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分享来自香港中文大学的钟博子韬的报告，兼具专业性和科普性，并引发一些思考，值得推荐。 Evo系列模型是由Arc Institute的Brian Hie, Patrick Hsu等人开发的生物学基础模型。Evo模型基于全新的、不同于Transformer的大模型架构，实现了对基因组的高效建模，并设计了 阅读全文
posted @ 2025-04-23 22:45
生物信息与育种
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摘要：
2016年，黄学辉加入上海师范大学生命科学学院，从头组建植物数量遗传学团队。他在脑海中开始构思一张“图纸”，去解决水稻不同性状受哪些基因调控这一基础遗传学问题。此后8年，黄学辉带领团队利用全球范围内的代表性水稻品种，构建了大规模的水稻混血儿群体并挖掘了水稻优良基因。为水稻遗传研究提供了重要材料和数据 阅读全文
posted @ 2025-04-23 22:44
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体验了下智谱清言最近推出的AutoGLM沉思，我简单沉思了几点： Coze和Dify之类工作流编排“初代”Agent恐被淘汰； 真正干活的Agent（如Deep Research、Manus、AutoGLM等）初具雏形； 可以干活，但不能干出好活； 大模型是Agent的基础，幻觉问题仍然是主要限制因 阅读全文
posted @ 2025-04-23 22:43
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高通量表型组和基因组的关联，这种学科交叉性的研究是比较好出文章的，比如华农杨万能老师等早就在水稻发表过类似，但这涉及到不同课题组的联合研究，毕竟术业有专攻，各有所长。 今天分享一篇来自Plant Phenomics的棉花研究。 棉花作为全球最重要的天然纤维作物之一，其重要农艺性状的功能基因组研究 阅读全文
posted @ 2025-04-23 22:41
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本文记录MIT公开课"Machine Learning in Computational Biology 2024 (MLCB24)"第十二讲：DNA大语言模型。 关注公众号，后台回复“DNALLM”可获取本课程PPT和讲义！ 授课教授介绍： Eric Alm 是MIT生物工程教授 / Broad 阅读全文
posted @ 2025-04-23 22:40
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植物界中存在超过二十万种代谢物，这些化合物不仅对植物的生长发育和抗逆抗病具有重要作用，还蕴含着丰富的营养与药用价值。得益于色谱、质谱技术及代谢组学分析策略的发展，目前已有能力同时检测数千种植物代谢物。然而，传统基于色谱-质谱联用的检测方法存在样品制备繁琐、耗时长、成本高等局限性，严重制约了代谢组学技 阅读全文
posted @ 2025-04-23 22:40
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近几年，深度学习让人工智能的能力突飞猛进，不仅在自然语言处理（NLP） 领域大放异彩，也开始在生命科学领域展现出惊人的潜力。来自多伦多大学、Helmholtz慕尼黑研究所、加州大学旧金山分校等多家顶级科研机构的研究团队，在_Nature Machine Intelligence_期刊上发表了一篇重磅 阅读全文
posted @ 2025-04-23 22:39
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2025年3月7日，山东农业大学、中国农业科学院作物科学研究所小麦品质研究与新品种选育团队与CIMMYT合作，在《Molecular Plant》发表题为“Mobilizing Triticeae diversity from Genebanks to farmer’s field”的短评，系统总结 阅读全文
posted @ 2025-04-23 22:37
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2025年3月25日，爱思唯尔 (Elsevier) 重磅发布2024“中国高被引学者”(Highly Cited Chinese Researchers) 榜单。此榜单以全球权威的引文与索引数据库Scopus作为中国学者科研成果的统计来源，采用上海软科教育信息咨询有限公司开发的方法，至2025年， 阅读全文
posted @ 2025-04-23 22:36
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近日，华南农业大学作为国内唯一通讯单位的国际大科学计划FarmGTEx(农业动物基因型-组织表达项目，The Farm Animal Genotype-Tissue Expression Project)白皮书以Perspective文章的形式在Nature Genetics发表。 FarmGTEx 阅读全文
posted @ 2025-04-23 22:35
