Circos图

Circos官网   http://circos.ca

在线绘图工具    http://mkweb.bcgsc.ca/tableviewer/visualize/

Circos图的诞生

Circos图诞生于2009年,当时是作为一个绘图工具类的文章发表在Genome Research(最新IF:9.944)上,其作者是Martin Krzywinski,可为“Circos之父”,我们姑且尊称他为“马老师”。从那时出现开始便多次出现在国际知名杂志,比如Nature、Science、Cell上。截止到2019年9月该文章已被引用将近3,500次

Circos图的用途

Circos图其实是一个用途非常广泛的图形,可以用于表征基本上任何类型的数据,包括把我们常见的散点图、折线图等都可以整合到Circos图中。特别的,Circos图尤其适合用来描述生物信息学和基因组学的数据。

Circos图的做法

绘制Circos图有以下几种做法,由难到易依次为:

方法一:Perl 语言

官方提供的绘制Circos图的软件叫做Circos,是一个由Perl语言编写的一个非常庞大的软件,安装起来非常麻烦:

1. 下载安装Perl语言

2. 从Circos官方网站下载Circos:http://circos.ca/software/download/

下载好之后就是安装Circos需要的Perl模块,粗略统计了一下,Windows中的Active Perl如果要运行Circos,需要安装十几个模块,所以这个很麻烦,难度也很大。

方法二:R语言

推荐几个可以做Circos图的R包

-- circlize

-- RCircos

方法三:Circos Table Viewer

这个是Circos官方在线的绘图工具,网址如下

http://mkweb.bcgsc.ca/tableviewer/visualize/

这个网站很慢,可能还需要FQ

这是目前为止最为简洁的绘制Circos图的方法,只要上传一个文本文件就可以绘图了。具体绘图步骤如下:

1. 进入在线绘图网站 

http://mkweb.bcgsc.ca/tableviewer/visualize/

 

2. 准备数据

数据需要放到文本文件中,用空格或者制表符分隔

由于Circos Table Viewer不接受小数,将相关系数都乘以1000

 

 3. 上传文件

点击 “浏览” 上传文件,然后点击 “Visualize Table” 即可生成Circos图

 

 4. 下载Circos图

 

posted on 2019-09-16 09:58  0820LL  阅读(1012)  评论(0编辑  收藏  举报

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