代码改变世界

amber进行分子动力学模拟水盒子和density需要注意的事项

2021-11-18 11:41 by 丨o聽乄雨o丨, 9 阅读, 0 推荐, 收藏, 编辑
摘要:水盒子要加厚: 越大的体系,一开始水盒子得加的越厚,因为有空隙会收缩,需要保证收缩后仍大于cutoff值+2A,否则一个周期内的蛋白会和另一个周期内的自己作用,而发生形变。。所以水盒子要厚,一般我默认盒子12A起,density也要多步,至少4次5000步,最后看密度波动,波动值小于1%了就可以走下 阅读全文

RosettaScripts学习笔记-2021-11-18

2021-11-18 10:18 by 丨o聽乄雨o丨, 21 阅读, 0 推荐, 收藏, 编辑
摘要:1. Cartesian minimization based on moving atoms in xyz Cartesian space, rather than with Internal Coordinates. This requires an extra term (cart_bonde 阅读全文

linux bash 字符串替换

2021-11-16 22:36 by 丨o聽乄雨o丨, 6 阅读, 0 推荐, 收藏, 编辑
摘要:字符串替换 $ dir=L72S_T377S_L483M $ echo ${dir//_/,}L72S,T377S,L483M $ dir="c:\windows/boot.ini" $ echo ${dir//\//\\} c:\windows\boot.ini ${变量/查找/替换值} 一个“/ 阅读全文

alphafold2_conda版安装

2021-10-22 11:34 by 丨o聽乄雨o丨, 76 阅读, 0 推荐, 收藏, 编辑
摘要:安装之前注意gcc版本,我用centos8的4.8.5装不了,后面自己安装的gcc8.4.0 1. conda create -n af2 python=3.8 -y 2. conda activate af2 3. conda install -y -c nvidia cudnn==8.0.4 4 阅读全文

RoseTTAFold安装

2021-10-21 15:44 by 丨o聽乄雨o丨, 104 阅读, 0 推荐, 收藏, 编辑
摘要:1. 下载RoseTTAFold $ git clone https://github.com/RosettaCommons/RoseTTAFold.git (100M) $ cd RoseTTAFold 2. 下载权重、数据库 $ wget https://files.ipd.uw.edu/pub 阅读全文

rosetta使用silent格式储存PDB结构,节省本地存储

2021-10-10 22:08 by 丨o聽乄雨o丨, 21 阅读, 0 推荐, 收藏, 编辑
摘要:二进制silent文件是一种专有的Rosetta格式,它比PDB文件紧凑得多,可以存储任意数量的结构,避免了许多文件系统上的磁盘空间和文件数量限制。 一、只需要在输出时加一个flag就可以生成silent格式输出。 flag如下: 1 -out:file:silent scoring.silent 阅读全文

alphafold2的几项便利性修改。

2021-08-31 16:34 by 丨o聽乄雨o丨, 81 阅读, 0 推荐, 收藏, 编辑
摘要:#Run alphafold2 # conda activate af2 # run_alphafold.py --fasta_paths=Test.fasta --max_template_date=2020-05-14 # run_alphafold.py --fasta_paths=N7.fa 阅读全文

ctrl+z挂起命令后的操作

2021-08-05 22:49 by 丨o聽乄雨o丨, 63 阅读, 0 推荐, 收藏, 编辑
摘要:(1) CTRL+Z挂起进程并放入后台(2) jobs 显示当前暂停的进程(3) bg %N 使第N个任务在后台运行(%前有空格)(4) fg %N 使第N个任务在前台运行 默认bg,fg不带%N时表示对最后一个进程操作! 阅读全文

centos8/7 非root安装gcc8.4.0, 解决gcc版本过低及libgfortran.so.5缺失问题

2021-07-29 19:57 by 丨o聽乄雨o丨, 387 阅读, 0 推荐, 收藏, 编辑
摘要:在非root环境下安装gcc-8.4.0,可以解决redhat/centos gcc版本过低导致的软件编译错误的问题。gcc-8.4.0需要一系列的依赖包。 1.下载依赖包: gmp-6.2.0, mpfr-4.1.0, mpc-1.2.0, isl-0.18 可以从以下链接中下载 http://m 阅读全文

bash 字符串切割

2021-07-25 20:09 by 丨o聽乄雨o丨, 40 阅读, 0 推荐, 收藏, 编辑
摘要:详细见列表: 格式说明 ${string: start :length} 从 string 字符串的左边第 start 个字符开始,向右截取 length 个字符。 ${string: start} 从 string 字符串的左边第 start 个字符开始截取,直到最后。 ${string: 0-s 阅读全文