rosetta geometric constraint file（用于match和design）
2018-08-12 17:29 丨o聽乄雨o丨 阅读(1289) 评论(0) 编辑 收藏 举报cst(constraint file)文件示例：
CST::BEGIN TEMPLATE:: ATOM_MAP: 1 atom_name: C6 O4 O2 TEMPLATE:: ATOM_MAP: 1 residue3: D2N TEMPLATE:: ATOM_MAP: 2 atom_type: Nhis, TEMPLATE:: ATOM_MAP: 2 residue1: H CONSTRAINT:: distanceAB: 2.00 0.30 100.00 1 0 CONSTRAINT:: angle_A: 105.10 6.00 100.00 360.00 1 CONSTRAINT:: angle_B: 116.90 5.00 50.00 360.00 1 CONSTRAINT:: torsion_A: 105.00 10.00 50.00 360.00 2 CONSTRAINT:: torsion_B: 180.00 10.00 25.00 180.00 4 CONSTRAINT:: torsion_AB: 0.00 45.00 0.00 180.00 5 CST::END
上述是一个经典的cst文件的示例，res1为三字符的D2N，res2为单字符的氨基酸缩写H（HIS）。
1. cst文件以CST::BEGIN开始，以CST::END结束；
2. TEMPLATE:: ATOM_MAP: 记录什么原子被限制及残基名称，后面只能跟1或者2，代表限制的双方，"atom_name"代表三个被限制原子，本示例中，atom1为C6，atom2为O4，atom3为O2，"atom_type"代表限制的原子类型，因为不同氨基酸可能有相同的原子类型，所以"atom_type"比"atom_name"使用更加灵活，本例中为Nhis，具体第一二三个原子可见rosetta对原子类型的规定（.param文件ICOOR）；
3. residue3指的是输入三字符残基名称，residue1指的是输入单字符残基名称（氨基酸单字符缩写）；
4. CONSTRAINT:: 代表具体限制类型，共分为distanceAB, angle_A, angle_B, torsion_A, torsion_B, torsion_AB五项，具体计算方法为：
distanceAB Res1:Atom1 - Res2:Atom1 angle_A Res1:Atom2 - Res1:Atom1 - Res2:Atom1 angle_B Res1:Atom1 - Res2:Atom1 - Res2:Atom2 torsion_A Res1:Atom3 - Res1:Atom2 - Res1:Atom1 - Res2:Atom1 torsion_B Res1:Atom1 - Res2:Atom1 - Res2:Atom2 - Res2:Atom3 torsion_AB Res1:Atom2 - Res1:Atom1 - Res2:Atom1 - Res2:Atom2
最后五列数字代表的含义：
distanceAB 距离x0 公差xtol 力常数k 价键 无意义
angle_A 角度x0 公差xtol 力常数k 周期 取样点数
angle_A 角度x0 公差xtol 力常数k 周期 取样点数
torsion_A 二面角x0 公差xtol 力常数k 周期 取样点数
torsion_B 二面角x0 公差xtol 力常数k 周期 取样点数
torsion_AB 二面角x0 公差xtol 力常数k 周期 取样点数
其中，公差指的就是允许的范围，例如距离x0-xtol < x < x0+xtol；力常数指的是0 if |x - x0| < xtol and k * ( |x - x0| - xtol ) otherwise，此项仅用于endes，当k为0时，是最为宽松的限制模式；价键指的是共价键为1，非共价键0，共价键时不计算vdw；周期，当x0为120，周期为360时，x即为120，周期为180时，x为120，300，周期为120时，x为120，240，360；取样点数指的是在x0-xtol到x0+xtol之间取样的点数，例如angle_A，x0为105.1，xtol为6，取样点为1，即99.10, 105.10和111.10，又如torsion_A，取样点数为3，即95, 100, 105, 110和115，总取样数位2n+1，取样点数仅用于match。
