摘要：
重装的ubuntu2004，分别安装了openmpi4.1.1及openmpi1.6.5后编译mpi版本rosetta，运行rosetta_script.mpi.linuxgccrelease均出现libcore.2.so的报错，猜测是mpi版本问题或者是手动安装的mpi编译时出现的问题。 后面使用 阅读全文
随笔分类 - ROSETTA
rosetta error: 'StructureID' has not been declared
2023-06-06 16:01 by 丨o聽乄雨o丨, 39 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
错误的原因为编译器版本太高，解决方法也很简单，到文件 src/protocols/features/FeaturesReporter.fwd.hh 的顶部加入下面这句： 1 #include <cstdint> 阅读全文
用rosetta时，不要用UNK作为小分子名称！
2022-11-16 15:54 by 丨o聽乄雨o丨, 91 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
不要用UNK作为小分子名称！不要用UNK作为小分子名称！不要用UNK作为小分子名称！ 阅读全文
RosettaScripts学习笔记-2021-11-18
2021-11-18 10:18 by 丨o聽乄雨o丨, 495 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
1. Cartesian minimization based on moving atoms in xyz Cartesian space, rather than with Internal Coordinates. This requires an extra term (cart_bonde 阅读全文
RoseTTAFold安装
2021-10-21 15:44 by 丨o聽乄雨o丨, 1225 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
1. 下载RoseTTAFold $ git clone https://github.com/RosettaCommons/RoseTTAFold.git (100M) $ cd RoseTTAFold 2. 下载权重、数据库 $ wget https://files.ipd.uw.edu/pub 阅读全文
rosetta使用silent格式储存PDB结构，节省本地存储
2021-10-10 22:08 by 丨o聽乄雨o丨, 456 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
二进制silent文件是一种专有的Rosetta格式，它比PDB文件紧凑得多，可以存储任意数量的结构，避免了许多文件系统上的磁盘空间和文件数量限制。 一、只需要在输出时加一个flag就可以生成silent格式输出。 flag如下： 1 -out:file:silent scoring.silent 阅读全文
RoseTTAFold建模测试psipred出现buffer overflow detected错误解决办法
2021-07-20 21:13 by 丨o聽乄雨o丨, 736 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
安装RoseTTAFold完成后，进入example目录测试建模时，报错如下： ~/Programs/RoseTTAFold-main/input_prep/make_ss.sh: line 24: 31151 Aborted (core dumped) psipred $ID.mtx $DATAD 阅读全文
P450酶rosetta对接，设计时的HEM ligated CYM问题
2021-04-23 15:40 by 丨o聽乄雨o丨, 714 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
P450酶是一类以HEM作为辅酶，并是在催化过程中严重依赖HEM氧化还原循环的一类酶。 在天然环境下，HEM辅酶的Fe原子会与蛋白中一个处于垂直位置的脱氢CYS（CYM）的S形成一个共价键，此共价键基本垂直于HEM平面，其间的距离、角度、二面角都保持在一直相对稳定的状态。 在实际的计算模拟过程中，尤 阅读全文
rosetta constraints
2019-07-29 15:14 by 丨o聽乄雨o丨, 821 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
通过设置constraints，可以实现一些键长键角以及二面角的限制： 倒数第二列是弧度值，pai代表180度。 距离设置规则可以参考rosetta官网： https://www.rosettacommons.org/docs/latest/rosetta_basics/file_types/con 阅读全文
score_jd2准备pdb文件
2019-07-29 14:58 by 丨o聽乄雨o丨, 538 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
有时rosetta很奇怪，做对接和设计时会产生乱七八糟的residue和atom的问题，有时候用score_jd2去处理下pdb，就能解决这些问题： 其中-renumber_pdb就是对原子序号及氨基酸序号进行重新命名。 阅读全文
安装rosetta2016时出现git@172.16.25.11s password: \r\nPermission denied错误，解决方法。
2019-04-23 20:12 by 丨o聽乄雨o丨, 780 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
