21日

摘要:RPKM:Reads Per Kilobases Per Million Reads指的是每1百万个reads中比对到每1kb碱基外显子上的reads数 FPKM:Fragments Per Kilobase Per Million reads 当reads来自PE测序数据时使用FPKM TPM: 阅读全文
posted @ 2019-07-21 23:42 0820LL 阅读(439) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2019年7月16日

摘要:Empirical Analysis of Digital Gene Expression Data in R 安装 使用 library("edgeR") edgeRUserGuide() # 查看使用文档 查看在线的使用文档 http://www.bioconductor.org/package 阅读全文
posted @ 2019-07-16 22:43 0820LL 阅读(95) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2019年7月15日

摘要:安装 maps install.packages(“maps”) 使用 maps library("maps") nz <- map_data("nz") 阅读全文
posted @ 2019-07-15 15:44 0820LL 阅读(137) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:tidyr包主要提供了数据整理和清洗的功能,包括 1. 数据框的变形 2. 处理数据框中的空值 3. 根据一个表格衍生出其他表格 4. 实现行或列的分隔和合并 该包将要用的数据处理成标准且统一的数据框(Tidy Data)才能进行下一步的数据处理和做图。 R将整洁数据定义为:每个变量的数据存储在自身 阅读全文
posted @ 2019-07-15 14:36 0820LL 阅读(62) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:The d is for dataframes, the plyr is to evoke pliers. Pronounce however you like. dplyr包可用于处理 R 内部或者外部的结构化数据,相较于plyr包,dplyr包专注接受 data.frame 对象,大幅提高了速度 阅读全文
posted @ 2019-07-15 14:32 0820LL 阅读(305) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2019年7月12日

摘要:github主页 https://github.com/tidyverse/ggplot2 ggplot2中的函数:https://ggplot2.tidyverse.org/reference/index.html 图形范例:http://www.ggplot2-exts.org/gallery/ 阅读全文
posted @ 2019-07-12 17:00 0820LL 阅读(157) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:在linux上经常遇到这种问题,从网上下载文件到 linux 上后,就多了很多 ^M这种东西,如何集体删除这种东西呢! 用 vim 打开文件 进行如下设置 将文件格式转化为unix 阅读全文
posted @ 2019-07-12 11:10 0820LL 阅读(85) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2019年7月11日

摘要:输入数据 使用键盘输入数据 只能处理小样本,很少使用 在创建 data.txt 字符串之后,用函数 read.table() 创建数据框 data.1。这种方法可以让我们把数据嵌入到R代码中,此处切记,read.table() 使我们最为常用的读取外部数据的函数。 下面的方法是用函数 fix() 创 阅读全文
posted @ 2019-07-11 14:34 0820LL 阅读(965) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2019年7月10日

摘要:https://cran.r-project.org/web/packages/survival/index.html 阅读全文
posted @ 2019-07-10 16:54 0820LL 阅读(270) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:http://www.webgestalt.org/ 通路富集分析 参考 http://www.sci666.com.cn/9596.html 阅读全文
posted @ 2019-07-10 16:47 0820LL 阅读(617) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:http://gepia.cancer-pku.cn/ 阅读全文
posted @ 2019-07-10 14:38 0820LL 阅读(407) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:limma:Linear Models for Microarray and RNA-Seq Data http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/limma.html 安装 使用 library("limma") usersguid 阅读全文
posted @ 2019-07-10 14:34 0820LL 阅读(185) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:https://portals.broadinstitute.org/ccle 阅读全文
posted @ 2019-07-10 14:18 0820LL 阅读(258) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:http://www.funrich.org/ 阅读全文
posted @ 2019-07-10 14:10 0820LL 阅读(612) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:https://software.broadinstitute.org/morpheus/ 阅读全文
posted @ 2019-07-10 14:09 0820LL 阅读(119) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2019年7月9日