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近期这类综述非常之多，大同小异，记录之，也许会用到图表。 这篇论文的目的是对大型语言模型（LLMs）在生物信息学领域的应用进行系统综述，尤其是在基因组序列建模、RNA结构预测、蛋白质功能推断和单细胞转录组学等方面。随着生物信息学的快速发展，LLMs在处理DNA、RNA和蛋白质等复杂生物数据方面已显示 阅读全文
posted @ 2025-04-23 22:34
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随着全球人口的持续增长和人们生活水平的提高，对农产品的需求在数量和质量上都提出了更高要求。与此同时，传统农业面临着诸多困境，如资源利用效率低下、生态环境压力增大、农产品质量参差不齐等问题日益凸显。此外，气候变化带来的极端天气频繁出现，也给农业生产带来了极大的不确定性。 在这样的大背景下，农业4.0应 阅读全文
posted @ 2025-04-23 22:33
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摘要：
在生物信息学领域，随着生物数据的爆炸性增长，分析流程的复杂性也在不断增加。传统的生物信息学工具和流程往往依赖于大量的手动操作，这不仅效率低下，而且难以扩展。近年来，基于大型语言模型（LLM）的智能代理技术为自动化生物信息学分析带来了新的希望。然而，现有的自动化系统在处理复杂、多步骤的工作流程时仍面临 阅读全文
posted @ 2025-04-23 22:31
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摘要：
随着大语言模型（LLMs）技术的飞速发展，其在自然语言处理（NLP）领域的成功应用逐渐扩展到了生物信息学领域。生物信息学作为一个跨学科的领域，涉及基因组学、蛋白质组学、药物发现等多个方向，LLMs的引入为这些领域带来了新的研究工具和方法。 2025年1月，佐治亚大学Tianming Liu和德克萨斯 阅读全文
posted @ 2025-04-23 22:30
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今年的中科院分区表出来了，生物信息学相关的期刊又是一落千丈，一降再降，惨不忍睹！ 经典期刊Bioinformatics，中科院三区，小类三区。 Briefings in Bioinformatics，中科院二区非top，小类一区。 PLOS Computational Biology，中科院二区。 阅读全文
posted @ 2025-04-23 22:29
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摘要：
很多学术研究的数据上传到Figshare和Zenodo数据库中，在国内从这些网站下载数据速度很慢且经常掉线。一般来说，超过100Mb的文件登梯子很难下载下来。 我尝试利用Google云（https://drive.google.com/drive）的Colab下载到云盘，再下载到本地，曲线救国，特记 阅读全文
posted @ 2025-04-23 22:27
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摘要：
随着高通量测序技术的快速发展，越来越多的物种开展基因组组装、注释以及比较基因组学研究。尽管已有各类工具可以分别处理这些步骤，但用户对能够整合这些不同工具的需求日益增加。在此，我们介绍JCVI库，这是一个功能多样的基于Python的库，其模块化设计能够处理格式解析、图形生成、基因组挂载和植物表型提取等 阅读全文
posted @ 2025-04-23 22:26
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文章标题 SPDC-HG: An accelerator of genomic hybrid breeding in maize 背景 玉米是全球最重要的粮食、饲料和生物能源作物之一，杂交育种是提高玉米产量潜力的最有效策略。自20世纪60年代以来，通过不同杂种优势群（heterotic groups 阅读全文
posted @ 2025-04-23 22:25
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摘要 近年来，人工智能在农业领域的应用取得了显著进展，但仍面临模型数据收集标记困难、模型泛化能力弱等挑战。大模型技术作为人工智能领域新的热点技术，已在多个行业的垂直领域中展现出了良好性能，尤其在复杂关联表示、模型泛化、多模态信息处理等方面较传统机器学习方法有着较大优势。本文首先阐述了大模型的基本概念 阅读全文
posted @ 2025-04-23 22:24
生物信息与育种
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摘要：
最近的进展证明了大型语言模型 (LLM) 在利用核苷酸信息解决生物学问题方面的能力。人们对探索 LLM 与基因组研究之间的潜在协同作用的兴趣日益浓厚。2025年2月，Genomics Communications 在线发表了中国农业科学院深圳农业基因组研究所赵程研究员团队题为 Large langu 阅读全文
