GEOquery

GEOquery 是 bioconductor 项目下的一个R包

官网:http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/GEOquery.html

下载安装:

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("GEOquery")

GEO 是由NCBI负责维护的一个数据库,期初是有芯片数据,后来增加了甲基化芯片和高通量测序数据。

只要看到文献里面有提到 GEO 数据库,都可以通过这个R包来进行批量下载,其实就是网页版的一个API调用而已。

GEO 数据库基础知识(有另一篇博文专门介绍GEO数据库)

GEO Platform (GPL) 芯片平台

GEO Sample (GSM) 样本ID号

GEO Series (GSE) study 的ID号

GEO Dataset (GDS) 数据集的ID号

GEOquery 用法

常用函数,以及每个函数返回的对象该如何处理即可。

getGEO()  从GEO数据库下载数据或者打开本地数据

返回值:GDS / GSE / GSM / GPL   具体返回值取决于GEO的参数

 

GEO参数 决定下载的数据种类,GDS / GSE / GSM / GPL

filename参数 如果已经下载好了文件,直接读取

destdir参数  下载文件存放的地址,默认的是工作目录

GSEMatrix参数  若为TRUE,则下载Matrix文件;若为FALSE,则下载SOFT文件。默认为TRUE。

getGPL参数  若为TRUE,则下载GPL注释文件;若为FALSE,则不下载。默认为TRUE。

getGEOSuppFiles()  下载 supplementary data,包含 raw data

返回值:supplementary data

 

GEO参数  下载GSE的supplemental files

makeDirectory参数  若为TRUE,则默认新建文件夹并下载到里面;若为FALSE,则直接下载到工作目录。默认为TRUE。

baseDir参数  指定下载目录,默认为工作目录

getGEOfile()

gunzip() 解压gz格式的文件

返回值:从gz压缩文件中提起的文件。

 

filename参数  需要解压缩的文件名,可以为 list

destname参数  解压缩之后的文件名,默认去除 .gz$

overwrite参数  是否覆盖重名文件,默认为FALSE

remove参数  解压完是否删除原文件,默认为TRUE

 

这三个函数根据上面的四种ID下载数据的时候,返回的对象是不同的。

首先介绍 getGEO() 函数

-- gse1009 <- getGEO("GSE1009", destdir = ".")    # 根据GSE号下载数据,下载 ***_series_matrix.txt.gz 文件

-- gds858 <- getGEO("GDS858", destdir = ".")    # 根据GDS号下载数据,下载 soft 文件。 如果使用了 GSEMatrix = TRUE 这个参数,那么除了下载soft文件还会下载表达量矩阵文件,可以直接用read.table()函数读取

-- gpl96 <- getGEO("GPL96", destdir = ".")    # 根据GPL号下载的是芯片设计的信息

下载的文件都会保存在本地,destdir 参数用来指定下载地址。

getGEO()的比较重要的参数有:

GSEmatrix = TRUE

AnnotGPL = FALSE

getGPL = TRUE

根据返回对象的不同,针对返回对象的方法也不一样

下载GSE返回对象的处理函数

即直接根据GSE号返回的对象:gse1009

相应的处理函数有:

geneNames

sampleNames

pData

exprs

下面的操作得到一个数值矩阵

expr <- read.table("GSE26253_series_matrix.txt", comment.char = "!", stringAsFactors = F)

下载GDS返回对象的处理函数

gds858返回的对象很复杂

用 Table(gds858) 可以得到表达矩阵

用 Meta(gds858) 可以得到描述信息

用 GDS2eSet() 函数把它转变为 expression set 对象

library(GEOquery)
gds858 <- getGEO("GDS858", destdir = ".")
names(Meta(gds858))
Table(gds858)[1:5, 1:5]
eset <- GDS2eSet(gds858, do.log2 = TRUE)

g4100 <- GDS2eSet(getGEO("GDS4100"))
e4100 <- exprs(g4100) # 这样e4100就是一个数值矩阵了,可以进行下游分析。

下载GPL返回对象的处理函数

 根据GPL号下载返回的对象也用 Table()  meta()处理

library(GEOquery)
gpl <- getGEO("GPL96", destdir = ".")
names(Meta(gpl96))
Table(gpl96)[1:10, 1:4]
## 下面这个就是芯片ID的基因注释信息
Table(gpl96)[1:10, c("ID", "GB_LIST", "Gene.Symbol", "Entres.Gene")]

getGEO() 函数除了可以下载数据,也可以打开本地数据,使用参数 filename 指定本地数据文件

gds858 <- getGEO(filename = "GDS858.soft.gz")

 

posted on 2019-10-13 22:48  0820LL  阅读(993)  评论(0编辑  收藏  举报

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