ROSETTA使用技巧随笔--PyMOL实时观测ROSETTA模拟过程中的结构变化

没有梦想的人，就是一只咸鱼，像我，就有一个梦想，就是让蛋白模拟过程变成动画，动起来！

虽然MD中有很多方法可以方模拟过程像动画一样播放出来，但是我一直想在ROSETTA中也找一个这样的功能，这不，我发现了！

方法也很简单，首先确保你安装了PyMOL，安装下载都很简单，百度即可，下面说这两个软件怎么串连起来。

1.建立Rosetta与PyMOL两个软件的链接

并不像Linux中需要用到ln命令那么复杂，操作如下：

..打开PyMOL；

..在PyMOL命令运行框里输入 run <path_to_Rosetta_directory>/main/source/src/python/bindings/PyMOLPyRosettaServer.py （尽量用绝对路径，怕PyMOL找不着。。。）；

..输入完成后就会显示：

PyMOL <---> PyRosetta link started!
at 127.0.0.1 port 65000

下面这行信息可能因为设备不同而不同，这时，我们的link就建立完成了，执行下一步之前一定要保证PyMOL打开，且已经建立链接。

2.运行rosetta时联动PyMOL

rosetta和PyMOL的联动主要通过两个option控制，一个是 run:-show_simulation_in_pymol <time_in_seconds> ，参数为秒，即抓取每帧的时间，另一个是 -keep_pymol_simulation_history ，这个参数对制作movie有重要作用。

介绍完参数后，就可以运行rosetta了，这里以relax为例，示例文件为rosetta提供的文件，当然也可以自己准备，运行命令如下：

$> $ROSETTA3/bin/relax.default.linuxgccrelease -in:file:s input_files/from_rcsb/1qys.pdb -show_simulation_in_pymol 4.5 -keep_pymol_simulation_history @flag_input_relax

这个命令运行是另外一个终端里的，切记执行这一步时PyMOL是打开状态，且已经建立链接。

然后我们转而查看PyMOL,我们发现本来空无一物的PyMOL里已经有了一个结构，且随时间延长，主页面中的结构开始慢慢变动，如果不动的话请点击pymol控制台右下角的播放键！！

 还有两个option， -update_pymol_on_energy_changes_only 和 -update_pymol_on_conformation_changes_only ，分别表示仅当模拟结构的能量score变化时和仅当模拟结构的构象变化时才改变PyMOL中的构象。