2025年10月2日
重测序数据fastp数据质控及fastQC质量评估
摘要： 001、 fastp -i sample_name_1.fq.gz -o sample_name_qc_1P.fastq.gz -I sample_name_2.fq.gz -O sample_name_qc_2P.fastq.gz --thread 4 -g -q 20 -u 30 -l 150 阅读全文
posted @ 2025-10-02 18:26 小鲨鱼2018 阅读(12) 评论(0) 推荐(0)
使用kraken2 命令对重测序数据进行物种分类
摘要： 001、 ## step1: mkdir sheep_db ## 创建数据库目录 ## step2: download the taxonomy information kraken2-build --download-taxonomy --db sheep_db ## 下载物种分类信息 ## st 阅读全文
posted @ 2025-10-02 18:23 小鲨鱼2018 阅读(26) 评论(0) 推荐(0)
python脚本统计fastq数据的GC含量
摘要： 001、 (base) [b20223040323@admin1 test]$ ls SRR1770413_1.fastq test.py (base) [b20223040323@admin1 test]$ cat test.py ## 脚本 #!/usr/bin/env python # -*- 阅读全文
posted @ 2025-10-02 11:02 小鲨鱼2018 阅读(9) 评论(0) 推荐(0)