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RoseTTAFold建模测试psipred出现buffer overflow detected错误解决办法

2021-07-20 21:13  丨o聽乄雨o丨  阅读(736)  评论(0)  编辑  收藏  举报

安装RoseTTAFold完成后，进入example目录测试建模时，报错如下：

~/Programs/RoseTTAFold-main/input_prep/make_ss.sh: line 24: 31151 Aborted
                 (core dumped) psipred $ID.mtx $DATADIR/weights.dat $DATADIR/weights.dat2 $DATADIR/weights.dat3 > $ID.ss

由于psipred运行错误导致预测二级结构出现错误，也不能继续向下执行。

解决方法如下：

1. 首先到github下载psipred源码（https://github.com/psipred/psipred）：

1 git clone https://github.com/psipred/psipred
2 cd psipred

2. 进入 src 目录后，修改 sspred_avpred.c 文件第 241 行，buff size 由256修改到512：

修改

1    char            buf[256], *p;

为

1    char            buf[512], *p;

3. 修改完成后，在src目录重新编译产生新的可执行文件：

1 make

4. 将新产生的四个可执行文件（psipass2, psipred, seq2mtx, chkparse）覆盖到目录 ~/miniconda3/envs/RoseTTAFold/bin :

1 cp ~/[dirname]/psipred/src/seq2mtx ~/[dirname]/miniconda3/envs/RoseTTAFold/bin
2 cp ~/[dirname]/psipred/src/psipass2 ~/[dirname]/miniconda3/envs/RoseTTAFold/bin
3 cp ~/[dirname]/psipred/src/psipred ~/[dirname]/miniconda3/envs/RoseTTAFold/bin
4 cp ~/[dirname]/psipred/src/chkparse ~/[dirname]/miniconda3/envs/RoseTTAFold/bin

再次运行 ../run_pyrosetta_ver.sh input.fa . 

到此问题应该就解决了。