trimmomatic软件进行重测序数据质控

 

 

001、 推荐使用如下参数

java -jar /path/trimmomatic-0.39.jar PE \
        -phred33 \
        -threads 16 \
        sample_name_1.fq.gz sample_name_2.fq.gz \
        -baseout /path/sample_name_trim.fastq.gz \
        ILLUMINACLIP:/path/TruSeq3-PE.fa:2:30:10 \
        LEADING:3 TRAILING:3 \
        SLIDINGWINDOW:4:15 \
        MINLEN:36

 

PE:指定双端测序

-phred33 : 设置碱基的质量格式,这里也可以不设定(v0.32版本之后可自动识别是phred33还是phred64,这个参数可以不用写啦,见图1截图自官方说明文档;

-threads 16指定线程数目

-baseout:指定质控输出的目录

ILLUMINACLIP: TruSeq3-PE.fa 指定接头序列         ## 主流使用TruSeq3-PE.fa,也有使用TruSeq3-PE-2.fa的,不知道区别在哪里?

2:30:10意义:seed mimatches 种子错配数:palindrome clipthreshold 双端剪切阈值:simple clip threshold单端剪切阈值

LEADING:3:表示切除首端质量值低于20的碱基

TRAILING:3表示切除尾端质量值低于20的碱基

SLIDINGWINDOW:4:15:表示从5'端开始,当4个碱基的窗口中的平均碱基质量值低于15时进行切除

MINLEN:36指定最小碱基的长度。

 

                                                                                            图1: 0.32版本时候可以自动识别碱基质量T恤 

 

 

posted @ 2025-01-21 09:03  小鲨鱼2018  阅读(68)  评论(0)    收藏  举报