摘要：
分享来自香港中文大学的钟博子韬的报告，兼具专业性和科普性，并引发一些思考，值得推荐。 Evo系列模型是由Arc Institute的Brian Hie, Patrick Hsu等人开发的生物学基础模型。Evo模型基于全新的、不同于Transformer的大模型架构，实现了对基因组的高效建模，并设计了 阅读全文
posted @ 2025-04-23 22:45
生物信息与育种
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摘要：
2016年，黄学辉加入上海师范大学生命科学学院，从头组建植物数量遗传学团队。他在脑海中开始构思一张“图纸”，去解决水稻不同性状受哪些基因调控这一基础遗传学问题。此后8年，黄学辉带领团队利用全球范围内的代表性水稻品种，构建了大规模的水稻混血儿群体并挖掘了水稻优良基因。为水稻遗传研究提供了重要材料和数据 阅读全文
posted @ 2025-04-23 22:44
生物信息与育种
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摘要：
体验了下智谱清言最近推出的AutoGLM沉思，我简单沉思了几点： Coze和Dify之类工作流编排“初代”Agent恐被淘汰； 真正干活的Agent（如Deep Research、Manus、AutoGLM等）初具雏形； 可以干活，但不能干出好活； 大模型是Agent的基础，幻觉问题仍然是主要限制因 阅读全文
posted @ 2025-04-23 22:43
生物信息与育种
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摘要：
高通量表型组和基因组的关联，这种学科交叉性的研究是比较好出文章的，比如华农杨万能老师等早就在水稻发表过类似，但这涉及到不同课题组的联合研究，毕竟术业有专攻，各有所长。 今天分享一篇来自Plant Phenomics的棉花研究。 棉花作为全球最重要的天然纤维作物之一，其重要农艺性状的功能基因组研究 阅读全文
posted @ 2025-04-23 22:41
生物信息与育种
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本文记录MIT公开课"Machine Learning in Computational Biology 2024 (MLCB24)"第十二讲：DNA大语言模型。 关注公众号，后台回复“DNALLM”可获取本课程PPT和讲义！ 授课教授介绍： Eric Alm 是MIT生物工程教授 / Broad 阅读全文
posted @ 2025-04-23 22:40
生物信息与育种
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植物界中存在超过二十万种代谢物，这些化合物不仅对植物的生长发育和抗逆抗病具有重要作用，还蕴含着丰富的营养与药用价值。得益于色谱、质谱技术及代谢组学分析策略的发展，目前已有能力同时检测数千种植物代谢物。然而，传统基于色谱-质谱联用的检测方法存在样品制备繁琐、耗时长、成本高等局限性，严重制约了代谢组学技 阅读全文
posted @ 2025-04-23 22:40
生物信息与育种
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近几年，深度学习让人工智能的能力突飞猛进，不仅在自然语言处理（NLP） 领域大放异彩，也开始在生命科学领域展现出惊人的潜力。来自多伦多大学、Helmholtz慕尼黑研究所、加州大学旧金山分校等多家顶级科研机构的研究团队，在_Nature Machine Intelligence_期刊上发表了一篇重磅 阅读全文
posted @ 2025-04-23 22:39
生物信息与育种
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2025年3月7日，山东农业大学、中国农业科学院作物科学研究所小麦品质研究与新品种选育团队与CIMMYT合作，在《Molecular Plant》发表题为“Mobilizing Triticeae diversity from Genebanks to farmer’s field”的短评，系统总结 阅读全文
posted @ 2025-04-23 22:37
生物信息与育种
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2025年3月25日，爱思唯尔 (Elsevier) 重磅发布2024“中国高被引学者”(Highly Cited Chinese Researchers) 榜单。此榜单以全球权威的引文与索引数据库Scopus作为中国学者科研成果的统计来源，采用上海软科教育信息咨询有限公司开发的方法，至2025年， 阅读全文
posted @ 2025-04-23 22:36
生物信息与育种
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近日，华南农业大学作为国内唯一通讯单位的国际大科学计划FarmGTEx(农业动物基因型-组织表达项目，The Farm Animal Genotype-Tissue Expression Project)白皮书以Perspective文章的形式在Nature Genetics发表。 FarmGTEx 阅读全文
posted @ 2025-04-23 22:35
生物信息与育种
