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随笔分类 - ROSETTA

RosettaScripts学习笔记-2021-11-18

2021-11-18 10:18 by 丨o聽乄雨o丨, 71 阅读, 收藏, 编辑
摘要: 1. Cartesian minimization based on moving atoms in xyz Cartesian space, rather than with Internal Coordinates. This requires an extra term (cart_bonde 阅读全文

RoseTTAFold安装

2021-10-21 15:44 by 丨o聽乄雨o丨, 230 阅读, 收藏, 编辑
摘要: 1. 下载RoseTTAFold $ git clone https://github.com/RosettaCommons/RoseTTAFold.git (100M) $ cd RoseTTAFold 2. 下载权重、数据库 $ wget https://files.ipd.uw.edu/pub 阅读全文

rosetta使用silent格式储存PDB结构,节省本地存储

2021-10-10 22:08 by 丨o聽乄雨o丨, 52 阅读, 收藏, 编辑
摘要: 二进制silent文件是一种专有的Rosetta格式,它比PDB文件紧凑得多,可以存储任意数量的结构,避免了许多文件系统上的磁盘空间和文件数量限制。 一、只需要在输出时加一个flag就可以生成silent格式输出。 flag如下: 1 -out:file:silent scoring.silent 阅读全文

RoseTTAFold建模测试psipred出现buffer overflow detected错误解决办法

2021-07-20 21:13 by 丨o聽乄雨o丨, 359 阅读, 收藏, 编辑
摘要: 安装RoseTTAFold完成后,进入example目录测试建模时,报错如下: ~/Programs/RoseTTAFold-main/input_prep/make_ss.sh: line 24: 31151 Aborted (core dumped) psipred $ID.mtx $DATAD 阅读全文

P450酶rosetta对接,设计时的HEM ligated CYM问题

2021-04-23 15:40 by 丨o聽乄雨o丨, 228 阅读, 收藏, 编辑
摘要: P450酶是一类以HEM作为辅酶,并是在催化过程中严重依赖HEM氧化还原循环的一类酶。 在天然环境下,HEM辅酶的Fe原子会与蛋白中一个处于垂直位置的脱氢CYS(CYM)的S形成一个共价键,此共价键基本垂直于HEM平面,其间的距离、角度、二面角都保持在一直相对稳定的状态。 在实际的计算模拟过程中,尤 阅读全文

rosetta constraints

2019-07-29 15:14 by 丨o聽乄雨o丨, 546 阅读, 收藏, 编辑
摘要: 通过设置constraints,可以实现一些键长键角以及二面角的限制: 倒数第二列是弧度值,pai代表180度。 距离设置规则可以参考rosetta官网: https://www.rosettacommons.org/docs/latest/rosetta_basics/file_types/con 阅读全文

score_jd2准备pdb文件

2019-07-29 14:58 by 丨o聽乄雨o丨, 379 阅读, 收藏, 编辑
摘要: 有时rosetta很奇怪,做对接和设计时会产生乱七八糟的residue和atom的问题,有时候用score_jd2去处理下pdb,就能解决这些问题: 其中-renumber_pdb就是对原子序号及氨基酸序号进行重新命名。 阅读全文

安装rosetta2016时出现git@172.16.25.11s password: \r\nPermission denied错误,解决方法。

2019-04-23 20:12 by 丨o聽乄雨o丨, 549 阅读, 收藏, 编辑
摘要: 当在source目录执行 ./external/scons-local/scons.py -j8 mode=release bin 时,报错 git@172.16.25.11s password: \r\nPermission denied, please try again ,导致安装失败,解决方 阅读全文

enzyme design 整体流程及感想

2018-08-13 23:43 by 丨o聽乄雨o丨, 1276 阅读, 收藏, 编辑
摘要: 想起什么来写什么吧。 整体流程(以Ceas2, TPP, G3P为例): 准备蛋白即配体参数文件(pdb文件需要有header,header的顺序符合cst block的顺序,且residue1和residue2的顺序也必须符合cst block); 设置CST文件; 准备protocol和flag 阅读全文

rosetta geometric constraint file(用于match和design)

2018-08-12 17:29 by 丨o聽乄雨o丨, 805 阅读, 收藏, 编辑
摘要: cst(constraint file)文件示例: 上述是一个经典的cst文件的示例,res1为三字符的D2N,res2为单字符的氨基酸缩写H(HIS)。 1. cst文件以CST::BEGIN开始,以CST::END结束; 2. TEMPLATE:: ATOM_MAP: 记录什么原子被限制及残基名 阅读全文

