2025年1月27日
Linux 中 如何将time命令输出的时间信息保存在文件中
摘要： 001、 通常做法 [root@localhost test]# time seq 10 > a.txt 2> xxx ## 完全追加至xxx real 0m0.002s user 0m0.000s sys 0m0.002s [root@localhost test]# ls a.txt xxx [ 阅读全文
posted @ 2025-01-27 13:28 小鲨鱼2018 阅读(105) 评论(0) 推荐(0)
线程数对samtools depth xxx.bam计算速度的影响
摘要： 001、 测试如下： time (samtools depth Iran141.sorted.markdup.bam > xxx ) &> thread_1.time time (samtools depth -@ 5 Iran141.sorted.markdup.bam > xxx ) &> th 阅读全文
posted @ 2025-01-27 12:37 小鲨鱼2018 阅读(66) 评论(0) 推荐(0)
WGS数据分析中测序深度、比对深度、比对覆盖度的计算
摘要： 001、测序深度 = 测序量 / 基因组的大小。 a、根据fastq计算测序的碱基数目 b、计算参考基因组的碱基数目 c、a的结果/b的结果 002、比对深度 = 比对上所有位点深度之和/比对上的位点的数目。 测试： (base) [b20223040323@admin1 test4]$ ls SR 阅读全文
posted @ 2025-01-27 12:15 小鲨鱼2018 阅读(220) 评论(0) 推荐(0)