摘要：
一般运行ROSETTA，屏幕上的Log很多，而且很复杂，让我们看着眼晕，现在我们可以通过控制Log等级来控制屏幕上输出的东西。 使用 -out:level <integer> 选项即可控制屏幕输出： 0 代表只输出致命型错误，程序异常终止 100 代表输出一般错误信息，程序终止 200 代表会输出警 阅读全文
随笔分类 - ROSETTA
ROSETTA使用技巧随笔--Full Atom Representation和Centroid Representation
2017-11-08 20:07 by 丨o聽乄雨o丨, 533 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
Full Atom Representation vs Centroid Representation Full Atom Representation即全原子标识，氨基酸残基的所有相关原子，均原封不动的表示出来，比如主链即侧链上的所有原子，N O S等，全原子表示的优势在于计算准确，但是耗时较长； 阅读全文
ROSETTA使用技巧随笔--score.sc处理
2017-11-08 17:19 by 丨o聽乄雨o丨, 1032 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
对score.sc的便利操作： 此命令会以score文件的第二列进行排序(sort -n -k2,-n表示对数值型数据排序，可用-r倒序排列)，并输出文件。 此命令以score文件第二列进行排序后，输出第二列及第三列（awk '{print $2 "\t" $3}'）,第二列通常代表total_sc 阅读全文
rosetta mpi error: protocols.jobdist.JobDistributors:(0)Master Node -- Waiting for job request:tag=1
2017-04-12 20:39 by 丨o聽乄雨o丨, 552 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
很简单，因为使用了mpi编译版本的rosetta，却只给它分配了一个线程，然后这个线程用于分配任务，就没有线程跑任务，所以就freeze了 阅读全文
rosetta mpi编译时出现 MPI has not been declared 错误
2017-03-28 09:53 by 丨o聽乄雨o丨, 914 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
安装openmpi2.1.0版本，编译mpi rosetta时出现 MPI has not been declared 错误，经过一系列的摸索发现安装openmpi-1.6.5就可以顺利编译，降低版本就可以 这个问题就说明并不是最新版本软件是最好的。 阅读全文
rosetta2014/2015安装时出现INCLUDE(keyerror)错误，解决。
2016-12-06 15:11 by 丨o聽乄雨o丨, 744 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
错误： KeyError: 'INCLUDE' 使编译出错 解决方法： [usrname@host source]$ vim tools/build/site.settings 注释# "include_path" : os.environ["INCLUDE"].split(":"), 行 问题解决 阅读全文
rosetta common sh: mpiCC command not found解决方法
2016-01-07 16:25 by 丨o聽乄雨o丨, 4794 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
在执行多线程编译rosetta时执行: python scons.py bin mode=release extras=mpi -j8 编译安装rosetta 会出现错误sh: mpiCC command not found导致编译终止。 解决方法： 1.首先确定已安装openmpi，不管你是安到/ 阅读全文
酶设计软件rosetta安装
2015-10-21 09:23 by 丨o聽乄雨o丨, 1581 阅读, 收藏, 编辑
摘要：
1.Rosetta uses SCons as a compile assistant. You will likely need to download and install this first. download website: http://www.scons.org/download. 阅读全文