摘要:http://xena.ucsc.edu/welcome-to-ucsc-xena/ 阅读全文
posted @ 2019-07-09 22:58 0820LL 阅读(82) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:LSF(Load Sharing Facility)是一个被广泛使用的作业管理系统,具有高吞吐、配置灵活的优点。通过 LSF 集中监控和调度,可以充分利用计算机的CPU、内存、磁盘等资源。 bqueues:查看计算队列 bhosts:查看计算节点列表 lsload:查看负载 bsub:提交作业 bj 阅读全文
posted @ 2019-07-09 16:44 0820LL 阅读(509) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:使用 R包 xlsx 或者 openxlsx 安装 install.packages("xlsx", repos="https://cloud.r-project.org/") install.packages("openxlsx", repos="https://cloud.r-project.o 阅读全文
posted @ 2019-07-09 10:33 0820LL 阅读(179) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2019年7月8日

摘要:网页 https://www.ebi.ac.uk/gxa/home 文档 https://www.ebi.ac.uk/gxa/help/index.html 阅读全文
posted @ 2019-07-08 23:29 0820LL 阅读(104) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:网址 https://www.oncomine.org/resource/login.html Oncomine 是目前世界上最大的癌基因芯片数据库和整合数据挖掘平台,旨在挖掘癌症基因信息。Oncomine 拥有最全的癌症突变谱、基因表达数据以及相关的临床信息,可用于发现新的生物标记物或新的治疗靶点 阅读全文
posted @ 2019-07-08 22:47 0820LL 阅读(582) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:from pathlib import Path 参考 https://www.jb51.net/article/148789.htm 阅读全文
posted @ 2019-07-08 17:31 0820LL 阅读(207) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2019年7月7日

摘要:DT 包提供了 JavaScript 库 DataTables 的一个R接口,它使得R对象(矩阵或数据框)可以在HTML页面上显示为表格。 该包的DataTables函数生成的表格提供了数据的筛选、分页、排序及其他功能,目前依法不再CRAN上。 安装方法 install.packages("DT", 阅读全文
posted @ 2019-07-07 20:35 0820LL 阅读(427) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2019年7月6日

摘要:获取当前路径 getwd() 切换当前路径 setwd() 返回上一级目录 setwd(dirname(getwd())) 获取文件所在路径 dirname() 查看当前目录的子目录 list.dirs() 查看当前目录的子目录和文件 dir() 查看指定目录的子目录及文件 dir(path="a/ 阅读全文
posted @ 2019-07-06 17:26 0820LL 阅读(314) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:方法一 options(repos=structure(c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))) install.packages("包名") 方法二 install.packages("ABC",repos="http://mir 阅读全文
posted @ 2019-07-06 15:33 0820LL 阅读(444) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2019年7月5日

摘要:TCGA 的数据可以在5个组织机构获取,它们都提供了类似的接口来供用户下载数据。 cgdsR 包是cBioPortal 提供的R包 http://www.cbioportal.org/rmatlab cgds -- Cancer genomic Data Service 安装 cgdsR 使用 cg 阅读全文
posted @ 2019-07-05 17:20 0820LL 阅读(323) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:http://software.broadinstitute.org/gsea/index.jsp GSEA(Gene Set Enrichment Analysis)是一种生物信息学的计算方法,用于确定是否存在这样一个基因集,能在两个生物学状态中显示出显著的一致性的差异。表达谱数据里的基因数目众多 阅读全文
posted @ 2019-07-05 15:49 0820LL 阅读(656) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:http://last.cbrc.jp/doc/lastal.html This program finds local alignments between query sequences, and reference sequences that have been prepared using 阅读全文
posted @ 2019-07-05 10:25 0820LL 阅读(280) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2019年7月1日