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近期这类综述非常之多，大同小异，记录之，也许会用到图表。 这篇论文的目的是对大型语言模型（LLMs）在生物信息学领域的应用进行系统综述，尤其是在基因组序列建模、RNA结构预测、蛋白质功能推断和单细胞转录组学等方面。随着生物信息学的快速发展，LLMs在处理DNA、RNA和蛋白质等复杂生物数据方面已显示 阅读全文
posted @ 2025-04-23 22:34
生物信息与育种
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随着全球人口的持续增长和人们生活水平的提高，对农产品的需求在数量和质量上都提出了更高要求。与此同时，传统农业面临着诸多困境，如资源利用效率低下、生态环境压力增大、农产品质量参差不齐等问题日益凸显。此外，气候变化带来的极端天气频繁出现，也给农业生产带来了极大的不确定性。 在这样的大背景下，农业4.0应 阅读全文
posted @ 2025-04-23 22:33
生物信息与育种
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在生物信息学领域，随着生物数据的爆炸性增长，分析流程的复杂性也在不断增加。传统的生物信息学工具和流程往往依赖于大量的手动操作，这不仅效率低下，而且难以扩展。近年来，基于大型语言模型（LLM）的智能代理技术为自动化生物信息学分析带来了新的希望。然而，现有的自动化系统在处理复杂、多步骤的工作流程时仍面临 阅读全文
posted @ 2025-04-23 22:31
生物信息与育种
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随着大语言模型（LLMs）技术的飞速发展，其在自然语言处理（NLP）领域的成功应用逐渐扩展到了生物信息学领域。生物信息学作为一个跨学科的领域，涉及基因组学、蛋白质组学、药物发现等多个方向，LLMs的引入为这些领域带来了新的研究工具和方法。 2025年1月，佐治亚大学Tianming Liu和德克萨斯 阅读全文
posted @ 2025-04-23 22:30
生物信息与育种
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今年的中科院分区表出来了，生物信息学相关的期刊又是一落千丈，一降再降，惨不忍睹！ 经典期刊Bioinformatics，中科院三区，小类三区。 Briefings in Bioinformatics，中科院二区非top，小类一区。 PLOS Computational Biology，中科院二区。 阅读全文
posted @ 2025-04-23 22:29
生物信息与育种
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很多学术研究的数据上传到Figshare和Zenodo数据库中，在国内从这些网站下载数据速度很慢且经常掉线。一般来说，超过100Mb的文件登梯子很难下载下来。 我尝试利用Google云（https://drive.google.com/drive）的Colab下载到云盘，再下载到本地，曲线救国，特记 阅读全文
posted @ 2025-04-23 22:27
生物信息与育种
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随着高通量测序技术的快速发展，越来越多的物种开展基因组组装、注释以及比较基因组学研究。尽管已有各类工具可以分别处理这些步骤，但用户对能够整合这些不同工具的需求日益增加。在此，我们介绍JCVI库，这是一个功能多样的基于Python的库，其模块化设计能够处理格式解析、图形生成、基因组挂载和植物表型提取等 阅读全文
posted @ 2025-04-23 22:26
生物信息与育种
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文章标题 SPDC-HG: An accelerator of genomic hybrid breeding in maize 背景 玉米是全球最重要的粮食、饲料和生物能源作物之一，杂交育种是提高玉米产量潜力的最有效策略。自20世纪60年代以来，通过不同杂种优势群（heterotic groups 阅读全文
posted @ 2025-04-23 22:25
生物信息与育种
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摘要 近年来，人工智能在农业领域的应用取得了显著进展，但仍面临模型数据收集标记困难、模型泛化能力弱等挑战。大模型技术作为人工智能领域新的热点技术，已在多个行业的垂直领域中展现出了良好性能，尤其在复杂关联表示、模型泛化、多模态信息处理等方面较传统机器学习方法有着较大优势。本文首先阐述了大模型的基本概念 阅读全文
posted @ 2025-04-23 22:24
生物信息与育种
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最近的进展证明了大型语言模型 (LLM) 在利用核苷酸信息解决生物学问题方面的能力。人们对探索 LLM 与基因组研究之间的潜在协同作用的兴趣日益浓厚。2025年2月，Genomics Communications 在线发表了中国农业科学院深圳农业基因组研究所赵程研究员团队题为 Large langu 阅读全文
posted @ 2025-04-23 22:23
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