小鲨鱼2018

2025年12月1日

对g.vcf文件进行压缩，并构建索引

摘要： 001、对g.vcf文件进行压缩 step1：bgzip xx.g.vcf step2：tabix -p vcf xx.g.vcf.gz. 阅读全文

posted @ 2025-12-01 09:29 小鲨鱼2018 阅读(4) 评论(0) 推荐(0)

将SRA格式数据转换为fastq格式

摘要： 001、 fasterq-dump SRR33287869 -O ./fastq/ -e 2 阅读全文

posted @ 2025-12-01 09:28 小鲨鱼2018 阅读(26) 评论(0) 推荐(0)

2025年11月29日

利用短读长测序评估基因组组装的QV值

摘要： 001、对评估基因组生成yak yak count -K1.5g -t32 -o asm.yak GCA_022432835.1_ASM2243283v1_genomic.fna 002、对短读长数据生成yak yak count -b37 -t32 -o sr.yak <(zcat SRR171 阅读全文

posted @ 2025-11-29 12:09 小鲨鱼2018 阅读(13) 评论(0) 推荐(0)

基因组组装：Hifiasm 使用教程

摘要： https://developer.aliyun.com/article/1479835 阅读全文

posted @ 2025-11-29 10:27 小鲨鱼2018 阅读(8) 评论(0) 推荐(0)

2025年11月28日

R语言包的几种安装形式

摘要： 001、R语言自带的包 install.package("ggpplot2") 002、bioconductor if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocMan 阅读全文

posted @ 2025-11-28 18:54 小鲨鱼2018 阅读(13) 评论(0) 推荐(1)

2025年11月27日

minidot软件的安装

摘要： github地址：https://github.com/thackl/minidot 001、 git clone https://github.com/thackl/minidot.git 002、 cd minidot/bin/ ./minidot 。阅读全文

posted @ 2025-11-27 17:53 小鲨鱼2018 阅读(17) 评论(0) 推荐(0)

2025年11月26日

minimap2 + dotPlotly基因组共线性分析

摘要： 001、minimap2比对，生成paf格式数据 minimap2 -t 16 -x asm5 GCA_024222175.11_27.fna GCF_016772045.2_ARS-UI_Ramb1_27.fna > Romanov_vs_Ramb.paf 002、下载可视化工具：dotPlot 阅读全文

posted @ 2025-11-26 23:46 小鲨鱼2018 阅读(42) 评论(0) 推荐(0)

Linux 中awk NF去除空行

摘要： 001、 [root@PC1 test]# ls a.txt [root@PC1 test]# cat a.txt ## 测试数据 aaaaaa bbbbbb cccccc dddddd [root@PC1 test]# cat -A a.txt ## 包含多种形式的空行 aaaaaa$ bbbbb 阅读全文

posted @ 2025-11-26 16:03 小鲨鱼2018 阅读(14) 评论(0) 推荐(0)

Linux 中判断是否存在连续的空行

摘要： 001、 [root@PC1 test]# ls a.txt b.txt [root@PC1 test]# cat a.txt aaaaaa bbbbbb cccccc dddddd eeeeee ffffff gggggg [root@PC1 test]# awk 'NF==0{if(prev== 阅读全文

posted @ 2025-11-26 15:58 小鲨鱼2018 阅读(9) 评论(0) 推荐(0)

R语言中字符串处理函数sub

摘要： 001、 dat <- c("genome3_genomic.fna", "genome1_genomic.fna", "genome2_genomic.fna") ## 测试字符串 dat class(dat) dat sub("_genomic.fna", "", dat) ## 删除字符串向量阅读全文

posted @ 2025-11-26 15:32 小鲨鱼2018 阅读(8) 评论(0) 推荐(0)

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