摘要:GEO Gene Expression Omnibus 基因表达数据库 网址:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/ GEO的数据存储方式 GEO数据库具体存放四类数据:GSE、GDS、GSM、GPL GEO Series Study GSE号(GSExxx)对应的是整个 阅读全文
posted @ 2019-07-01 18:00 0820LL 阅读(360) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:http://www.cbioportal.org/ 参考连接 http://www.geneseed.com.cn/page464?article_id=413 阅读全文
posted @ 2019-07-01 17:51 0820LL 阅读(158) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:http://www.genenames.org/ HGNC 全称为HUGO Gene Nomenclature Committee, 叫做 HUGO基因命名委员会,负责对人类基因组上包括蛋白编码基因, ncRNA基因,假基因和其他基因在内的所有基因提供一个唯一的,标准的,可以广泛传播的symbol 阅读全文
posted @ 2019-07-01 17:07 0820LL 阅读(330) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2019年6月27日

摘要:方法1:while循环中执行效率最高,最常用的方法。 方法2 : 重定向法;管道法: cat $FILENAME | while read LINE 方法3: 文件描述符法 方法4 for 循环 阅读全文
posted @ 2019-06-27 17:02 0820LL 阅读(114) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2019年6月25日

摘要:将 /etc/ssh/sshd_config 中的 Subsystem sftp /usr/libexec/openssh/sftp-server 改为 Subsystem sftp internal-sftp 重启sshd后,sftp正常工作了。 但是原因仍然不知为何,回头看看,发现 /usr/l 阅读全文
posted @ 2019-06-25 17:12 0820LL 阅读(977) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2019年6月19日

摘要:Eclispe 使用私钥登录远程服务器 生成私钥 Window --> Preference --> SSH2 --> Key Management --> Generate RSA key 生成一个RSA密钥 添加 comment(inria-gforge-key, 通常可输入:user@host 阅读全文
posted @ 2019-06-19 10:31 0820LL 阅读(1662) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2019年6月18日

摘要:由于 python 是动态语言,在定义函数时,参数是不需要指定类型的。当调用别人写的函数,而该函数有没有文档说明,只有通过看源代码才能知道需要传递什么类型的参数。 不过 python 提供了一种机制可以在定义函数的同时指定参数的类型,称之为函数注解。 函数声明中,text:strtext 是参数 : 阅读全文
posted @ 2019-06-18 10:51 0820LL 阅读(399) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2019年6月17日

摘要:https://www.cnblogs.com/liaojie970/p/6126322.html 阅读全文
posted @ 2019-06-17 13:24 0820LL 阅读(179) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2019年6月12日

摘要:可以尝试下面的几种方式 help(lapply,package=,....)?lapply??lapplyhelp.search('lapply')apropos('norm') #函数名记不全时用?`%chin%` 阅读全文
posted @ 2019-06-12 16:37 0820LL 阅读(145) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2019年6月10日

摘要:library(data.table) ## 读取 rds 文件,然后保存为文本文件 data <- readRDS("pneumonia_pathogens.rds") write.table(data, file = "pneumonia_pathogens.txt", sep = "\t", 阅读全文
posted @ 2019-06-10 16:04 0820LL 阅读(4820) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:该方法的原理是预先生成一对公钥和私钥,私钥以文件的形式保存在本地,公钥保存在远程机器上。这样每次登录只需指定私钥文件,远程机器通过比对公钥和私钥来验证登录的合法性。 Putty 免密登录 第一步 生成公钥/私钥对 使用 putty 安装目录中的 puttygen.exe 工具 点击 generate 阅读全文
posted @ 2019-06-10 10:42 0820LL 阅读(815) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2019年5月28日

摘要:magrittr 包的官网 https://magrittr.tidyverse.org/ magrittr 包的 github 主页 https://github.com/tidyverse/magrittr magrittr包被定义为一个高效的管道操作工具包,通过管道的连接方式,让数据或表达式的 阅读全文
posted @ 2019-05-28 15:31 0820LL 阅读(1345) 评论(0) 推荐(0) 编辑
上一页 1 2 3 4 5 6 ··· 9 下一页

导航