生物信息与育种

摘要： 已知KEGG数据库中ko_map.tab文件，K——>ko： 目标文件：map——>K 代码示例： #! /usr/bin/perl -w use strict; my %seq; open IN, "ko_map.tab" or die $!; while(<IN>){ chomp; my ($k 阅读全文

摘要： 一般而言，我们修改ggplot2图例标题，常用以下三种方法： + guides(fill=guide_legend(title="New Legend Title")) + labs(fill="New Legend Title") + guides(fill=guide_legend(title= 阅读全文

摘要： 初始数据类似： 蛋白质组数据虽不是严格的正态分布，但目前最常用的检验方法还是T检验（两组比较）和方差分析（多组比较）。这个话题值得深究，这里不展开。 主要是求多个蛋白的Pvalue值或FDR，用于差异筛选。 Pvalue <- c() type<-factor(c(rep("S01CC",3),re 阅读全文

摘要： 初始数据类似如下： 填充下缺失值 data[data==0] <- NA data[is.na(data)] <- min(data,na.rm = T)*0.01 pheatmap(log10(data)) pheatmap(data,scale = "row") 直接取log绘制不报错，但做sc 阅读全文

摘要： 1.皮肤 shinydashboard有很多颜色主题和外观的设置。默认为蓝色，可指定黑丝、紫色、绿色、红色和黄色，如dashboardPage(skin = "black")。 个人认为还是蓝色显得稳重一点。 2.注销面板 当使用Shiny Server Pro运行Shinydashboard应用程 阅读全文

摘要： 1.Shiny和HTML Shiny UI的构建方式和网页HTML的对应关系。 div(class = "my-class", "Div content") 对应 <div class="my-class">Div content</div> div(class = "my-class", p("P 阅读全文

摘要： shiny和shinydashboard使用虽然简单，但控件众多，需及时总结归纳。 install.packages("shinydashboard") shinydashboard的UI包括三部分结构：头header，侧边栏siderbar和主体body: ## ui.R ## library(s 阅读全文

摘要： 目的 走一遍R包开发过程，并发布到Github上使用。 步骤 1. 创建R包框架 创建完成后，在R包文件夹下有如下文件（夹）： man： 存放 文件 R： 存放R脚本 DESCRIPTION： R包描述信息 NAMESPACE： 命令空间 rmytools.Rproj： R工程文件 2. 自定义R包 阅读全文

摘要： 列表解析式的好处： 代码简洁 可读性强 运行快 示例 来自《Python编程》中的一个例子：同时投掷两颗面数不同的骰子（如一个6面的D6和一个10面的D10）n次，统计两个骰子点数之和，并用Pygal绘制bar图，进行交互可视化。 不用列表解析 对以上循环都改用列表解析 可视化结果 阅读全文

摘要： 全基因组选择（Genomic selection, GS）是一种利用覆盖全基因组的高密度标记进行选择育种的新方法，可通过早期选择缩短世代间隔，提高育种值（Genomic Estimated Breeding Value, GEBV）估计准确性等加快遗传进展，尤其对低遗传力、难测定的复杂性状具有较好的 阅读全文