posted @ 2025-04-23 22:23
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摘要：
介绍近期ICRISAT发表的一篇关于复杂植物泛基因组研究的综述：Developing pangenomes for large and complex plant genomes and their representation formats。这篇文章主要探讨了植物泛基因组（pangenome）的 阅读全文
posted @ 2025-04-23 22:22
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摘要：
过去十年间，得益于癌症基因组图谱（TCGA）和癌细胞系百科全书（CCLE）等计划的推动，癌症组学取得显著发展，特别是在肿瘤DNA和RNA层面，并生成了大量数据；但目前人们对肿瘤中蛋白质翻译及翻译后修饰（PTM）相关知识仍有待完善。反相蛋白质微阵列（RPPA）技术可对癌症样本进行大规模功能蛋白质组学数 阅读全文
posted @ 2025-04-23 22:21
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posted @ 2025-04-23 22:20
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背景 2025年3月6日，中国农业科学院作物科学研究所作物智能设计算法模型创新研究组成功研发了一套自动化机器学习框架，通过将气象环境大数据与基因组信息深度融合，实现了作物精准遗传分析与基因组预测，为作物智能设计育种提供有效工具。相关研究成果发表在《Advanced Science》上。 本文研究的核 阅读全文
posted @ 2025-04-23 22:18
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摘要：
2025年1月30日，Science发表文章Learning the language of life with AI。文章主要讲述了人工智能通过构建生命大语言模型（LLLM）破解了从蛋白质折叠到基因调控、细胞运作的多维度生命密码，正在将生物学从观察科学转化为可设计、可编程的工程科学，开启生物医学研 阅读全文
posted @ 2025-04-23 22:17
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摘要：
2025年01 月25 日，中南大学王建新等（团队详情在文末）在《 National Science Review》期刊上发表了一篇题为“Foundation models in bioinformatics”的研究论文，其中指出随着基础模型（FMs）的采用，人工智能（AI）在生物信息学中的重要性日 阅读全文
posted @ 2025-04-23 22:10
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摘要：
背景 玉米（Zea mays L.）是全球三大主要粮食作物之一，其产量的提升主要归功于杂种优势。传统的玉米杂交种选育依赖于多环境测试和育种者的经验，这种方法耗时且成本高昂。随着全球气候的变化，开发适应不同环境的高产玉米种质变得尤为重要。基因组选择（Genomic Selection, GS）作为一种 阅读全文
posted @ 2025-04-23 22:09
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摘要：
葡萄（Vitis）在全球范围种植广泛，即可鲜食又可加工成葡萄酒等，具有很高的经济价值，是农民致富、乡村振兴、人民美好生活中不可或缺的重要园艺作物。葡萄属于葡萄科葡萄属植物，该属包括两个亚属，麝香葡萄亚属(Muscadinia Planch)和真葡萄亚属(Euvitis Planch），共计70余个种 阅读全文
posted @ 2025-04-23 22:08
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摘要：
各位老师好，我是顶天立地组的贺岩，小组内其他13位组员分别为马兴林、钟舒阳、陈红敏、贺岩、刘霞、谢传晓、薛吉全、宋锡章、李晓辉、宋印明、高俊岭、樊智翔、蒋才富和田志国老师，马兴林博士为本组组长。这次我浅谈一下本人课题组在建立全基因组选择育种体系过程中的几点体会。 全基因组选择（Genomic Sel 阅读全文
posted @ 2025-04-23 22:07
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摘要：
近期，意大利理工学院的研究团队在预印版上发表论文：GeNePi: a GPU-enhanced Next Generation Bioinformatics Pipeline for Whole Genome Sequencing Analysis，介绍了用于全基因组测序分析的GPU加速下一代生物信 阅读全文
posted @ 2025-04-23 22:05
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摘要：
