生物信息与育种

摘要： 一、来源 2015年发表的两篇红小豆文章。 研究一：Draft genome sequence of adzuki bean, Vigna angularis Kang, Y., Satyawan, D., Shim, S. et al. Draft genome sequence of adzuk 阅读全文

摘要： 来源 Kang, Y., Kim, S., Kim, M. et al. Genome sequence of mungbean and insights into evolution within Vigna species. Nat Commun 5, 5443 (2014). https:// 阅读全文

摘要： quota -uvs 阅读全文

摘要： 问题 原问题来自：How to calculate overlapping genes between two genome annotation versions？ 其实可分为两个问题： 一是我组装了一个新的基因组，做了多个注释版本，如何比较它们的feature？比如gene 二是我组装了一个新的 阅读全文

摘要： 基因组长度 利用seqkit统计长度 seqkit stat test.fa 结果如下： file format type num_seqs sum_len min_len avg_len max_len test.fa FASTA DNA 149 396,098,845 10,246 2,658, 阅读全文

摘要： 1. FastqCount简介 快速实用小工具：FastqCount https://github.com/zhimenggan/FastqCount 统计指标包括： Total Reads Total Bases N Bases Q20 Q30 GC 2. 使用 压缩文件可搭配pigz使用更香。 阅读全文

摘要： 记录下braker2的使用要点，以备忘记。 流程使用 braker2有很多流程，根据你的数据：组装的基因组、转录组、蛋白（同源，包括近缘或远缘）选择不同流程，官网有说明： https://github.com/Gaius-Augustus/BRAKER 现在的动植物组装，大多数都含有以上三类数据吧， 阅读全文

摘要： samtools用conda安装后，总是出现共享库缺失的报错。即便你刚安装samtools时可以用，但后面在同一环境中安装其他相关软件，有可能产生了冲突，导致库替换，因而报错。 避免这种情况，可能最好是给samtools单独一个环境。但我不喜欢这样，我的习惯是一般做一件事才建一个环境，不然环境太多了 阅读全文

摘要： 之前最多只做过两类单水平的分面，即两两组合的面板图。如果某类超过两个水平呢？ 一类的分面：facet_wrap(~ align) 两类的分面（x轴和y轴）：facet_grid(align ~ gender) 如果某类超过两水平，如何实现？ 很简单：facet_wrap(~ align + gend 阅读全文

摘要： 前言 通常我们用rbind和cbind合并相同行列的数据框。当两个数据框具有不同行列数目时，直接用会报错。 > df1 <- data.frame(a = c(1:5), c = c(6:10));df1 a c 1 1 6 2 2 7 3 3 8 4 4 9 5 5 10 > df2 <- dat 阅读全文