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摘要: 001、tr [root@PC1 test]# ls a.txt [root@PC1 test]# cat a.txt ## 测试文本 aa BB cc dd ee FF jj kk ll mm NN RR [root@PC1 test]# cat a.txt | tr 'a-z' 'A-Z' ## 阅读全文
posted @ 2025-08-28 14:48 小鲨鱼2018 阅读(11) 评论(0) 推荐(0)
摘要: megacc构建进化树infer_NJ_distances.mao文件的生成 001、打开mega,点击prototype,选择pairwise distance 002、 003、 004、 保存 。 ref: 01、https://www.omicsclass.com/article/568 阅读全文
posted @ 2025-08-26 11:58 小鲨鱼2018 阅读(14) 评论(0) 推荐(0)
摘要: Linux 中 基因组数据基于IBS矩阵构建邻接树 001、 plink计算ibs矩阵 plink --file outcome --distance 1-ibs flat-missing --out ibs 002、 转换为meg格式 echo -e '#Mega\n!ibsmat' | cat 阅读全文
posted @ 2025-08-26 11:15 小鲨鱼2018 阅读(7) 评论(0) 推荐(0)
摘要: centos7 中 普通用户megacc命令的安装 001、下载 官网:https://www.megasoftware.net/ 002、 依次点 003、依次点 004、使用以下命令安装 rpm2cpio megax-cc-10.2.6-1.x86_64.rpm | cpio -idmv 005 阅读全文
posted @ 2025-08-26 11:01 小鲨鱼2018 阅读(14) 评论(0) 推荐(0)
摘要: 001、 查看下系统 [liujiaxin01@PC1 test]$ cat /etc/redhat-release Rocky Linux release 9.4 (Blue Onyx) 002、测试是否具有sudo权限 [liujiaxin01@PC1 test]$ sudo -l [sudo] 阅读全文
posted @ 2025-08-26 10:48 小鲨鱼2018 阅读(19) 评论(0) 推荐(0)
摘要: 001、 将vcf数据转换为绘图格式,每个基因型转换为单个数值-1~2。 vcftools --vcf file.vcf --chr 1 --from-bp 40000 --to-bp 60000--012 --out chr12_region 002、绘图: dat <- read.table(" 阅读全文
posted @ 2025-08-12 22:50 小鲨鱼2018 阅读(25) 评论(0) 推荐(0)
摘要: 001、 dat <- data.frame(a = 1:4, b= 5:8, c = 11:14, d = 15:18, row.names = paste0("sample", 1:4)) dat ## 测试数据框 library(tibble) dat2 <- rownames_to_colu 阅读全文
posted @ 2025-08-12 21:35 小鲨鱼2018 阅读(14) 评论(0) 推荐(0)
摘要: 001、基础函数 dat <- data.frame(a = 1:4, b = letters[1:4]) ## 测试数据框 rownames(dat) <- paste0("sample",1:4) ## 命名行名 dat <- cbind(samples = rownames(dat), dat 阅读全文
posted @ 2025-08-12 20:01 小鲨鱼2018 阅读(36) 评论(0) 推荐(0)
摘要: 001、Linux中同时提取文件的前几行和最后几行 [root@PC1 test]# ls a.txt [root@PC1 test]# cat a.txt 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 [root@PC1 test]# cat a.txt | awk '{ay1[NR] = 阅读全文
posted @ 2025-08-12 17:31 小鲨鱼2018 阅读(11) 评论(0) 推荐(0)
摘要: 001、 [root@PC1 test]# ls a.txt [root@PC1 test]# cat a.txt ## 测试数据 01 02 03 04 05ab 06 07 08 09 10 11 12AB 13 14Ab 15 16 17 18 [root@PC1 test]# sed 's/ 阅读全文
posted @ 2025-08-08 16:46 小鲨鱼2018 阅读(23) 评论(0) 推荐(0)
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