近日，中国农业科学院深圳农业基因组研究所刘毓文课题组与广西大学赵云翔课题组合作，在基因组育种共性技术领域取得了重要创新性突破。相关研究成果以《DPImpute: A Genotype Imputation Framework for Ultra-low Coverage Whole-genome S 阅读全文
posted @ 2025-04-23 22:05
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摘要：
2025年1月28日，海南大学南繁学院夏志强团队与桂林市农业科学研究中心联合在《Agronomy》发表研究：Assessment of the Prediction Accuracy of Genomic Selection for Rice Amylose Content and Gel Cons 阅读全文
posted @ 2025-04-23 22:04
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摘要：
基因组选择（Genomic Selection, GS）是一种新兴的植物育种策略，通过高密度分子标记预测目标性状的育种值，从而加速育种进程并降低成本。然而，传统方法在预测复杂性状时存在局限性，因为它们无法充分反映基因型与表型之间复杂的非线性关系。近年来，深度学习（Deep Learning, DL） 阅读全文
posted @ 2025-04-23 22:02
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摘要：
点击蓝字 关注我们 大豆作为全球食品安全的重要基础，是人类日常生活中高质量植物蛋白质和油脂的重要来源。大豆种质资源丰富，蕴含着宝贵的遗传资源，为育种提供了巨大潜力。多组学技术的发展极大推动了大豆遗传资源的发掘，为精准育种和品种改良提供了强有力支持。 2025年2月19日，Journal of Gen 阅读全文
posted @ 2025-04-23 22:01
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摘要：
生物学大模型Evo最近完成重大升级，迎来新的里程碑Evo2！ 育种的本质是优异等位基因的聚合，若DNA可以自由合成和设计，分子育种岂不是分分钟的事情。医疗保健和药物研发受到各种伦理限制，作物育种相对而言宽松很多，随你怎么玩（至少在实验室是的，监管应该跟上）。这应该才是所谓真正的分子设计育种吧。 20 阅读全文
posted @ 2025-04-23 22:00
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摘要：
最近很多高校都部署了DeepSeek，大多是原版接入，而且只是针对校内或联盟用户。只能说明几点：一是高校不缺钱；二是算力资源大量闲置；三是纳税人没资格，社畜永远是社畜。 据报道，广西大学亚热带农业生物资源保护与利用国家重点实验室（以下简称“国重室”）与农学院、计算机学院联合部署了本地智慧农业大模型平 阅读全文
posted @ 2025-04-23 21:59
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摘要：
我试过一些构建知识库的常用方法（如cherry、anythingllm、dify、coze、ragflow等），但是最近我深深爱上了腾讯推出的ima.copilot，可以说个人知识库构建，ima+deepseek简直无敌。 使用非常简单，只要你感兴趣，零门槛上手。所以，基础的东西我觉得没什么可说的。 阅读全文
posted @ 2025-04-23 21:56
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摘要：
英国詹姆斯·赫顿研究所（James Hutton Institute）Robbie Waugh教授领衔，张润烜博士、过文彬博士团队联合包括澳大利亚默多克大学李承道教授团队、浙江大学张国平教授团队等多家国际研究机构，在Nature Genetics发表了题为_A barley pan-transcri 阅读全文
posted @ 2025-04-23 21:53
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摘要：
分享几个DeepSeek的使用指南文件。 一是由清华大学新闻与传播学院的余梦珑博士分享的《DeepSeek从入门到精通》（完整104页PPT）。 第二个是中央民族大学新闻与传播学院分享的《DeepSeek如何赋能职场应用？——从提示语技巧到多场景应用》（35页PPT）。 第三个是天津大学自然语言处理 阅读全文
posted @ 2025-04-23 21:52
生物信息与育种
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摘要：
在生物信息学领域，数据分析的复杂性和数据量的爆炸式增长，使得搭建自动化分析流程成为刚需。然而，面对众多的工作流管理工具（如 Snakemake、Nextflow、Cromwell/WDL、Galaxy 等），你可能会陷入选择困难症：“到底该用哪个？” 别急！今天我们就来聊聊这些工具的特点，并帮你找到 阅读全文
posted @ 2025-04-23 21:51
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摘要：