当在source目录执行 ./external/scons-local/scons.py -j8 mode=release bin 时，报错 git@172.16.25.11s password: \r\nPermission denied, please try again ，导致安装失败，解决方 阅读全文
enzyme design 整体流程及感想
2018-08-13 23:43 by 丨o聽乄雨o丨, 1802 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
想起什么来写什么吧。 整体流程（以Ceas2, TPP, G3P为例）： 准备蛋白即配体参数文件(pdb文件需要有header，header的顺序符合cst block的顺序，且residue1和residue2的顺序也必须符合cst block)； 设置CST文件； 准备protocol和flag 阅读全文
rosetta geometric constraint file（用于match和design）
2018-08-12 17:29 by 丨o聽乄雨o丨, 1290 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
cst(constraint file)文件示例： 上述是一个经典的cst文件的示例，res1为三字符的D2N，res2为单字符的氨基酸缩写H（HIS）。 1. cst文件以CST::BEGIN开始，以CST::END结束； 2. TEMPLATE:: ATOM_MAP: 记录什么原子被限制及残基名 阅读全文
Monte Carlo simulated annealing
2018-08-07 21:39 by 丨o聽乄雨o丨, 469 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
蒙特·卡罗分子模拟计算 蒙特·卡罗分子模拟计算 使用蒙特·卡罗方法进行分子模拟计算是按照以下步骤进行的： 1． 使用随机数发生器产生一个随机的分子构型。 2． 对此分子构型的其中粒子坐标做无规则的改变，产生一个新的分子构型。 3． 计算新的分子构型的能量。 4． 比较新的分子构型于改变前的分子构型的 阅读全文
rosetta deep_analysis
2018-07-14 16:41 by 丨o聽乄雨o丨, 472 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
此小程序可以分析backrub，enzdes类的聚类logo分析，详细路径是： /home/wangq/Programs/rosetta_2018.09.60072_bundle/tools/protein_tools/scripts/deep_analysis 帮助文档： design_analy 阅读全文
rosetta对称性文件(rosetta symmetry file)的产生及应用
2018-07-14 16:01 by 丨o聽乄雨o丨, 673 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
针对对称性PDB 3UKM，使用make_symmdef_file.pl脚本，可以执行产生对称单元及对称文件： 参数意义： Here we are using symmetry to model an already-symmetric starting protein. This is calle 阅读全文
ROSETTA使用技巧随笔--RosettaLigand Docking
2018-01-23 16:28 by 丨o聽乄雨o丨, 3827 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
时间不充分，简单记录下自己实践过程中的做法: 1. 首先，非标准残基都需要转换成.params文件，使用 <path-to-Rosetta>/main/source/scripts/python/public/molfile_to_params.py -n TPP TPP.mol2 --chain= 阅读全文
ROSETTA使用技巧随笔--relax使用
2017-11-21 17:22 by 丨o聽乄雨o丨, 2894 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
Purpose: 主要说目的，relax的作用就是对一个给定的蛋白进行构象搜索，寻找与WT相似并能量低于WT的结构，既包含packer又包含minimizer。主要的应用在对一个结构构象进行取样，获得一个构象assembly，同时还能应用于相似结构的比较，结构优化等，它主要能对空间结构中的clash 阅读全文
ROSETTA使用技巧随笔--蛋白蛋白对接
2017-11-10 16:18 by 丨o聽乄雨o丨, 6560 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
先写简略版，以后再详细写。 1. 对输入结构进行预处理（refine） flag_input_relax: 2. local dock 执行局部对接之前应手动把受体和配体放到一个pdb文件中，用不同的链标注（例如A，B），相距～10A，并且要有口袋的先验知识，把受体配体按照先验知识对好朝向。 使用以 阅读全文
ROSETTA使用技巧随笔--PyMOL实时观测ROSETTA模拟过程中的结构变化
2017-11-08 21:59 by 丨o聽乄雨o丨, 2051 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
没有梦想的人，就是一只咸鱼，像我，就有一个梦想，就是让蛋白模拟过程变成动画，动起来！ 虽然MD中有很多方法可以方模拟过程像动画一样播放出来，但是我一直想在ROSETTA中也找一个这样的功能，这不，我发现了！ 方法也很简单，首先确保你安装了PyMOL，安装下载都很简单，百度即可，下面说这两个软件怎么串 阅读全文