rosetta使用silent格式储存PDB结构，节省本地存储

二进制silent文件是一种专有的Rosetta格式，它比PDB文件紧凑得多，可以存储任意数量的结构，避免了许多文件系统上的磁盘空间和文件数量限制。

一、只需要在输出时加一个flag就可以生成silent格式输出。

flag如下：

-out:file:silent scoring.silent

此文件中包含了score信息，pdb格式信息等。

需要注意的是如果要加入prefix或者suffix，需要把flag加在silent之前：

-out:prefix scoring_
-out:file:silent scoring.silent

二、我们可以使用 extract_pdbs 或者 extract_atomtree_diffs APP对silent文件进行解析，两个命令的参数类似，可生成批量的PDB文件。

命令如下(包含底物分子时，需要加入-in:file:extra_res_fa)：

extract_pdbs.linuxgccrelease -in:file:silent_struct_type binary -in:file:silent scoring.silent

 prefix和suffix也可以通过flag加入：

-out:prefix scoring_

可以通过指定  -tags  标签，提取出指定pdb：

extract_pdbs.linuxgccrelease -in:file:extra_res_fa CPDI.params CLR.params -in:file:silent_struct_type binary -in:file:silent silents.list -tags test_0001

又例如：

extract_pdbs.linuxgccrelease -in:file:extra_res_fa CPDI.params CLR.params -in:file:silent_struct_type binary -in:file:silent silents.list

同样可以用score_jd2对silent进行打分：

score_jd2.linuxgccrelease -in:file:extra_res_fa CPDI.params CLR.params -in:file:silent_struct_type binary -in:file:silent silents.list -out:file:scorefile test.sc