NCBI中核酸库和蛋白库的下载

 

001a、核酸库

ascp -v -k 1 -T -l 200m  -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.gov:/blast/db/FASTA/nt.gz ./

 

001b、构建索引 

makeblastdb -in nt.fa -dbtype nucl -parse_seqids -out nt

 

002、蛋白库

ascp -v -k 1 -T -l 200m  -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.gov:/blast/db/FASTA/nr.gz ./

 

003、核酸比对

blastn -query Sample.20W.fa  -db nt  -outfmt '6 staxids qseqid sseqid pident length mismathch gapopen qstart qend sstart send evalue bitscore qcovs' -evalue 1e-10 -max_target_seqs 1 -out ./Sample.20W.nt.txt 

 

 

 

来源：

01、https://www.jianshu.com/p/2487cfe27e0c