score_jd2准备pdb文件

有时rosetta很奇怪，做对接和设计时会产生乱七八糟的residue和atom的问题，有时候用score_jd2去处理下pdb，就能解决这些问题：

score_jd2.linuxgccrelease -in:file:s can.pdb -renumber_pdb true -in:file:extra_res_fa S6P.params -ignore_waters false -out:pdb -overwrite

其中-renumber_pdb就是对原子序号及氨基酸序号进行重新命名。