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rosetta使用silent格式储存PDB结构,节省本地存储

2021-10-10 22:08  丨o聽乄雨o丨  阅读(54)  评论(0编辑  收藏  举报

二进制silent文件是一种专有的Rosetta格式,它比PDB文件紧凑得多,可以存储任意数量的结构,避免了许多文件系统上的磁盘空间和文件数量限制。

一、只需要在输出时加一个flag就可以生成silent格式输出。

flag如下:

1 -out:file:silent scoring.silent

此文件中包含了score信息,pdb格式信息等。

需要注意的是如果要加入prefix或者suffix,需要把flag加在silent之前:

1 -out:prefix scoring_
2 -out:file:silent scoring.silent

二、我们可以使用 extract_pdbs APP对silent文件进行解析,即可生成批量的PDB文件。

命令如下:

1 extract_pdbs.linuxgccrelease -in:file:silent_struct_type binary -in:file:silent scoring.silent

 prefix和suffix也可以通过flag加入:

1 -out:prefix scoring_

 

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