Monte Carlo simulated annealing

2018-08-07 21:39 by 丨o聽乄雨o丨, 382 阅读, 收藏, 编辑
摘要: 蒙特·卡罗分子模拟计算 蒙特·卡罗分子模拟计算 使用蒙特·卡罗方法进行分子模拟计算是按照以下步骤进行的: 1. 使用随机数发生器产生一个随机的分子构型。 2. 对此分子构型的其中粒子坐标做无规则的改变,产生一个新的分子构型。 3. 计算新的分子构型的能量。 4. 比较新的分子构型于改变前的分子构型的 阅读全文

rosetta deep_analysis

2018-07-14 16:41 by 丨o聽乄雨o丨, 366 阅读, 收藏, 编辑
摘要: 此小程序可以分析backrub,enzdes类的聚类logo分析,详细路径是: /home/wangq/Programs/rosetta_2018.09.60072_bundle/tools/protein_tools/scripts/deep_analysis 帮助文档: design_analy 阅读全文

rosetta对称性文件(rosetta symmetry file)的产生及应用

2018-07-14 16:01 by 丨o聽乄雨o丨, 540 阅读, 收藏, 编辑
摘要: 针对对称性PDB 3UKM,使用make_symmdef_file.pl脚本,可以执行产生对称单元及对称文件: 参数意义: Here we are using symmetry to model an already-symmetric starting protein. This is calle 阅读全文

ROSETTA使用技巧随笔--RosettaLigand Docking

2018-01-23 16:28 by 丨o聽乄雨o丨, 2767 阅读, 收藏, 编辑
摘要: 时间不充分,简单记录下自己实践过程中的做法: 1. 首先,非标准残基都需要转换成.params文件,使用 <path-to-Rosetta>/main/source/scripts/python/public/molfile_to_params.py -n TPP TPP.mol2 --chain= 阅读全文

ROSETTA使用技巧随笔--relax使用

2017-11-21 17:22 by 丨o聽乄雨o丨, 1691 阅读, 收藏, 编辑
摘要: Purpose: 主要说目的,relax的作用就是对一个给定的蛋白进行构象搜索,寻找与WT相似并能量低于WT的结构,既包含packer又包含minimizer。主要的应用在对一个结构构象进行取样,获得一个构象assembly,同时还能应用于相似结构的比较,结构优化等,它主要能对空间结构中的clash 阅读全文

ROSETTA使用技巧随笔--蛋白蛋白对接

2017-11-10 16:18 by 丨o聽乄雨o丨, 4506 阅读, 收藏, 编辑
摘要: 先写简略版,以后再详细写。 1. 对输入结构进行预处理(refine) flag_input_relax: 2. local dock 执行局部对接之前应手动把受体和配体放到一个pdb文件中,用不同的链标注(例如A,B),相距~10A,并且要有口袋的先验知识,把受体配体按照先验知识对好朝向。 使用以 阅读全文

ROSETTA使用技巧随笔--PyMOL实时观测ROSETTA模拟过程中的结构变化

2017-11-08 21:59 by 丨o聽乄雨o丨, 1569 阅读, 收藏, 编辑
摘要: 没有梦想的人,就是一只咸鱼,像我,就有一个梦想,就是让蛋白模拟过程变成动画,动起来! 虽然MD中有很多方法可以方模拟过程像动画一样播放出来,但是我一直想在ROSETTA中也找一个这样的功能,这不,我发现了! 方法也很简单,首先确保你安装了PyMOL,安装下载都很简单,百度即可,下面说这两个软件怎么串 阅读全文

ROSETTA使用技巧随笔--控制Log输出等级

2017-11-08 21:09 by 丨o聽乄雨o丨, 334 阅读, 收藏, 编辑
摘要: 一般运行ROSETTA,屏幕上的Log很多,而且很复杂,让我们看着眼晕,现在我们可以通过控制Log等级来控制屏幕上输出的东西。 使用 -out:level <integer> 选项即可控制屏幕输出: 0 代表只输出致命型错误,程序异常终止 100 代表输出一般错误信息,程序终止 200 代表会输出警 阅读全文

ROSETTA使用技巧随笔--Full Atom Representation和Centroid Representation

2017-11-08 20:07 by 丨o聽乄雨o丨, 410 阅读, 收藏, 编辑
摘要: Full Atom Representation vs Centroid Representation Full Atom Representation即全原子标识,氨基酸残基的所有相关原子,均原封不动的表示出来,比如主链即侧链上的所有原子,N O S等,全原子表示的优势在于计算准确,但是耗时较长; 阅读全文

ROSETTA使用技巧随笔--score.sc处理

2017-11-08 17:19 by 丨o聽乄雨o丨, 726 阅读, 收藏, 编辑
摘要: 对score.sc的便利操作: 此命令会以score文件的第二列进行排序(sort -n -k2,-n表示对数值型数据排序,可用-r倒序排列),并输出文件。 此命令以score文件第二列进行排序后,输出第二列及第三列(awk '{print $2 "\t" $3}'),第二列通常代表total_sc 阅读全文