据最新数据显示，2023年全球种子市场规模飙升至540亿美元（约合人民币3870亿元），较1996年激增3.5倍，但相比于其他行业来说，这个市场规模实在说不上很大。这二十多年来的增长主要来自转基因种子——虽然仅占全球耕地面积的18%，却贡献了近半市场份额。 种子号称是农业的“芯片”，但整个行业的重要 阅读全文
posted @ 2025-04-23 21:50
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摘要：
全国智慧农业行动计划 (2024—2028年) 为贯彻落实党中央、国务院关于发展智慧农业的决策部署,进一步推动《农业农村部关于大力发展智慧农业的指导意见》落地落实,加快智慧农业技术装备推广应用,制定本行动计划。 一、总体要求 基本思路。聚焦智慧农业发展的重点领域和关键环节,瞄准农业农村生产管理面临的 阅读全文
posted @ 2025-04-23 21:50
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摘要：
建设农业强国，利器在科技。当前，以生物技术和信息技术为特征的新一轮农业科技革命正在孕育大的突破，农业科研范式发生深刻变革，学科交叉融合不断发展，基因编辑、合成生物、人工智能等新兴技术持续迭代，引领世界农业科技前沿走向，促进农业产业链供应链加速重构。为增强我国农业产业竞争力，培育发展农业新质生产力，要 阅读全文
posted @ 2025-04-23 21:49
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摘要：
▼ 大豆品种的快速精准分类对质量控制和农业生产具有重要意义。基于高光谱成像的深度学习模型能够有效的对大豆种子进行品种分类，但是当前的种子品种分类深度学习模型未能有效结合局部与全局空间特征，且对小样本数据的适应能力较弱，限制了其实用性。 近日，黑龙江大学联合中国农业科学院作物科学研究所在The Cro 阅读全文
posted @ 2025-04-23 21:47
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摘要：
近期，Molecular Plant杂志发表了玉米、小麦、大豆、棉花、大麦、苜蓿等六大作物的研究综述以及未来（2035）育种展望。 （公众号后台回复：作物2035，领取pdf文献。） 小编利用阿里云百炼平台的Qwen-Long（长下文模型，需要付费哦，测试的话100万token免费试下），基于上述p 阅读全文
posted @ 2025-04-23 21:45
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摘要：
近期，在彭博社主办的"从土地到芯片：尖端科技如何孕育可持续农业未来"（From Soil to Silicon: How Advanced Technologies are Cultivating the Future of Sustainable Ag）专题研讨会上，先正达集团首席执行官洛文杰（J 阅读全文
posted @ 2025-04-23 21:44
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摘要：
最近读到的马铃薯相关的研究和文章越来越多了。当然，黄院士的“优薯计划”影响力功不可没。 （点击下方各标题链接，详细阅读） PBJ | 利用PanTools构建马铃薯单倍体泛基因组 2025年1月5日，荷兰瓦赫宁根大学科研人员在PBJ在线发表“Exploring intra- and intergen 阅读全文
posted @ 2025-04-23 21:42
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摘要：
京城西郊的试验田里，原该生着抗锈病的小麦，如今倒长满了《行测真题》。农学馆的玻璃温室中，无土栽培的竟不是番茄苗，而是摞成山的申论范文——这新物种无需光合作用，单靠熬夜时眼眶里熬出的血丝便能疯长。 生物系的显微镜近来总蒙着灰，倒不是经费短缺，是看切片的后生们都改看《职级晋升表》了。那载玻片上的纹路，左 阅读全文
posted @ 2025-04-23 21:41
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Abstract 摘 要 2025年1月28日，华中农业大学玉米团队在Molecular Plant上发表了题为“GEFormer: a Genomic Prediction Method of Genotype-Environment Interaction in Maize by Integra 阅读全文
posted @ 2025-04-23 21:39
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摘要：
▼ 计算机仿真模拟能够有效地利用育种大数据以及大量的遗传信息，在育种家开展田间试验之前对育种程序中的各种因素进行模拟筛选和优化，提出最佳的亲本组配方案和后代选择方法，提高育种过程中的预见性。模拟预测既是科学研究的重要手段，也是科学化预测和决策的重要方法，而仿真模拟计算机工具研发则是开展育种模拟和预测 阅读全文
posted @ 2025-04-23 21:36
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